對(duì)于集合的可視化，大家可能首先想到的是veen圖，在集合不超過(guò)5個(gè)的時(shí)候，可視化效果不錯(cuò)，但是一旦數(shù)據(jù)集增加，就很難從圖中解讀出想要的信息了。當(dāng)表示超過(guò)5個(gè)數(shù)據(jù)集之間的包含關(guān)系時(shí)，我們常用UpSet圖或者花瓣圖，花瓣圖的外形美觀，展示信息又很直觀，所以常用它來(lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析和可視化。下面就請(qǐng)跟隨我一起學(xué)習(xí)使用歐易云平臺(tái)新上線(xiàn)的花瓣圖小工具吧！

功能介紹

當(dāng)我們想看數(shù)據(jù)集之間的包含關(guān)系且數(shù)據(jù)集超過(guò)5組時(shí)，常需要繪制花瓣圖，我們能夠在花瓣圖中看到兩種信息：一是所有樣本共有的信息；二是每個(gè)樣本獨(dú)有的信息。

文件要求

01

基因表達(dá)文件

第一列為基因或特征名稱(chēng)，隨后為樣本名稱(chēng)，樣本名稱(chēng)各列對(duì)應(yīng)值為表達(dá)量。（支持txt、xls、xlsx、csv 格式）。

圖1 | 基因表達(dá)文件格式示例圖

02

基因篩選文件

第一行為樣本名稱(chēng)，樣本名稱(chēng)各列對(duì)應(yīng)值為篩選出的基因名。（支持txt、xls、xlsx、csv 格式）。

圖2 | 基因篩選文件格式示例圖

03

樣本分組文件

第一列為樣本名稱(chēng)，第二列為樣本所在的分組名稱(chēng)。（支持txt、xls、xlsx、csv 格式）。

圖3 | 樣本分組文件格式示例圖

參數(shù)調(diào)整

01

主要參數(shù)

圖4 | 主要參數(shù)

02

常用參數(shù)

圖5 | 常用參數(shù)

作圖步驟

01

上傳文件

1.基因表達(dá)文件

①請(qǐng)于主要參數(shù)中的數(shù)據(jù)文件處上傳您所要進(jìn)行分析的基因表達(dá)文件，如果此處未上傳文件，您將無(wú)法得出結(jié)果。上傳成功后，將會(huì)于“選擇文件”后顯示您上傳的文件名；

此處為上傳成功示例：

圖6 | 基因表達(dá)文件上傳成功示例

②文件類(lèi)型處請(qǐng)選擇“基因表達(dá)文件”；

③如果您要進(jìn)行分組分析，請(qǐng)于常用參數(shù)中的分組文件處上傳對(duì)應(yīng)的分組文件。上傳成功后，將會(huì)于“選擇文件”后顯示您上傳的文件名。如果您不需要進(jìn)行分組分析，未上傳分組文件，小工具將默認(rèn)每個(gè)樣本各為一組進(jìn)行花瓣圖的繪制；

此處為上傳成功示例：

圖7?| 分組文件上傳成功示例

2.基因篩選文件

①請(qǐng)于主要參數(shù)中的數(shù)據(jù)文件處上傳您所要進(jìn)行分析的基因篩選文件，如果此處未上傳文件，您將無(wú)法得出結(jié)果。上傳成功后，將會(huì)于“選擇文件”后顯示您上傳的文件名；

此處為上傳成功示例：

圖8 |?基因篩選文件上傳成功示例

②文件類(lèi)型處請(qǐng)選擇“基因篩選文件”；

③如果您要進(jìn)行分組分析，請(qǐng)于常用參數(shù)中的分組文件處上傳對(duì)應(yīng)的分組文件。上傳成功后，將會(huì)于“選擇文件”后顯示您上傳的文件名。如果您不需要進(jìn)行分組分析，未上傳分組文件，小工具將默認(rèn)每個(gè)樣本各為一組進(jìn)行花瓣圖的繪制；

此處為上傳成功示例：

圖9 | 分組文件上傳成功示例

*說(shuō)明：基因篩選文件可直接用于UpSet圖

02

調(diào)整其他參數(shù)

常用參數(shù)中的其他參數(shù)均為默認(rèn)數(shù)值，您可根據(jù)自己的需求進(jìn)行修改，點(diǎn)擊“重置”則包括文件在內(nèi)的所有參數(shù)全部清空。

①圖片格式：默認(rèn)為pdf類(lèi)型,其他類(lèi)型有png，可接受默認(rèn)設(shè)置或在下拉菜單中選擇png格式。如果您選擇png格式，點(diǎn)擊“結(jié)果下載”，所得文件僅有一張png格式的圖片；如果您選擇pdf格式，點(diǎn)擊“結(jié)果下載”，所得文件包含pdf、png兩種格式的圖片。不論您選擇何種圖片格式，都會(huì)有png格式的圖片直接顯示在右側(cè)工作區(qū)；

②配色方案：平臺(tái)共提供8種配色方案，包括多種期刊配色供您挑選，其中默認(rèn)配色1是原DNA業(yè)務(wù)線(xiàn)花瓣圖配色方案，默認(rèn)配色2是原RNA業(yè)務(wù)線(xiàn)花瓣圖配色方案，只有8種顏色，超過(guò)則重復(fù)配色；

③字體類(lèi)型：默認(rèn)為Arial，其他類(lèi)型有Times、Verdana，可接受默認(rèn)設(shè)置或在下拉菜單中選擇其他格式；

④是否顯示圖例：默認(rèn)為“是”，可接受默認(rèn)設(shè)置或在下拉菜單中選擇“否”；

⑤是否顯示標(biāo)簽：即花瓣外圍樣本標(biāo)簽，默認(rèn)為“是”，可接受默認(rèn)設(shè)置或在下拉菜單中選擇“否”；

⑥字體大?。?/strong>大于0，按倍率調(diào)整，可接受默認(rèn)設(shè)置或自定義輸入。

03

最終提交

所有參數(shù)設(shè)置成功后點(diǎn)擊“提交”，在主要參數(shù)界面或常用參數(shù)界面點(diǎn)擊等效，您只需在任意界面點(diǎn)擊一次即可，右側(cè)工作區(qū)將提示您所需時(shí)間。

如圖所示區(qū)域：

圖10 | 工具預(yù)估耗時(shí)提示處

結(jié)果分析

01

結(jié)果展示及下載

分析結(jié)果圖將會(huì)在此處展示，您可以點(diǎn)擊左上角的“結(jié)果下載”將結(jié)果保存至本地。

圖11 | 結(jié)果展示處

結(jié)果下載成功示例：點(diǎn)擊“結(jié)果下載”您將會(huì)得到如下壓縮包，您所得壓縮包名稱(chēng)與下面示例名稱(chēng)不同為正?，F(xiàn)象。

圖12 | 結(jié)果下載成功示例

解壓縮后得到以下文件：

圖13 | 結(jié)果文件夾內(nèi)容示例

02

結(jié)果說(shuō)明

①基因表達(dá)文件結(jié)果：

每一片花瓣表示一個(gè)樣本，標(biāo)簽為樣本名，花瓣圖中心數(shù)字為所有樣本共有的基因數(shù)，花瓣上數(shù)字為各樣本獨(dú)有的基因數(shù)。

圖例顯示分組信息，顏色按照分組進(jìn)行分配，此處展示圖片為已上傳分組文件時(shí)的情況，同一分組顏色相同，每組各為一種顏色。

圖14 | 基因表達(dá)文件進(jìn)行分組分析結(jié)果示例

此處展示圖片為沒(méi)有上傳分組文件時(shí)的情況，默認(rèn)每個(gè)樣本各為一組，每組各為一種顏色。

圖15 | 基因表達(dá)文件不進(jìn)行分組分析結(jié)果示例

②基因篩選文件結(jié)果：

每一片花瓣表示一個(gè)樣本，標(biāo)簽為樣本名，花瓣圖中心數(shù)字為所有樣本共有的基因數(shù)，花瓣上數(shù)字為各樣本獨(dú)有的基因數(shù)。

圖例顯示分組信息，顏色按照分組進(jìn)行分配，此處展示圖片為已上傳分組文件時(shí)的情況，同一分組顏色相同，每組各為一種顏色。

圖16 | 基因篩選文件進(jìn)行分組分析結(jié)果示例

此處展示圖片為沒(méi)有上傳分組文件時(shí)的情況，默認(rèn)每個(gè)樣本各為一組，每組各為一種顏色。

圖17?| 基因篩選文件不進(jìn)行分組分析結(jié)果示例

歷史記錄

點(diǎn)擊歐易集團(tuán)云平臺(tái)界面右上角的“登錄”，您可以進(jìn)行免費(fèi)注冊(cè)，用您注冊(cè)的賬號(hào)登錄歐易云平臺(tái)個(gè)人中心，在此之后使用云平臺(tái)所有的小工具將會(huì)存有記錄。您可以點(diǎn)擊下圖中的“歷史記錄”查看使用花瓣圖小工具的使用記錄，或點(diǎn)擊右上角“個(gè)人中心”查看所有小工具任務(wù)記錄。

圖16 | 歷史記錄示例

常見(jiàn)FAQ

請(qǐng)問(wèn)數(shù)據(jù)集少于5個(gè)時(shí)可以使用花瓣圖嗎？

您好，首先感謝您的咨詢(xún)。當(dāng)數(shù)據(jù)集少于5個(gè)時(shí)不可以繪制花瓣圖，您可以繪制veen圖或UpSet圖就能得到很好的效果。

標(biāo)簽：云平臺(tái)生信分析