爾云間? 一個專門做科研的團隊

歡迎點贊+收藏+關注

相信大家都對R語言中的ggplot2包有所了解，那么你們知道怎么通過ggplot2繪制基因組的各染色體上的區(qū)間類型分布圖嘛？今天小果就來給大家演示一下！

數(shù)據(jù)集準備

在繪制之前，我們首先要準備要導入的數(shù)據(jù)集，我們可以根據(jù)自己的情況將各染色體上進行“分區(qū)”，并匯總成一個table文件，我們一起來看看小果準備的數(shù)據(jù)文件吧！

在這個數(shù)據(jù)集中，從左向右分別代表染色體編號、區(qū)域起點、區(qū)域終點、染色體名稱、區(qū)域類型、區(qū)域長度、區(qū)域號。怎么樣，你看懂了嘛？

導入數(shù)據(jù)集以及數(shù)據(jù)處理

首先，讓我們看一下這段代碼的作用。這段代碼可以讀取一個名為"newGeneArea-15.txt"的數(shù)據(jù)文件，并繪制出柱狀圖，其中每個柱子代表一段基因區(qū)域，橫坐標表示基因所在的染色體編號，縱坐標表示基因區(qū)域的長度，不同顏色的柱子代表不同的基因分段類別，例如重要性高、中、低等。

下面，我將一步一步地為大家解釋這段代碼的實現(xiàn)過程。

1.?導入ggplot2包

library(ggplot2)

ggplot2是R語言中常用的可視化包，它提供了很多種圖形類型和參數(shù)設置，可以用來繪制高質(zhì)量的數(shù)據(jù)可視化圖形哦。

2.?讀取數(shù)據(jù)文件

3.?提取染色體號并加上"Chr"前綴

這行代碼使用unique函數(shù)選出數(shù)據(jù)中唯一的染色體號，然后使用sprintf函數(shù)將它們轉(zhuǎn)換為字符串，并在每個字符串前加上"Chr"前綴。這樣做是為了后續(xù)用這些字符串來標記x軸。

4.?計算基因區(qū)域長度

這行代碼將數(shù)據(jù)表a中的第6列設置為第3列減去第2列的差，進而得到每一個基因區(qū)域的長度。

5. 根據(jù)染色體號設置對應的橫坐標上的位置列：

繪制圖形

現(xiàn)在，我們已經(jīng)完成了數(shù)據(jù)的預處理和整理，并且已經(jīng)定義了我們要使用的圖形元素和配色方案?，F(xiàn)在，讓我們用 ggplot2 包中的 ggplot 函數(shù)創(chuàng)建一個繪圖對象，用于繪制我們的圖形。我們將在此函數(shù)中指定數(shù)據(jù)框表a 作為數(shù)據(jù)源，同時指定在 x 和 y 軸上繪制的變量。

在上述的代碼中，我們使用 geom_bar 函數(shù)繪制條形圖。我們使用 "identity" 參數(shù)，以使 ggplot2 包知道我們已經(jīng)使用了預處理的條形高度。我們還使用 theme 函數(shù)來進一步定制繪圖對象的外觀。

好啦，我們今天的繪圖工作已經(jīng)基本完成，我們一起來和小果看一下繪制好的圖長什么樣子吧！

圖片描述

在這個圖中，主要向大家展示了擬南芥完整基因組的5條染色體上對應的“新區(qū)域”和老區(qū)域的位置分布圖，其中藍色的部分代表“老區(qū)域”，紅色的部分代表“新區(qū)域”。同學們也可以根據(jù)自己想要展示的分區(qū)來進行設置數(shù)據(jù)集哦！

保存圖像

現(xiàn)在，我們已經(jīng)完成了圖形的繪制。我們可以使用 R 中的任何繪圖設備將圖形保存到文件中。在這里，我們將使用 png 函數(shù)將圖形保存為 PNG 文件。

完整代碼：

怎么樣，今天的分區(qū)圖表繪制你學會怎么用了嗎！

更多ggplot繪圖應用學習資源請大家移步小果專屬云生信平臺搜索更多資源哦！

小果專屬云生信平臺：云生信 ?- 學生物信息學 (biocloudservice.com）

ggplot繪制互作網(wǎng)絡圖：http://www.biocloudservice.com/703/703.php

云生信平臺也有繪圖專版的學習模塊哦，快來找小果尋找你想學習的專屬哦

生信人R語言學習必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

“ 生信果”，生信入門、R語言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復現(xiàn)、生信硬核知識技能、服務器、生物信息學的教程，以及基于R的分析和可視化等原創(chuàng)內(nèi)容，一起見證小白和大佬的成長。