腸道微生物以其龐大的數(shù)量以及其在機體健康中扮演的重要的作用被稱為人體的另一個“器官”。腸道微生物主要通過小分子代謝物實現(xiàn)與宿主的相互作用，因此研究腸道微生物與機體的聯(lián)系機制就必須以代謝物為橋梁，對代謝物進行檢測、鑒定以及溯源等分析，為復雜的是生理病理作用網(wǎng)絡揭開神秘的面紗。

腸道所寄生的微生物種類繁多，微生物的代謝產(chǎn)物類型也多種多樣，根據(jù)其是否與微生物的生長密切相關(guān)可以分為初級代謝產(chǎn)物（如氨基酸、核苷酸、糖類、脂質(zhì)和維生素等）和次級代謝產(chǎn)物（如抗生素、毒素、激素以及色素等）兩類。因此，代謝物檢測主要包括種類鑒定及定性鑒定、定量鑒定以及溯源分析。目前主要基于質(zhì)譜（MS）技術(shù)進行代謝物檢測，質(zhì)譜的主要作用就是進行樣品定性和定量分析。將提取的代謝物利用液相色譜（LC）進行組分分離后進入質(zhì)譜儀分析，質(zhì)譜儀將代謝物質(zhì)電離成帶電離子以檢測其質(zhì)荷比形成一系列質(zhì)譜數(shù)據(jù)，通過與理論數(shù)據(jù)庫進行比較并結(jié)合生物信息學分析手段實現(xiàn)代謝物的定性和定量鑒定，再利用生信手段進行溯源分析、統(tǒng)計學手段進行差異代謝物分析，尋找與關(guān)鍵代謝物相關(guān)的代謝通路，揭示相關(guān)的生理病理作用分子機制。

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