腸道菌群是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究的熱點(diǎn)方向之一，可以通過16S測(cè)序和宏基因組學(xué)探究關(guān)鍵的菌群，也可以利用公共數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

腸道菌群與各個(gè)腫瘤的關(guān)系密切，而且腫瘤組織以及腫瘤細(xì)胞中都存在細(xì)菌，?Science雜志還專門以封面文章報(bào)道了腫瘤中不僅有細(xì)菌，而且菌群還存在腫瘤特異性——不同的腫瘤樣本，細(xì)菌的種類也有區(qū)分。該項(xiàng)報(bào)道還指出，腫瘤中的細(xì)菌大多數(shù)都位于細(xì)胞內(nèi)，不僅是在腫瘤細(xì)胞內(nèi)，在腫瘤中的免疫細(xì)胞內(nèi)也發(fā)現(xiàn)細(xì)菌。雖然這些細(xì)菌對(duì)腫瘤的影響尚不完全清楚，但是細(xì)菌的存在卻早已是研究事實(shí)。

除了研究菌群本身，還可以研究腸道菌群的代謝產(chǎn)物短鏈脂肪酸（SCFAs）（包括丁酸、丙酸等）。其中丁酸已被證明是抗各種癌癥類型的潛在藥物。

那么生信思路就來了，我們可以基于丁酸代謝相關(guān)基因進(jìn)行分析！今天番茄君就分享一篇丁酸代謝的預(yù)后模型思路~

題目：結(jié)直腸癌丁酸代謝特征的研究，以指導(dǎo)臨床治療

發(fā)表時(shí)間：2023年3月

研究思路

從分子特征數(shù)據(jù)庫(MSigDB)中獲取348個(gè)丁酸代謝相關(guān)基因(BMRGs)。從TCGA和GEO數(shù)據(jù)庫下載了CRC相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。然后用差異分析評(píng)估CRC中丁酸代謝相關(guān)基因的表達(dá)模式。通過單變量Cox回歸和LASSO分析，構(gòu)建基于差異表達(dá)BMRGs的預(yù)后模型。根據(jù)BMRGs的表達(dá)水平和系數(shù)，計(jì)算所有CRC樣本的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分。利用高風(fēng)險(xiǎn)組和低風(fēng)險(xiǎn)組的差異表達(dá)基因，構(gòu)建一個(gè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)來可視化蛋白質(zhì)之間的相互作用。通過PPI網(wǎng)絡(luò)的結(jié)果，從10個(gè)hub基因中篩選出4個(gè)差異表達(dá)的目標(biāo)丁酸代謝相關(guān)基因。最后，對(duì)這些靶基因進(jìn)行了臨床相關(guān)分析、免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分析和突變分析。

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總結(jié)

這篇文章最大的亮點(diǎn)就是分析了丁酸代謝，整體思路是常規(guī)的預(yù)后模型思路，分析內(nèi)容并不復(fù)雜，純生信依然可以發(fā)表，可見選對(duì)分析方向的重要性。

而且代謝方向那么多，可以選擇一些不那么內(nèi)卷的方向（維甲酸代謝、丁酸代謝、NAD+代謝等等）進(jìn)行分析。再開個(gè)腦洞，既然丁酸可以分析，那么其他的短鏈脂肪酸是否也可以復(fù)現(xiàn)此思路呢~~

如果你還苦惱于課題或分析沒有思路，或者對(duì)代謝方向感興趣的小伙伴快來聯(lián)系番茄君吧！