?什么是火山圖？

火山圖是散點圖的一種，它將統(tǒng)計測試中的統(tǒng)計顯著性量度（如p value）和變化幅度FC相結(jié)合，從而能夠幫助快速直觀地識別那些變化幅度較大且具有統(tǒng)計學意義的數(shù)據(jù)點（基因等）。常應用于轉(zhuǎn)錄組，基因組，蛋白質(zhì)組，代謝組等統(tǒng)計數(shù)據(jù)。

常見問題：

1，什么是fold change?

翻譯成中文是差異倍數(shù)，簡單來說就是基因在一組樣品中的表達值的均值除以其在另一組樣品中的表達值的均值。所以火山圖只適合展示兩組樣品之間的比較。

2，為什么要做Log 2轉(zhuǎn)換？

兩個數(shù)相除獲得的結(jié)果 （fold change）要么大于1，要么小于1，要么等于1。那么對應于基因差異呢？簡單說，大于1表示上調(diào)（可以描述為上調(diào)多少倍），小于1表示下調(diào)（可以描述為下調(diào)為原來的多少分之多少）。大于1可以到多大呢？多大都有可能。小于1可以到多小呢？最小到0。用原始的fold change描述上調(diào)方便，描述下調(diào)不方便。繪制到圖中時，上調(diào)占的空間多，下調(diào)占的空間少，展示起來不方便。所以一般會做Log 2轉(zhuǎn)換。

3，什么是P-value?

統(tǒng)計檢驗獲得的是否統(tǒng)計差異顯著的一個衡量值，約定成俗的P-value<0.05為統(tǒng)計檢驗顯著的常規(guī)標準。

本文我們就來討論一下火山圖是如何繪制的以及如何對其進行解讀。

繪圖前的數(shù)據(jù)準備

demo數(shù)據(jù)可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/Volcano/Volcano.txt下載。

必須包含3列數(shù)據(jù)，必須有行名。分別是名稱列，F(xiàn)C列，PValue列。Marker列為非必須。如果下方的參數(shù)中選擇Marker為標記方式，則需要有此列數(shù)據(jù)。

R語言怎么畫火山圖

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火山圖-BioLadder生物信息在線分析可視化平臺

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