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文獻晶體數(shù)據改進示例4(降低殘余峰)

2023-10-11 08:32 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

案例來源:Chem. Commun. 2022, 58, 9682–9685.

DOI10.1039/d2cc03511a

CCDC2179439

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圖形用戶界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5

精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2

CIF文件下載:CCDC[3]官網

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根據CCDC號從CCDC官網下到2179439.cif文件,用Olex2打開查看,如1所示,最大殘余電子密度峰Q1Max Peak = 0.6)在異丙基附近,其邊上還有一個Q6,這兩個Q峰和異丙基的次甲基碳形成異丙基的第二無序組分,如1中黃色折線所示,并且SHELXL程序亦提示該異丙基中的C49可能存在無序(The following atom(s) may be split C49),另外從橢球形態(tài)來看,該苯環(huán)上的另一個異丙基(C44, C45, C46)可能也存在無序。另外ins中可見大量OMIT指令從精修中剔除了很多衍射點。

▲圖1 CCDC2179439數(shù)據概覽



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ins中的OMIT指令刪除后,精修至收斂,再從Info>>Bad Reflections中查看,發(fā)現(xiàn)|error/esd|>10的離群點有6個,如2所示,而非1insOMIT指令剔除的幾十個。

▲圖2 Info>>Bad Reflections中離群點情況



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隨后對前述兩個異丙基做無序拆分處理,并用SAME指令對其鍵長鍵角進行限制,SIMU指令對其各向異性位移參數(shù)(溫度因子)進行限制,再用OMIT指令從精修中剔除離群點,最終結果如3所示。

▲圖3 CCDC2179439改進后的數(shù)據概覽



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數(shù)據改進前后各項指標對比如下表所示,各項指標均有不同程度的改善。

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視頻操作演示請參閱:https://www.bilibili.com/video/BV1CH4y1Z79x

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結語

有無序存在,就對無序進行合理建模處理,在最終階段再進行離群點剔除,這樣也許能夠得到更佳的參數(shù)指標。

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參考文獻

[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

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[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.

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