只有通路、生存分析和潛在藥物篩選，

4張結(jié)果圖就能發(fā)6分+生信？

如何做到的？

如果小云問你如何提高生信文章的分?jǐn)?shù)？你可能多多少少會(huì)說出一些，比如增加創(chuàng)新性（選擇熱點(diǎn)方向、分析手段）、分析內(nèi)容多等等。

當(dāng)然也可以從分析的角度去創(chuàng)新，比如疾病的分組、臨床問題切入。

（不知道如何找熱點(diǎn)或創(chuàng)新升級(jí)的可以找小云，各種個(gè)性化分析思路等你來挑~）

小云今天要給你們分享的這篇文章，切入的角度是轉(zhuǎn)移和耐藥（ps：相關(guān)數(shù)據(jù)選得也很妙~），那又因?yàn)檗D(zhuǎn)移和耐藥都與腫瘤干細(xì)胞相關(guān)，所以又巧妙的利用了腫瘤干細(xì)胞篩選關(guān)鍵基因。后續(xù)課題思路一并搞定，分析思路之巧妙，值得學(xué)習(xí)！

題目：肌動(dòng)蛋白樣蛋白6A表達(dá)與卵巢癌干細(xì)胞樣特征及不良預(yù)后相關(guān)

雜志：International journal of molecular sciences

影響因子：6.208

發(fā)表時(shí)間：2023年1月

數(shù)據(jù)信息

研究思路

從GEO數(shù)據(jù)集中選擇轉(zhuǎn)移和耐藥相關(guān)的差異表達(dá)基因(DEGs)。通過TCGA數(shù)據(jù)分析DEGs與卵巢癌預(yù)后的相關(guān)性，并預(yù)測其可能的途徑和功能。篩選在腫瘤干細(xì)胞中差異表達(dá)的關(guān)鍵基因。分析關(guān)鍵基因ACTL6A表達(dá)與生存預(yù)后的相關(guān)性。篩選與ACTL6A相關(guān)的基因，并通過KEGG和基因集富集分析(GSEA)潛在功能。篩選靶向ACTL6A的潛在藥物。

主要研究結(jié)果

1.?篩選轉(zhuǎn)移和耐藥相關(guān)的差異表達(dá)基因（DEGs）

分析GSE185833的腹膜轉(zhuǎn)移組織和卵巢腫瘤組織之間的DEGs(圖1A)。再分析GSE176246中耐藥細(xì)胞系和非耐藥細(xì)胞系之間的DEGs(圖1B)。兩者取交集得到了11個(gè)DEGs(圖1C)，可能對(duì)化療和轉(zhuǎn)移有影響。

圖1.?卵巢癌化療耐藥和轉(zhuǎn)移相關(guān)的常見基因

2.?ACTL6A表達(dá)與不良預(yù)后相關(guān)，且在腫瘤干細(xì)胞（CSCs）中上調(diào)

生存圖即危險(xiǎn)比(HR)熱圖顯示了關(guān)鍵基因與卵巢癌總生存期(OS)和無進(jìn)展生存期(PFS)的關(guān)系(圖2A)。因?yàn)閻盒月殉舶┑哪退幮院娃D(zhuǎn)移與CSCs有關(guān)，因此檢測卵巢癌腫瘤干細(xì)胞中關(guān)鍵基因的表達(dá)，11個(gè)DEGs中，各有2個(gè)基因表達(dá)下調(diào)和上調(diào)(圖2C)。生存分析表明，ACTL6A的高表達(dá)水平與卵巢癌患者、以及接受化療的卵巢癌患者的不良預(yù)后相關(guān)(圖2D-G)。

圖2.?ACTL6A高表達(dá)與OS和PFS預(yù)后較差相關(guān)

3.?卵巢癌中ACTL6A表達(dá)與細(xì)胞周期進(jìn)展相關(guān)

利用LinkedOmics的LinkFinder分析ACTL6A的相關(guān)基因，與ACTL6A正相關(guān)基因多于負(fù)相關(guān)基因 (圖3A-C)，對(duì)ACTL6A相關(guān)基因進(jìn)行KEGG 分析和GSEA。發(fā)現(xiàn)這些基因主要參與細(xì)胞周期 (圖3D-E)。參考細(xì)胞周期信號(hào)通路，確定了ACTL6A與特定紅色基因的正相關(guān)關(guān)系(圖3G)。

圖3.?卵巢癌中與ACTL6A呈正相關(guān)的細(xì)胞周期基因多

4?靶向ACTL6A高表達(dá)卵巢癌的潛在藥物

使用Q-omics分析尋找對(duì)高表達(dá)ACTL6A可能起治療作用的強(qiáng)效藥物。在30個(gè)卵巢腺癌細(xì)胞系中進(jìn)行了藥物反應(yīng)和ACTL6A表達(dá)之間的關(guān)聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)478種藥物中有1種在ACTL6A低表達(dá)組與高表達(dá)組之間具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（圖4A）。ACTL6A高表達(dá)的15個(gè)卵巢癌細(xì)胞對(duì)CP734714的最佳反應(yīng)具有較低的log (IC50)值(圖4B)。CP734714的IC50與ACTL6A表達(dá)呈負(fù)相關(guān)（圖4C），說明CP734714在ACTL6A高表達(dá)的情況下可作為一種治療的選擇。采用人蛋白圖譜(HPA)分析，觀察卵巢癌組織中ACTL6A蛋白的表達(dá) (圖4D)。

圖4.?CP724714作為高表達(dá)ACTL6A卵巢癌的治療選擇

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總結(jié)

這篇文章的創(chuàng)新點(diǎn)就是切入角度選的好，選擇了轉(zhuǎn)移和耐藥，而且既采用了組織樣本的數(shù)據(jù)，又有細(xì)胞系的數(shù)據(jù)。得到轉(zhuǎn)移和耐藥相關(guān)的基因之后，作者還巧妙的利用了腫瘤干細(xì)胞進(jìn)一步篩選關(guān)鍵基因。

針對(duì)關(guān)鍵基因進(jìn)行了相關(guān)基因及通路的分析，還篩選了潛在的靶向藥物，增加臨床意義。而且連后續(xù)課題也一并搞定了，可以設(shè)計(jì)“藥物靶向關(guān)鍵基因調(diào)控腫瘤干細(xì)胞影響化療耐藥和轉(zhuǎn)移”的課題思路。

只要選對(duì)分析角度，簡單的內(nèi)容就能輕松發(fā)表了6分+，如此一舉多得，值得借鑒~

如果你還苦惱于生信分析沒有思路，或者嫌分析方法太過簡單、太過老套，想要?jiǎng)?chuàng)新思路的，或者對(duì)耐藥、轉(zhuǎn)移或腫瘤干細(xì)胞等方向感興趣的小伙伴快來聯(lián)系小云吧！