鐵死亡生信到底卷不卷？

其實(shí)依小云之見呢，如果完全是老套路那就很卷，分析內(nèi)容也不少但只能發(fā)個(gè)3分左右；如果在常規(guī)思路上有創(chuàng)新點(diǎn)（哪怕只是一小步創(chuàng)新，也有可能讓你的文章上一個(gè)臺(tái)階）那就不是很卷，分析內(nèi)容不需要多復(fù)雜也能發(fā)8分+

兩者分析數(shù)據(jù)量差別不大，但文章分?jǐn)?shù)差距很大，關(guān)鍵就在于思路上的一點(diǎn)點(diǎn)創(chuàng)新！（這是必殺技哦，趕快拿個(gè)小本本記下來）

說起來容易做起來難，很多人都是用老套路在原地打轉(zhuǎn)，設(shè)計(jì)出創(chuàng)新點(diǎn)，突破那一小步也是很不容易的！

小云用實(shí)例告訴你，3分與8分+分析思路上的差距！同樣都是肝癌，同樣做鐵死亡預(yù)后模型構(gòu)建，只因加了一步甲基化分析篩選基因，文章level瞬間提升。其實(shí)8分+的這個(gè)文章整體分析內(nèi)容還沒3分那個(gè)豐富，也再次證明這一小步甲基化篩選創(chuàng)新點(diǎn)的殺傷力，趕快碼起來，不局限于鐵死亡，其他分析方向也適用！

3分+文章

題目：預(yù)測肝細(xì)胞癌患者預(yù)后、免疫反應(yīng)和藥物敏感性的新的鐵死亡相關(guān)標(biāo)志

雜志：Current Oncology（IF=3.109）

研究思路：數(shù)據(jù)來自TCGA、ICGC，GSE104580、CCLE和IMvigor210數(shù)據(jù)集，使用LASSO回歸分析構(gòu)建nFRGs。隨后在低風(fēng)險(xiǎn)組和高風(fēng)險(xiǎn)組之間使用不同的R包進(jìn)行涉及預(yù)后、分子功能、干細(xì)胞指數(shù)、體細(xì)胞突變、對免疫治療的反應(yīng)、TACE治療的療效和藥物敏感性的分析（詳見下圖）

8分+文章

題目：肝細(xì)胞癌中四個(gè)鐵死亡相關(guān)基因特征的開發(fā)和驗(yàn)證及其與免疫的相關(guān)性

雜志：Front. Immunol.（IF=8.786）

研究思路：使用TCGA數(shù)據(jù)庫鑒定了43個(gè)差異表達(dá)的FRG，單因素回歸分析得到11個(gè)與OS和PFS顯著相關(guān)的FR-DEG，再利用UALCAN數(shù)據(jù)庫評估11個(gè)FR-DEG的甲基化水平，篩選得到4個(gè)甲基化相關(guān)FR-DEG。針對這4個(gè)甲基化相關(guān)FR-DEG進(jìn)行互作基因鑒定和互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，進(jìn)行遺傳變異分析并評估其對預(yù)后的影響，驗(yàn)證基因表達(dá)，構(gòu)建預(yù)后模型并驗(yàn)證預(yù)測性能，進(jìn)行GSEA富集分析和免疫浸潤分析（詳見下圖）。

小結(jié)

這兩篇文章對比下來，可以直觀的發(fā)現(xiàn)3分+文章在模型構(gòu)建后做的分析內(nèi)容比較多（除了免疫浸潤分析、功能富集分析還做了干性分析、突變分析和藥敏性分析），也是很豐富了，但因?yàn)闆]有跳出預(yù)后模型構(gòu)建的老路，再加上鐵死亡類似文章的大量發(fā)表，導(dǎo)致只能發(fā)到3分。這也是生信熱點(diǎn)爆發(fā)期過后的一個(gè)困境，想要突破重圍就只能求創(chuàng)新，比如8分+文章里面加了一步甲基化分析篩選，得到甲基化相關(guān)FR-DEG再去做各種關(guān)聯(lián)分析以及構(gòu)建模型。這樣做雖然分析上只加了一小步，但對于文章分?jǐn)?shù)提升就是一大步，性價(jià)比超高，學(xué)起來吧！

選分析方向可以從最新發(fā)表文獻(xiàn)入手，當(dāng)然最便捷的方法當(dāng)然還是持續(xù)關(guān)注小云公眾號中的生信思路推薦，想定制創(chuàng)新性思路歡迎直接call小云。