火山圖相信大家肯定都不陌生，但是怎么畫出美觀而又大方的火山圖可讓很多小伙伴抓耳撓腮了，下面小云化身老司機(jī)帶小伙伴們一同學(xué)習(xí)畫直觀的火山圖吧

?火山圖是散點(diǎn)圖的一種，它將統(tǒng)計(jì)測(cè)試中的統(tǒng)計(jì)顯著性量度（如p value）和變化幅度相結(jié)合，從而能夠幫助快速直觀地識(shí)別那些變化幅度較大且具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的數(shù)據(jù)點(diǎn)（基因等）。

火山圖常應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組研究，也能應(yīng)用于基因組，蛋白質(zhì)組，代謝組等統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)?；鹕綀D的橫軸一般是 Log2 (fold change) ，表示兩組樣品之間的差異倍數(shù)，點(diǎn)越偏離中心，表示差異倍數(shù)越大。火山圖的縱軸一般是 -Log 10 (P-value) ，表示差異是否具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，點(diǎn)越靠圖的頂部表示差異越顯著?；鹕綀D的點(diǎn)的顏色和大小也可以表示更多的屬性，如基因的上調(diào)、下調(diào)、無差異、表達(dá)豐度等?；鹕綀D可以幫助我們快速篩選出具有生物學(xué)意義的差異基因，并在圖上標(biāo)記出來。

介紹完了火山圖，為了小伙伴們更加全面的認(rèn)識(shí)火山圖，下面小云說一下它的優(yōu)缺點(diǎn)。

火山圖的優(yōu)點(diǎn)：

1.?它可以快速直觀地展示出變化幅度較大且具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的數(shù)據(jù)點(diǎn)，如差異基因等

2.?它可以在圖上標(biāo)記出關(guān)注的基因的名字，方便后續(xù)的分析和驗(yàn)證

3.?它可以用點(diǎn)的顏色和大小表示更多的屬性，如基因的上調(diào)、下調(diào)、表達(dá)豐度等

火山圖的缺點(diǎn)：

1.?它只適合展示兩組樣品之間的比較，不能展示多組樣品之間的差異

2.?它不能展示數(shù)據(jù)點(diǎn)之間的相關(guān)性或聚類情況，需要結(jié)合其他圖形如熱圖等

3.?它可能受到數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化、批次效應(yīng)等因素的影響，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在系統(tǒng)偏差

?任何事物都不會(huì)是十全十美的，火山圖也是如此。不過我們更關(guān)注它的優(yōu)點(diǎn)。下面小云帶大家使用ggplot2包來畫出美觀的火山圖

首先是數(shù)據(jù)展示，前十行的數(shù)據(jù)如下圖所示

下面就是代碼部分啦

rm( list = ls())

gc()

# 設(shè)置工作路徑

setwd('/media/desk16/iyun010')

library(tidyverse)

# 讀取數(shù)據(jù)集

data <- read.csv('data.csv')

# 將p值進(jìn)行-log10轉(zhuǎn)化

volc_plot <- ggplot(data, aes(LogFC, -log10(PValue))) +

??geom_point(size = 0.4) + # 調(diào)整點(diǎn)的大小

??xlab(expression("log"[2]*" fold change")) + # 修飾橫坐標(biāo)的題目

??ylab(expression("-log"[10]*" p-value")) + # 修飾縱坐標(biāo)的題目

??scale_x_continuous(limits = c(-15, 15)) + # 調(diào)整橫坐標(biāo)的范圍

??theme_minimal()

data1 <- data %>%

??mutate(expression = case_when(LogFC >= 1 & PValue < 0.05 ~ "Up-regulated", # 上調(diào)

????????????????????????????????LogFC <= -1 & PValue < 0.05 ~ "Down-regulated", # 下調(diào)

????????????????????????????????TRUE ~ "Unchanged")) # 不變

?

volc_plot1 <- ggplot(data1, aes(LogFC, -log10(PValue))) +

??geom_point(size = 0.4, aes(color = expression)) + # 根據(jù)expression水平進(jìn)行著色

??xlab(expression("log"[2]*" fold change")) + # 修飾x軸題目

??ylab(expression("-log"[10]*" p-value")) + # 修飾y軸題目

??scale_x_continuous(limits = c(-15, 15)) +

??scale_color_manual(values = c("steelblue", "grey", "red"))+ ?# 添加三種顏色

??# theme_minimal

??theme_bw() +

??theme(panel.grid.major=element_blank(),panel.grid.minor=element_blank())+

??theme(axis.line = element_line(colour = "black"))

?

ggsave('volc.png', plot = last_plot(),width=225, height =150,units = "mm" ,dpi=300)

畫出結(jié)果如下圖所示，是不是很美觀呢

今天的火山圖繪制教程就到這里啦，感興趣的可以找小云討論哦，我們下次見~