拓端tecdat|R語言社區(qū)檢測算法可視化網絡圖：ggplot2繪制igraph對象分析物種相對豐度
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原文出處：拓端數據部落公眾號
我們使用R中的igraph包，產生了網絡的圖形。
但是很難將這些圖表放到演講和文章中，因為圖表很難根據需要定制。使用igraph中的繪圖功能可以得到你想要的結果，但用ggplot對工作更有幫助。所以本文探索了一種在ggplot中創(chuàng)建igraph繪圖的方法。
?
igraph圖
首先，我將帶入數據，這是一個物種相對豐度的矩陣。列是物種，每行是一個觀測值。下面是數據的瀏覽
head(data.wide)
加載igraph庫并運行生成網絡的前幾個步驟
library(igraph)all <- bipartite.projection(inc)
繪制這兩幅圖產生的圖形還可以，但并不美觀。
op <- par(mfrow = c(1, 2))plot(obs, layout = layout.fruchterman.reingold,edge.color = "black")par(op)
在ggplot中創(chuàng)建圖形
首先讓我們提取數據，產生左邊的網絡基本圖。GGPLOT需要數據為數據框，所以提取數據并將其轉換為數據框
species <- colnames(wide2) ?## 添加物種代碼df ?## 顯示每個節(jié)點的x（V1）和y（V2）坐標。
現在我們有了圖中所有節(jié)點的坐標，我們可以在ggplot中繪制了
library(ggplot2)ggplot() +geom_point( color="black") + # 在節(jié)點周圍添加一個黑色的邊框geom_text( label=species ) + # 添加節(jié)點的標簽
現在我們有了正確的節(jié)點，畫出節(jié)點之間的連接。
get(obs) ?# 使用函數獲得邊信息
df[match(from, species)] # 匹配之前連接的節(jié)點數據框架中的 from 位置。gto <- all[match(to, specie)] # 匹配之前連接的節(jié)點數據框中的to位置
然后繪制
ggplot() +geom_point(color="black") + # 在節(jié)點周圍添加一個黑色的邊geom_text(label=species)) + # 添加節(jié)點的標簽
讓我們弄亂主題，刪除網格線和軸標簽等。
ggplot() +geom_point(color="black") + # 在節(jié)點周圍添加一個黑色的邊geom_text(label=species)) + # 添加節(jié)點的標簽axis.text.x = element_blank(), # 移除x軸文字axis.text.y = element_blank(), #刪除y軸文字axis.ticks = element_blank(), # 刪除軸的刻度線axis.title.x = element_blank(), # 刪除X軸標簽axis.title.y = element_blank(), # 刪除y軸標簽panel.grid.major = element_blank(), #移除主要網格的標簽panel.grid.minor = element_blank(), #刪除minor-grid標簽
如果我們想把社區(qū)檢測算法中的一些元素納入右邊的圖中。我們可以把一個組中的元素變成紅色，另一個組中的元素變成藍色。組內的連接將是一條實線，組間的連接將是一條虛線。
data.frame(sp = names, g=membership) #創(chuàng)建一個物種和組成員的數據框架g[match( from, sp )] # 在g數據框中為from和to節(jié)點匹配組成員資格
?
grp <- ?group[match( species, species)] # 將組類型添加到節(jié)點數據框中。
ggplot() +geom_segment(type=as.factor(type)),color="black") + # 添加線geom_point(color="black") + # 在節(jié)點周圍添加一個黑色的邊界。geom_text(label=species)) + # 添加節(jié)點的標簽theme_bw()+ # 使用ggplot的黑白主題theme(axis.text.x = element_blank(), # 移除x軸文字axis.text.y = element_blank(), #刪除y軸文字axis.ticks = element_blank(), # 刪除軸的刻度線axis.title.x = element_blank(), # 刪除X軸標簽axis.title.y = element_blank(), # 刪除y軸標簽panel.grid.major = element_blank(), #移除主要網格的標簽panel.grid.minor = element_blank(), #刪除minor-grid標簽
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