1.知識產(chǎn)權與研發(fā)活動的一致性

在申報高新技術企業(yè)過程中，存在最多的問題就是企業(yè)現(xiàn)有的知識產(chǎn)權如何與近三年研發(fā)活動建立關聯(lián)關系。

雖然在申報高新技術企業(yè)認定過程中，企業(yè)可以使用三年以前所取得的知識產(chǎn)權，但是對研發(fā)活動的要求卻一定是近三年之內(nèi)所發(fā)生的。

在這種情況下，如果企業(yè)缺乏系統(tǒng)性的研發(fā)計劃安排與知識產(chǎn)權管理，知識產(chǎn)權與研發(fā)活動的關聯(lián)度就會降低，甚至影響到對近三年研發(fā)活動績效的評價。

例如，有可能導致在高新技術企業(yè)評審過程中，有些專家給出該企業(yè)研發(fā)活動效率不高或者研發(fā)成果不明顯，甚至認為企業(yè)知識產(chǎn)權管理混亂的傾向性意見。

知識產(chǎn)權與研發(fā)活動的一致性問題，反映的是企業(yè)在研發(fā)活動管理中缺乏對知識產(chǎn)權與研發(fā)目標的整體性規(guī)劃能力。

2. 知識產(chǎn)權的成果轉化

高新技術企業(yè)申報政策規(guī)定，企業(yè)的知識產(chǎn)權可以不在近三年，但成果轉化一定要在近三年內(nèi)。這就造成有的企業(yè)在決定申報高新技術企業(yè)時突然發(fā)現(xiàn)，雖然自己有很多知識產(chǎn)權，但有效的成果轉化數(shù)量卻并不高。

高新技術企業(yè)認定的宗旨是為了鼓勵和促進企業(yè)提升科技創(chuàng)新、成果轉化的積極性與創(chuàng)造力，因此對認定有效期內(nèi)（近三年）的知識產(chǎn)權成果轉化能力極為看重。因為，從某種意義上說，企業(yè)近三年知識產(chǎn)權的轉化情況能夠較為客觀地反映出該企業(yè)知識產(chǎn)權的含金量、實用性及產(chǎn)品的市場前景。所以，從表面上看，知識產(chǎn)權的成果轉化反映的是一個企業(yè)對創(chuàng)新成果的市場轉化能力，但實質上考察的則是企業(yè)針對現(xiàn)有知識產(chǎn)權實施科技成果轉化的有效管理能力。

3. 研發(fā)組織管理

在現(xiàn)實管理中，雖然很多企業(yè)已經(jīng)建立了相應的研發(fā)組織，并有相對健全完善的管理制度，但在日常的研發(fā)項目組織管理中，仍存在許多管理粗放的特點。主要表現(xiàn)在以下三個方面：

一是研發(fā)項目立項管理不規(guī)范。大多數(shù)企業(yè)或多或少都存在錯誤的認識——“自主研發(fā)項目是企業(yè)自己投資，為了提高研發(fā)項目的實施效率，可以減少一些制度上的煩瑣約束”。如果只是在內(nèi)部管理上，或許可以認為這是一種企業(yè)管理的“自我調節(jié)”行為，但如果企業(yè)是要申報高新技術企業(yè)認定，這種行為就是研發(fā)組織管理中的一項重大漏洞。

?二是在研發(fā)費用管理上存在諸多隨意性行為。其中最突出的問題是，很多企業(yè)存在研發(fā)支出輔助賬缺失的情況。針對這一問題，企業(yè)通常對研發(fā)費用支出采取“事后一次性歸集”。這種“臨時抱佛腳”的管理方式雖然可以彌補高新技術企業(yè)申報中的一些不足，但對企業(yè)研發(fā)組織管理水平的提升與研發(fā)費用規(guī)范化管理并無任何改善作用。

?三是大多數(shù)企業(yè)并不了解企業(yè)創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)平臺建設的意義，有的甚至從未聽說過。因此，很多企業(yè)在這方面的管理上存在空白。

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?4. 研發(fā)經(jīng)費歸集

很多企業(yè)在進行年度匯算清繳時才發(fā)現(xiàn)，自己所歸集的研發(fā)費用真正符合研發(fā)支出要求的并不多。

這是因為，根據(jù)《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2008〕362號文）的規(guī)定，研發(fā)費用歸集必須符合八個條件。

例如，很多企業(yè)在研發(fā)活動中所產(chǎn)生的委外加工費用只能按照費用總額的80%計入當期研發(fā)費用；有的企業(yè)雖然接受了委外方所提供的產(chǎn)品設計或系統(tǒng)測試服務，但因為所開具的發(fā)票內(nèi)容是“技術服務費”，從而對研發(fā)費用的認定產(chǎn)生了不確定性；還有的企業(yè)把研發(fā)人員的工資薪金全部計入研發(fā)費用，卻缺乏合理的分配依據(jù)等。

上述研發(fā)費用歸集中存在的問題，常使很多企業(yè)無法享受到加計扣除政策的足額稅收優(yōu)惠，不得不說是企業(yè)的一個損失。而在高新技術企業(yè)研發(fā)費用審計中，這一問題往往也使審計人員難于判定企業(yè)所支出的費用是否完全屬于相關研發(fā)活動，從而影響研發(fā)費用在銷售收入中的占比。

由此可見，研發(fā)經(jīng)費歸集問題不僅反映出企業(yè)對研發(fā)項目的管理水平，更影響到企業(yè)研發(fā)資金的真實投入狀況。