1555年，胡安娜·德·阿爾布雷正式在比利牛斯地區(qū)的首都“波城”加冕為了納瓦拉女王，她是納瓦拉國王“恩里克二世”與法國國王“弗朗索瓦一世”的姐姐“昂古萊姆的瑪格利特”的大女兒，二女兒“埃莉諾·德·阿爾布雷”（自創(chuàng)角色）嫁給了法國的旺多姆公爵“安托萬·德·波旁”，他們的孩子“亨利”將成為納瓦拉國王與法國波旁王朝的開創(chuàng)者。小兒子胡安在出生同年的12月25日便夭折去世

胡安娜剛上臺(tái)的時(shí)候，法國的宗教矛盾越來越嚴(yán)重化，以北方吉斯家族為首的天主教聯(lián)盟和南方新教勢力的胡格諾派都十分?jǐn)骋暠舜?，由于胡安娜從小在母親帶來的人文主義思想下長大，她對加爾文宗十分感興趣， 很快便下達(dá)指令宣布加爾文宗為納瓦拉王國的國教，修女和教士被迫離開，這一舉動(dòng)使胡安娜三世被當(dāng)時(shí)的羅馬教皇絕罰，并宣告任何人都可以入侵胡安娜三世的王國，但這一舉動(dòng)卻遭到了法國王太后“凱瑟琳·德·美第奇”的勸解。而同時(shí)，大量來自法國的新教徒也來到了納瓦拉王國尋求這位新教女王的庇護(hù)和支持，首都“波城”也成為了當(dāng)時(shí)法國新教徒的大本營之一，胡安娜三世也很快就成為了胡格諾派的重要人物之一，并且為了加強(qiáng)法國新教徒的力量，胡安娜三世于1556年1月初在法國加斯科涅地區(qū)的“馬?！迸c當(dāng)時(shí)的胡格諾領(lǐng)袖“加斯帕爾·德·科利尼”成婚，胡安娜十分欣賞自己的丈夫，但加斯帕爾更多的是出于政治目的

加斯帕爾不僅是法國北部香檳地區(qū)“沙蒂永”的世襲領(lǐng)主和法國海軍上將，在意大利戰(zhàn)爭時(shí)期因功而被法國國王“亨利二世”封為了阿瑪尼亞克公爵(封公爵部分為自編)。由于這場聯(lián)姻鼓舞了歐洲各地的新教徒，這場聯(lián)姻也被稱之為“胡格諾大婚”，參考了此前卡斯蒂利亞和阿拉貢的“伊比利亞大婚”。 這段婚姻很快就迎來了第一個(gè)孩子，同年12月初，大女兒“瑪?shù)氯R娜·德·科利尼”出生，她將會(huì)是納瓦拉的女王，并在之后短暫成為了法王亨利三世的王后和“沉默者”威廉的妻子，最后會(huì)因病去世且沒有留下子嗣，王位將傳給自己的表哥“亨利·德·波旁”；小女兒“瑪格麗特”出生時(shí)因難產(chǎn)去世，這也導(dǎo)致胡安娜三此后不能再要孩子了。 這場新教聯(lián)姻讓法國王室和國內(nèi)的天主教同盟都感到了威脅，當(dāng)時(shí)的吉斯公爵揚(yáng)言道要將科利尼的頭顱掛在巴黎城墻上三天三夜，并把胡安娜三世送進(jìn)修道院內(nèi)。并且在給教皇寫信的時(shí)候更是寫道了將對納瓦拉王國發(fā)動(dòng)圣戰(zhàn)，由他吉斯公爵成為納瓦拉的洛林王朝的開創(chuàng)者，但這封信半路卻被法國王室的間諜捕獲，所以此時(shí)的法國王室在凱瑟琳王太后的思議下依舊保持中立，但宗教矛盾依舊日益嚴(yán)重 1562年，法國宗教戰(zhàn)爭爆發(fā)

1572年6月，胡安娜三世在巴黎準(zhǔn)備著女兒瑪?shù)氯R娜和未來的亨利三世與外甥亨利·德·波旁和法國公主瑪格麗特的婚禮時(shí)因病去世，她的女兒瑪?shù)氯R娜成為了納瓦拉的新任女王 1572年8月的圣巴托洛繆大屠殺，加斯帕爾·德·科利尼在巴黎遇刺 兩個(gè)親人都在巴黎離世，這對新上任的納瓦拉女王瑪?shù)氯R娜打擊非常大，因?yàn)楸绕鸺藿o法國王子，瑪?shù)氯R娜更想嫁給自己的表哥亨利·德·波旁，這樣的話也就將成為第二次胡格諾大婚??