原文首發(fā)CSDN，B站等

1，我們現(xiàn)在學(xué)習(xí)Linux系統(tǒng)，首先得有個(gè)服務(wù)器的賬號(hào)，這個(gè)要看自己的學(xué)校里面有沒有專門做生信的課題組問問，或者去淘寶買，或者去那個(gè)組學(xué)大講堂公眾號(hào)里面有服務(wù)器租借的（沒廣告），租個(gè)好點(diǎn)的服務(wù)器，價(jià)格估計(jì)5000-10000半年不等的價(jià)格，能處理一些轉(zhuǎn)錄組等大數(shù)據(jù)，也可以做WGCNA等其他的大數(shù)據(jù)分析。連接服務(wù)器我用MobaXterm。另外一些Linux基礎(chǔ)，如創(chuàng)建文件和文件夾等，就不說了。我們來看看在擁有服務(wù)器賬號(hào)后，如何安裝conda，conda是一個(gè)應(yīng)用商店，可以通過這個(gè)軟件來安裝各種生信軟件，并設(shè)置鏡像和環(huán)境變量。

2，首先進(jìn)入一個(gè)文件夾，這個(gè)文件夾所分配的存儲(chǔ)空間一定要大

cd /data/username/

3，在該文件夾中，下載Miniconda，下載命令：

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate

4，安裝，安裝的過程中，按enter繼續(xù)和看協(xié)議，這個(gè)是強(qiáng)制讓你看協(xié)議的，看完就打yes

bash Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh

5，打完yes，在這里注意下，說按enter就是默認(rèn)的地址，我們可以自己設(shè)置好路徑，給它個(gè)文件夾，就確定吧：

6， 最后打yes，然后退出服務(wù)器并重新進(jìn)入，進(jìn)入系統(tǒng)后檢查是否安裝，有東西出來就行，該步驟使用命令：

conda -h

7，我們?cè)O(shè)置鏡像，設(shè)置鏡像的目的，是有時(shí)候下載一些軟件，需要訪問國外的網(wǎng)站，鏡像網(wǎng)站可以幫助我們更好地進(jìn)行工作。首先，查看conda目前的鏡像，命令：

conda config --show

?8，目前顯示的是默認(rèn)鏡像，我們添加清華或北大的鏡像，命令：

conda config --add channels? https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

?

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

?

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

?

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

?

conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

9，再按命令“conda config --show”可以再查看當(dāng)前的鏡像。

10，我們現(xiàn)在設(shè)置環(huán)境變量，這個(gè)操作可以使我們?cè)谌魏挝募夸浵率褂胏onda命令，不必進(jìn)入bin文件夾中使用軟件，為以后使用conda安裝軟件提供便利。首先在home下查看當(dāng)前的環(huán)境變量：

cat .bashrc

10.1，編輯環(huán)境變量：

vim .bashrc

10.2，點(diǎn)“a”進(jìn)入編輯狀態(tài)

a

10.3，將路徑替換成自己miniconda里面的bin文件夾

export PATH=/data/username/miniconda3/bin/:$PATH

10.4，點(diǎn)一下"Esc"鍵退出，并打":wq"進(jìn)行保存和退出，如圖

:wq

?10.5，再次用命令"cat .bashrc"查看環(huán)境變量

11，完事了，我們就可以用conda安裝軟件了，先試試fastp軟件，命令：

conda install fastp

11.1，然后看看fastp能不能用，命令，有東西出來就行：

fastp -h

11.2，我們使用conda安裝軟件的時(shí)候，可以在這個(gè)網(wǎng)站查看conda安裝的命令

https://anaconda.org/

11.3，如查看fastqc這個(gè)軟件的安裝命令

11.4，進(jìn)去，找到fastqc，再點(diǎn)進(jìn)去，可以看見安裝命令。大部分的軟件都可以用conda下載的。