FASTA & FASTQ 格式
FASTA
又稱Pearson格式，主要發(fā)明人是威廉·皮爾森（William Raymond Pearson）和戴維德.李普曼（David J. Lipman）。
一個文件可儲存一條或多條序列信息。
每條序列信息包括兩部分：
①序列描述header，即該序列的身份信息identifiers，僅有一行，以>開頭；
②序列組成。
FASTQ
一般用于表示測序結果。測序必有誤差，因此fastq相較于fasta文件引入了序列信息的準確性。
每條序列有4行：
第一行等同于fasta的header，以@開頭；
第二行為測序結果的序列信息；
第三行一般只有一個加號+，有時也會包含一些描述內容；
第四行是與第二行對應的測序質量信息，即每個測序堿基結果的準確性。
雙端測序一般儲存在兩個fastq文件中。
Phred Quality
堿基測序質量（Base call quality）用錯誤率（error probability，e或P）表示（如e=0.001表示，平均1000次測序中有一個堿基為錯誤結果）。
e一般較小，為表示方便會進行換算：
①首先進行對數(shù)轉換， Q = -10 x lg(e)；
②再進行ASCII值轉換，通常將 Q值+33 后再轉換為對應的ASCII碼，即fastq格式第四行的測序質量結果。
標簽：
