小云帶你簡單確定分子對接口袋-對接盒子（二）
我們在確定分子對接盒子的位置和尺寸時(shí)，有一些在線工具可以幫助簡化該過程。以下是一些常用的在線工具：
DOCK Blaster: DOCK Blaster是一個(gè)在線的分子對接平臺(tái)，可以根據(jù)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和小分子的信息自動(dòng)預(yù)測對接盒子的位置和尺寸。您只需提供蛋白質(zhì)的PDB文件和小分子的SMILES字符串或PDB文件，DOCK Blaster將自動(dòng)生成對接盒子的邊界。
SwissDock: SwissDock是一個(gè)在線的分子對接平臺(tái)，它提供了一個(gè)交互式的對接盒子編輯器。您可以通過在SwissDock網(wǎng)站上上傳蛋白質(zhì)的PDB文件，并在編輯器中手動(dòng)調(diào)整對接盒子的位置和尺寸。
HADDOCK: HADDOCK是一個(gè)在線的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)-小分子對接平臺(tái)。在HADDOCK中，您可以上傳蛋白質(zhì)和小分子的結(jié)構(gòu)文件，并通過指定約束和距離限制來定義對接盒子。
DeepSite是一個(gè)用于確定分子對接位點(diǎn)的在線工具。它是基于深度學(xué)習(xí)的方法，可以自動(dòng)預(yù)測蛋白質(zhì)中潛在的結(jié)合位點(diǎn)。您可以通過上傳蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)文件（PDB格式），DeepSite會(huì)分析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)并預(yù)測出可能的結(jié)合位點(diǎn)。
DeepSite的預(yù)測結(jié)果以可視化方式呈現(xiàn)，顯示潛在的結(jié)合位點(diǎn)及其置信度分?jǐn)?shù)。這可以幫助研究人員快速確定對接盒子的位置，以便進(jìn)行后續(xù)的分子對接實(shí)驗(yàn)或研究。
1、第三種情況就是如果要虛擬篩選，我們可以利用deepsite，找到預(yù)測結(jié)合位點(diǎn)的工具。左列是網(wǎng)站的工具，下面是近期的一些任務(wù)。
2、可以看到橙色就是預(yù)測出的結(jié)合口袋，與右側(cè)的結(jié)合口袋的具體信息。如果我們要上傳文件，點(diǎn)擊choose file，submit，等待排隊(duì)結(jié)束就開始計(jì)算。
3、如果小分子存在就會(huì)利用小分子來預(yù)測結(jié)合口袋，當(dāng)沒有小分子，就會(huì)檢測蛋白所有的位置，通過算法打分。
4、對位置信息結(jié)果，我們就可以在adt進(jìn)行設(shè)置盒子的中心位置了，盒子的大戲小就可以我們自己調(diào)節(jié)。
5、下面這個(gè)網(wǎng)站protein plus，ProteinsPlus 的是研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，理解功能的關(guān)鍵。它們是從藥物研究到生物催化等許多生物技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域的重要資源。ProteinsPlus 專注于蛋白質(zhì)與配體的相互作用。服務(wù)器支持處理蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的初始步驟，即結(jié)構(gòu)搜索、質(zhì)量評估和預(yù)處理。此外，先進(jìn)的選擇，如蛋白質(zhì)口袋檢測，集合生成或金屬配位預(yù)測的支持。預(yù)測結(jié)合位點(diǎn)，輸入id，對蛋白表面的位點(diǎn)打分。
6、如果有l(wèi)igand會(huì)提示，沒有就會(huì)對蛋白全部進(jìn)行分析，點(diǎn)擊綠色小眼睛展示不同的口袋，還可以查看具體的信息，包括口袋有多少個(gè)氨基酸殘基，序列號(hào)是多少，也可以下載這些信息。
7、我們下載這預(yù)測的7個(gè)口袋后綴ccp4，使用pymol打開，是一個(gè)盒子，下載命令行輸出fetch 1iep，下載。
8、因?yàn)閏cp4在adt無法打開，如果使用adt，我們可以打開下載的residue，pdb格式，分別用pymol和文本打開，在文本中可以看到殘基序列號(hào)，打開adt挑選出這些殘基。
9、當(dāng)我們實(shí)驗(yàn)已經(jīng)知道小分子與蛋白親和，但不清楚位置在哪，我們設(shè)置較大的grid，如果不想進(jìn)行預(yù)測口袋，可以直接把全部蛋白放在盒子里面，進(jìn)行對接。
10、我們還可以查看1iep_desc.txt，包括各種信息，可以使用python批量對多個(gè)對接位點(diǎn)中需要的數(shù)據(jù)提取進(jìn)行后續(xù)分析。
以上就是小云帶你簡單確定分子對接口袋的具體操作。
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云生信平臺(tái)鏈接：http://www.biocloudservice.com/home.html。
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