DrLink的安裝竟如此簡(jiǎn)單？
爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)
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生信人R語(yǔ)言學(xué)習(xí)必備
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相信很多醫(yī)學(xué)相關(guān)的工作者經(jīng)常苦惱于DrLink的安裝，因?yàn)榫W(wǎng)上的資源實(shí)在是太少太少了，除了一個(gè)github主頁(yè)就是一篇文獻(xiàn)，經(jīng)常有小白安裝報(bào)錯(cuò)無(wú)從下手，別擔(dān)心，今天一篇文章教你學(xué)會(huì)。
DrLink
它是一個(gè)與基因組重組有關(guān)的軟件，它使用Linked-read測(cè)序檢測(cè)重組斷點(diǎn)。官方gitHub中顯示，它是一個(gè)關(guān)于Detecting recombination breakpoints using Linked read sequencing的軟件。在這個(gè)短語(yǔ)中，“Detecting”意味著檢測(cè)或發(fā)現(xiàn)，“recombination breakpoints”指的是基因組DNA序列中重組發(fā)生的位置，“Linked-read sequencing”是一種測(cè)序技術(shù)，它可以充分利用條形碼標(biāo)記來(lái)解析基因組區(qū)域，并更準(zhǔn)確地確定重組斷點(diǎn)。也就是說(shuō)該軟件就是使用Linked-read測(cè)序方法來(lái)檢測(cè)基因組DNA序列中的重組斷點(diǎn)。
參考文獻(xiàn)
DrLink是一個(gè)生物信息學(xué)軟件，是一篇由Sun和Rowan等人在2019年發(fā)表在Nature Communications上的一篇論文所支持的工具。詳細(xì)的源碼和算法可閱讀該文獻(xiàn)
Linked-read sequencing of gametes allows efficient genome-wide analysis of meiotic recombination
安裝步驟
安裝要求
Please refer to INSTALL?for compiling. The current compilations have been successfully tested on Linux (arch: x_86_64, with g++ version Debian 6.3.0-18+deb9u1 and R?version 3.5.1).
安裝的詳細(xì)步驟
安裝時(shí)常見的報(bào)錯(cuò)
Git Clone錯(cuò)誤：
GnuTLS recv error (-110): The TLS connection was non-properly terminated.
解決方法：
ubuntu系統(tǒng)復(fù)制代碼即可，centos系統(tǒng)把換成yum install即可
編譯報(bào)錯(cuò)
在編譯時(shí)報(bào)錯(cuò)主要原因就是所需要的依賴沒(méi)有安裝完畢，因此需要檢查自己的設(shè)備是否安裝好了該軟件安裝和運(yùn)行所需要的依賴
The current compilations have been successfully tested on Linux (arch: x_86_64, with g++ version Debian 6.3.0-18+deb9u1 and R?version 3.5.1).
g++ or gcc報(bào)錯(cuò)
解決方案：安裝新版gcc/g++
配置環(huán)境變量相關(guān)
通常在其他路徑運(yùn)行顯示沒(méi)有這個(gè)命令就是沒(méi)有配置好環(huán)境變量
在當(dāng)前用戶的profile中
注：這種方法只對(duì)當(dāng)前用戶起作用的,其他用戶該修改無(wú)效。
當(dāng)前會(huì)話配置PATH
使用這種方法,只對(duì)當(dāng)前會(huì)話有效，也就是說(shuō)每當(dāng)?shù)浅龌蜃N系統(tǒng)以后，PATH設(shè)置就會(huì)失效。
sudo權(quán)限可選擇在profile中設(shè)置PATH，
編輯/etc/profile后PATH的修改不會(huì)立馬生效，所以需要立即生效的話，可以執(zhí)行 source profile命令。
請(qǐng)注意：其次對(duì)于profile來(lái)說(shuō)一定要注意整個(gè)編輯的過(guò)程，確保輸入格式正確，否則一旦你輸入一些格式不正確的文本（如把windows編碼的文本復(fù)制過(guò)來(lái)），就會(huì)造成profile文件無(wú)法正常解析等錯(cuò)誤。
好啦，通過(guò)小果的介紹，有沒(méi)有看懂了呢？
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