簡(jiǎn)單使用ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行數(shù)據(jù)查詢與下載
爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)
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各位小伙伴大家好，今天小果給大家介紹一個(gè)非常有用的數(shù)據(jù)庫(kù)--ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)，這個(gè)數(shù)據(jù)可以幫助小伙伴解決在數(shù)據(jù)分析過(guò)程中驗(yàn)證數(shù)據(jù)集不太理想的問(wèn)題，今天的內(nèi)容大致分為兩塊：一是ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介，二是數(shù)據(jù)查詢與下載。
1、ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介
ICGC全稱為International Cancer Genome Consortium，中文翻譯過(guò)來(lái)是國(guó)際腫瘤基因組協(xié)作組，它的目標(biāo)是為全面闡明導(dǎo)致全球人類疾病負(fù)擔(dān)的多種癌癥中存在的基因組變化，該數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了來(lái)自亞洲、澳大利亞、歐洲、北美和南美17個(gè)地區(qū)的89個(gè)項(xiàng)目，大約包括25000個(gè)癌癥基因組。
IGCG數(shù)據(jù)庫(kù)有50種不同癌癥類型（或亞型）的腫瘤數(shù)據(jù)，其中包括基因異常表達(dá)，體細(xì)胞突變，表觀遺傳修飾，臨床數(shù)據(jù)等。如果一般的癌癥基因組數(shù)據(jù)庫(kù)無(wú)法滿足小伙伴的需求，可以使用該數(shù)據(jù)庫(kù)作的數(shù)據(jù)來(lái)源做驗(yàn)證，以此來(lái)補(bǔ)充驗(yàn)證使用TCGA 和 GEO 的數(shù)據(jù)分析建立的模型。網(wǎng)址為：
https://icgcportal.genomics.cn/。
進(jìn)入主頁(yè)后可以看到網(wǎng)站主要有五個(gè)功能模塊，分別為Cancer Projects、Advanced Search、Data Analysis、DCC Data Releases、Data Repositories。小伙伴可以根據(jù)自己的需求自行選擇不同的模塊進(jìn)行使用。
2、數(shù)據(jù)查詢與下載
在這里呢小果以肝癌（LIHC）為例,進(jìn)行數(shù)據(jù)的查詢，然后下載對(duì)應(yīng)的臨床數(shù)據(jù)與基因表達(dá)數(shù)據(jù)。
1.進(jìn)入ICGC主頁(yè)，在快速搜索框中輸入LIHC，點(diǎn)擊Search，數(shù)據(jù)庫(kù)就會(huì)自動(dòng)幫助我們檢索所有關(guān)于LIHC的信息。
2.查看查詢結(jié)果，選擇需要的數(shù)據(jù)點(diǎn)擊進(jìn)行查看，在這里小果選擇查看LIHC整個(gè)項(xiàng)目。?
點(diǎn)擊LIHC項(xiàng)目條目后，進(jìn)入到LIHC項(xiàng)目中，可以看到整個(gè)項(xiàng)目的數(shù)據(jù)的概況，如下圖
3.在Available Data Types目錄下， 點(diǎn)擊查看Clinical Data后的藍(lán)色字樣377 donors，此時(shí)會(huì)進(jìn)入到一個(gè)新的頁(yè)面，如下圖所示。
4.進(jìn)入新頁(yè)面后，點(diǎn)擊Download Donor Data，此時(shí)會(huì)出現(xiàn)彈窗，這里呢小果選擇選擇臨床數(shù)據(jù)：Clinical Data和基因表達(dá)數(shù)據(jù)：Sequence-based Gene Expression (EXP-S)數(shù)據(jù)進(jìn)行，點(diǎn)擊Download進(jìn)行數(shù)據(jù)下載。
以上就是小果今天的分享，小伙伴們有沒(méi)有學(xué)會(huì)呢，趕快去試試吧。
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