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spm-處理fmri靜息態(tài)數(shù)據(jù)的步驟和batch處理的方法

2023-09-20 12:03 作者:信女發(fā)大愿  | 我要投稿

本次處理的數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)是:before+after;

before和after下面各有3組,group1、2、3.

每個group下面有多個subject,每個subject下有結(jié)構(gòu)像、靜息態(tài)fmri、任務(wù)態(tài)fmri;

先處理靜息態(tài)fmri, 步驟是slice timing、realign、coregister、segment、normalised、smooth.

單獨的步驟百度下都有,例如https://blog.csdn.net/kakaviuviu/article/details/129322259

這里直接通過batch角度講述,就會包含各個步驟的參數(shù)設(shè)計和含義。

第一步時間層校正
第2步頭動校正,只取數(shù)據(jù)其他參數(shù)保持不變
第2步 頭動校正的輸入?yún)?shù)為一步slice生成的數(shù)據(jù)
第3步配準,source輸入空著后續(xù)從程序中讀取,refer輸入從deppendency中選擇mean
第3步配準
第4步分割,輸入為步驟3配準后的結(jié)構(gòu)像,修改save bias值為save bias corrected,修改Deformation field為forward

第5步 normalised write-功能像標準化到MNI空間

第5步 功能像標準化到MNI空間

第5步 normalised write-結(jié)構(gòu)像標準化到MNI空間

第5步 結(jié)構(gòu)像標準化到MNI空間,選擇的結(jié)構(gòu)像為分割生成的經(jīng)過校正后的圖像
第6步 平滑 平滑的圖像為標準化到MNI空間的功能像

設(shè)置完batch步驟后,點擊file-save batch and script,保存生成2個mat程序

其中一個為變量輸入程序名字為自己保存時候的名字,另外一個為執(zhí)行程序帶 job 后綴,從變量輸入程度中讀取參數(shù)執(zhí)行任務(wù),實際中不需要動job程序,只需要執(zhí)行batch程序。

將MATLAB_CODE_TO_FILL_INPUT替換為實際的影像學(xué)數(shù)據(jù)所在路徑,例如cellstr('F:\XXXXX');或者用變量替換,下面是實際運行的一個代碼。


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