紅與黑篇到漫畫第609話（動(dòng)畫TV版第504集，拆分版第551集）赤井秀一疑似犧牲時(shí)結(jié)束，從漫畫第622話（動(dòng)畫TV版第509集，拆分版第556集）水無憐奈給FBI發(fā)來情報(bào)，黑衣組織有一個(gè)代號(hào)波本的人物開始行動(dòng)起，漫畫進(jìn)入了“誰是波本”三選一的模式，這段劇情被稱為波本篇。

波本嫌疑人有自稱大學(xué)研究生，住進(jìn)了工藤家的沖矢昴（男），

自稱從美國(guó)留學(xué)歸來，轉(zhuǎn)到毛利蘭班上的高中生世良真純（女，不過看起來像男），

在毛利小五郎樓下咖啡館打工的安室透（男）；

三個(gè)人都有很強(qiáng)的推理能力和不俗的武功，都有可疑的舉動(dòng)。與此同時(shí)，有一個(gè)長(zhǎng)相酷似赤井秀一但臉上有傷疤的神秘男人出現(xiàn)。

在波本篇的一個(gè)篇章——列車篇——里，主角團(tuán)隊(duì)和三個(gè)波本嫌疑人都上了鈴木號(hào)特快列車，車上又出現(xiàn)了傷疤赤井，而琴酒正在列車終點(diǎn)處等待，灰原哀有危險(xiǎn)。

赤井秀一疑似犧牲之后，F(xiàn)BI得到了水無憐奈發(fā)來的情報(bào)，黑衣組織有一個(gè)代號(hào)波本的人物開始了行動(dòng)。

本堂瑛佑發(fā)現(xiàn)了柯南疑似工藤新一，假意追求毛利蘭，于是柯南對(duì)本堂瑛佑說出了自己的真實(shí)身份。本堂瑛佑隨后回到了美國(guó)，立志加入CIA。

一個(gè)叫沖矢昴的人物出現(xiàn)，他自稱是大學(xué)研究生。此人推理能力很強(qiáng)，又有武功，他的住宅在一次火災(zāi)事故中被毀，后來住進(jìn)了工藤家。他是波本嫌疑人之一。

有人寄信說工藤新一在一年前處理發(fā)生在某山村的一樁案件時(shí)推理錯(cuò)誤，于是柯南、毛利蘭等人去了那里。這期間柯南感冒，并且誤把A藥的解藥當(dāng)成了感冒藥，因此第三次恢復(fù)成工藤新一。這次他險(xiǎn)些暴露身份，在服部平次和灰原哀的幫助之下瞞過了毛利蘭等人。處理完案件（證實(shí)工藤新一沒有推理錯(cuò)誤）之后幾個(gè)人踏上歸途，期間再次遭遇案件，解決完了案件，工藤新一沒有來得及對(duì)毛利蘭表白就變回了柯南。

在某次案件中，一個(gè)長(zhǎng)相酷似赤井秀一但是臉上有傷疤的男人出現(xiàn)，茱蒂驚訝赤井秀一竟然沒死，但解決完案件之后，茱蒂?zèng)]有得到和傷疤赤井進(jìn)一步交談的機(jī)會(huì)（后來證明，這個(gè)傷疤赤井是波本假扮的，用來試探茱蒂的反應(yīng)，以此判斷赤井秀一到底是不是死了）。

傷疤赤井出現(xiàn)之后，琴酒懷疑赤井秀一已死有假，并懷疑水無憐奈，但得到了貝爾摩德的消息之后放下了對(duì)準(zhǔn)水無憐奈的槍。

毛利小五郎、毛利蘭、柯南和阿笠博士受邀去倫敦，柯南由于身份有假，無法出國(guó)，于是找灰原哀要了解藥，第四次恢復(fù)（在出入境時(shí)變回了工藤新一）。在倫敦，幾個(gè)人得到了某犯人發(fā)來的謎題，在破解謎題的過程中，柯南以工藤新一的身份跟毛利蘭通電話，并被毛利蘭發(fā)現(xiàn)身處倫敦；為了不暴露身份，他服下返回時(shí)用的解藥，變回工藤新一，并向毛利蘭表白，這次表白沒有得到回應(yīng)。隨后柯南破解了謎題，確認(rèn)犯人將在溫網(wǎng)女單決賽中殺人；柯南想辦法避免了殺人。最后柯南得到了工藤有希子送來的解藥，回到了日本。

一個(gè)叫世良真純的女高中生轉(zhuǎn)到了毛利蘭的班上。她推理能力很強(qiáng)，還會(huì)截拳道，自稱是剛從美國(guó)回來，而且還在打探工藤新一的消息，是波本嫌疑人之二。

世良真純長(zhǎng)相像男性，打扮中性，其他人第一眼看見她都誤以為她是男的，但詹姆斯一看就知道她是女的，疑似認(rèn)識(shí)她。

有一個(gè)叫安室透的人，推理能力很強(qiáng)，武功也不錯(cuò)，在毛利小五郎樓下的咖啡館打工，兼職私家偵探，但自稱能力不如毛利小五郎，于是拜毛利小五郎為師，疑似有意接近毛利小五郎，是波本嫌疑人之三。

在一次事件中，毛利蘭到了工藤家，給工藤新一打電話，柯南在廁所接了電話，用了變聲器，沖矢昴觀察到了這件事。

主角團(tuán)隊(duì)受邀搭乘鈴木號(hào)特快列車去名古屋。而在之前的一次事件中，灰原哀為了救自己和少年偵探團(tuán)，服下了A藥的解藥，變回了宮野志保，而她變回宮野志保時(shí)手上仍然戴著搭乘鈴木號(hào)特快列車所需要的戒指（戒指是通行證），這一點(diǎn)被沖矢昴、世良真純和安室透發(fā)現(xiàn)，其中波本（在這三個(gè)人當(dāng)中）知道了宮野志保要搭乘鈴木號(hào)特快列車，并告訴了琴酒。琴酒準(zhǔn)備在名古屋車站炸毀列車，殺掉宮野志保。

主角團(tuán)隊(duì)、沖矢昴、世良真純和安室透登上了鈴木號(hào)特快列車。車上發(fā)生了案件，處理案件時(shí)，傷疤赤井再次出現(xiàn)，傷疤赤井把世良真純電暈；貝爾摩德給灰原哀發(fā)了恐嚇短信，灰原哀準(zhǔn)備一個(gè)人去面對(duì)黑衣組織（這里出現(xiàn)了灰原哀的回憶，宮野艾琳娜留給宮野志保的錄音帶當(dāng)中，宮野志保18歲的錄音帶里，宮野艾琳娜提到了她和宮野厚司要研制神秘藥物銀色子彈）。車上的傷疤赤井是貝爾摩德假扮的，與此同時(shí)，工藤有希子出現(xiàn)在了列車上，貝爾摩德和工藤有希子對(duì)峙時(shí)，貝爾摩德提到了板倉(cāng)卓（確認(rèn)當(dāng)初要求板倉(cāng)卓做軟件的人是她）。柯南解決了案件，而波本制造了火災(zāi)事故，把其他人逼到前排車廂，宮野志保則獨(dú)自前往最后一節(jié)車廂面對(duì)波本。原來安室透是波本，他想活捉宮野志保，但貝爾摩德在最后一節(jié)車廂*****，想要炸死宮野志保（炸彈是貝爾摩德找伏特加要的，安裝在列車上，而琴酒想的是在車站下手）。列車到站之前，一個(gè)眼睛像赤井秀一的人用炸彈逼最后一節(jié)車廂停下，隨后貝爾摩德啟動(dòng)了炸彈，最后一節(jié)車廂爆炸，工藤有希子的表現(xiàn)讓貝爾摩德感到自己勝利了，宮野志保死了。然而貝爾摩德還是被柯南等人算計(jì)了——柯南在解決案件時(shí)發(fā)現(xiàn)基德在車上，于是以不把基德交給警察為條件要求基德扮成宮野志保去面對(duì)波本，而灰原哀被保護(hù)了起來，基德在車廂爆炸之前飛走了。不過貝爾摩德最后還是在車站發(fā)現(xiàn)灰原哀還活著（這段還揭露了，世良真純是赤井秀一的妹妹），而安室透表示要重新調(diào)查赤井秀一的死。

警視廳的戀情發(fā)展，劇情揭示宮本由美的男朋友是將棋高手羽田秀吉，交警三池苗子的CP是警官千葉和伸。

安室透制造事件，從事件中套出了卡邁爾的話，發(fā)現(xiàn)赤井秀一很可能沒有死，并且沖矢昴很可能是赤井秀一，于是親自去工藤家面對(duì)沖矢昴，而另一群人則去追趕茱蒂和卡邁爾。不過此時(shí)柯南已經(jīng)通過安室透的表現(xiàn)覺察出他的身份沒那么簡(jiǎn)單，原來安室透本名降谷零，真實(shí)身份是日本公安派往黑衣組織的臥底，而追趕茱蒂和卡邁爾的是日本公安的人。安室透發(fā)現(xiàn)工藤家的沖矢昴不是赤井秀一，而赤井秀一出現(xiàn)在了茱蒂和卡邁爾的車上，并直面日本公安，還和安室透通了電話，原來他們雖然都是臥底，但有過節(jié)（日本公安還曾經(jīng)有另一個(gè)臥底，代號(hào)蘇格蘭威士忌，簡(jiǎn)稱蘇格蘭，蘇格蘭在身份暴露之時(shí)選擇了自殺，這個(gè)時(shí)間點(diǎn)赤井秀一化名諸星大，也潛入了黑衣組織當(dāng)臥底，且當(dāng)時(shí)在場(chǎng)，安室透認(rèn)為是赤井秀一害了蘇格蘭），而安室透想抓住赤井秀一，以此博得黑衣組織的信任，從而接近黑衣組織高層；赤井秀一則提醒他，不要把目標(biāo)搞錯(cuò)了。之前的沖矢昴是赤井秀一假扮的，他在工藤家暗中保護(hù)隔壁的灰原哀，但這次出現(xiàn)在工藤家的沖矢昴是工藤優(yōu)作假扮的。

波本篇后續(xù)劇情的最后，紅方得到情報(bào)，代號(hào)朗姆的黑衣組織二把手出動(dòng)了！漫畫第898話（對(duì)應(yīng)動(dòng)畫TV版第783集，拆分版第836集）波本篇結(jié)束，同時(shí)《名偵探柯南》又無縫對(duì)接地開啟了朗姆篇。

朗姆的身份神秘，特征為獨(dú)眼，其嫌疑人有警視廳的警官黑田兵衛(wèi)（男，警銜為警部），柯南班上的副班主任老師若狹留美（女），毛利小五郎樓下的一家壽司店的廚師脅田兼則（男），三個(gè)人都似乎在試探什么。

一個(gè)神秘少女出現(xiàn)了柯南周圍，她被某個(gè)人稱作“領(lǐng)域外的妹妹”，簡(jiǎn)稱“領(lǐng)妹”，她似乎想試探柯南，又似乎在回避柯南。

而與此同時(shí)，一個(gè)1997年就被作者埋好的伏筆（雖然讀者怎么看都像是作者無意中翻以前的漫畫，發(fā)現(xiàn)這是一個(gè)可以挖掘出來的點(diǎn)，于是就挖掘出來了）被挖了出來，柯南和灰原哀通過某個(gè)（一度被認(rèn)為是非主線人物的）人注意到了一個(gè)17年前（指的是這件事發(fā)生在《名偵探柯南》的故事開始之前17年，不是說作者17年前創(chuàng)作的這件事，所以不要用公元2018年或其他年份減去17年）被黑衣組織害死的人（參見漫畫第945——947話，動(dòng)畫TV版第849——850集，海外版第904——905集），他死的時(shí)候，一個(gè)叫淺香的可疑的人下落不明，他留的死亡訊息似乎指向淺香（參見漫畫第948——950話，動(dòng)畫TV版第861——862集，海外版第916——917集）。

另一條主線，柯南變回工藤新一之后參加了帝丹高中的修學(xué)旅行，并趕在重新變小之前向毛利蘭表白；但這次旅行工藤新一還活著的信息暴露了（參見漫畫第1000——1005話）雖然工藤優(yōu)作想辦法將這件事壓了下去，但朗姆還是注意到了；不過工藤優(yōu)作隨后發(fā)現(xiàn)了死亡訊息的真正意思——死亡訊息直指黑衣組織BOSS（參見漫畫第1006——1008話）

安室透和沖矢昴的身份揭曉之后，水無憐奈給赤井秀一的手機(jī)發(fā)了朗姆（RUM）的信息，而朗姆是組織二把手，特征為獨(dú)眼。朗姆的身份十分隱秘，有人說此人是一個(gè)大漢，有人說此人是一個(gè)女人，有人說此人是一個(gè)老頭。

有一個(gè)叫黑田兵衛(wèi)的人很可疑。他是警視廳的一名警官，警銜為警視，推理能力很強(qiáng)，且獨(dú)眼，且他之前曾在長(zhǎng)野縣工作并跟柯南有接觸，是朗姆嫌疑人之一。

世良真純身邊出現(xiàn)了一個(gè)被稱為“領(lǐng)域外的妹妹”（簡(jiǎn)稱“領(lǐng)妹”）的少女，推力能力很強(qiáng)且身手不凡，身份十分可疑，且她頭發(fā)是金色的，長(zhǎng)相跟灰原哀有幾分相似。

世良真純聲稱她有一個(gè)二哥，后來二哥的身份揭曉，是羽田秀吉，羽田秀吉有個(gè)叫羽田浩司的義兄，17年前去美國(guó)時(shí)卷入了一起案件，案件中黑衣組織殺害了美國(guó)資本家阿曼達(dá)休斯，并給羽田浩司灌下了A藥，羽田浩司的名字出現(xiàn)在了A藥死亡名單上（參見漫畫第179話，動(dòng)畫TV版第129集，拆分版第138集）；案件之后阿曼達(dá)休斯的保鏢淺香下落不明，且羽田浩司留下了疑似“淺香 朗姆”的死亡訊息，因此淺香十分可疑。

領(lǐng)妹身份揭曉，原來她是世良真純的母親，名叫瑪麗，吃了A藥變小了，現(xiàn)在隱藏著身份，正在想辦法跟黑衣組織對(duì)抗。

赤井秀一、羽田秀吉、世良真純的父親叫赤井務(wù)武，十七年前疑似在跟黑衣組織的對(duì)抗中犧牲，隨后瑪麗、赤井秀一、羽田秀吉、世良真純被送到日本保護(hù)了起來。赤井秀一為了調(diào)查父親死因，去了美國(guó)，加入了美國(guó)國(guó)籍，并加入了FBI。赤井一家與英國(guó)關(guān)系密切。

一個(gè)叫若狹留美的女人到了一年B班當(dāng)上了副班主任老師，并有意接觸柯南和灰原哀，她看似冒冒失失，實(shí)則有不凡的推理能力，武功高強(qiáng)，還是獨(dú)眼，她是朗姆嫌疑人之二。

毛利小五郎樓下的一家壽司店出現(xiàn)了一名叫脅田兼則的廚師，此人有意接觸毛利小五郎；他有一定的推理能力，又是獨(dú)眼，是朗姆嫌疑人之三。

黑田兵衛(wèi)、脅田兼則似乎都認(rèn)識(shí)若狹留美，而若狹留美和黑田兵衛(wèi)疑似有過節(jié)。

帝丹高中組織修學(xué)旅行，柯南第五次恢復(fù)成工藤新一，參加了這次旅行，并向毛利蘭表白，之后得到了毛利蘭的回應(yīng)；這次旅行遭遇案件，工藤新一參與了破案，并被媒體注意到，朗姆也發(fā)現(xiàn)了工藤新一可能還活著，于是催促安室透調(diào)查這件事，后來工藤優(yōu)作和服部平次想辦法把這件事平息了下去，但朗姆仍然不信（漫畫中顯示黑田兵衛(wèi)、脅田兼則和若狹留美都看到了工藤新一活著的消息，且脅田兼則去了阿笠博士家，疑似試探，若狹留美則通過不明渠道看到了A藥死亡名單，之后安室透收到了朗姆的郵件，郵件催促他調(diào)查工藤新一，隨后工藤優(yōu)作和服部平次把事情平息了下去，但安室透又收到了朗姆的郵件，再次催促他調(diào)查工藤新一）。

世良真純發(fā)現(xiàn)了工藤新一變成柯南的情況，并告訴了領(lǐng)妹。

工藤優(yōu)作夫婦回到日本，和赤井秀一商談之后發(fā)現(xiàn)羽田浩司留下的死亡訊息不是“淺香 朗姆”，而是“烏丸”，由此可見烏丸蓮耶是組織BOSS。工藤優(yōu)作決定留在日本幫助柯南對(duì)抗組織。

安室透回憶起小時(shí)候的情況，原來宮野厚司是個(gè)科學(xué)家兼醫(yī)生，和妻子宮野艾琳娜（劇情交代她是混血）開了一家診所，宮野厚司想從事他的研究，但他們的收入不足以實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)，而此時(shí)烏丸集團(tuán)愿意贊助宮野厚司，于是宮野厚司決定帶著妻子和女兒一起投奔烏丸集團(tuán)（這個(gè)時(shí)間節(jié)點(diǎn)是宮野艾琳娜懷宮野志保懷到三個(gè)月時(shí)，此外還有一個(gè)細(xì)節(jié)——宮野艾琳娜的姐姐說烏丸集團(tuán)不可靠）。

安室透又發(fā)現(xiàn)了沖矢昴為赤井秀一假扮的線索，于是持槍上門，跟赤井秀一對(duì)峙，被工藤優(yōu)作阻止。

截止到第1012話的主要?jiǎng)∏榫褪沁@些，次要?jiǎng)∏榘ǚ科酱魏瓦h(yuǎn)山和葉的戀情進(jìn)展、高木涉和佐藤美和子的戀情進(jìn)展、妃英理被綁架并威脅拍裸照（最終被柯南救下）等。