在動力學(xué)模擬分析中,很基本的一項分析就是RMSD值的求算。RMSD值即均方根偏差（Root Mean Square Deviation）。在統(tǒng)計學(xué)上，這個量就相當(dāng)于標(biāo)準(zhǔn)差,反映的是數(shù)據(jù)偏離平均值的程度。在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析，模建，結(jié)構(gòu)聯(lián)配(structure alignment）以及分子動力學(xué)模擬中，RMSD值是非常常用的一項參數(shù),用于衡量原子偏離比對位置的程度。

今天我們來學(xué)習(xí)一下配體小分子的RMSD如何計算查看。

1、首先我們使用pymol，選擇一次對接結(jié)果中受體和配體的pdbqt文件，分別打開。File->open

2、然后我們在命令欄輸入align grid，CID101238141按回車

顯示有29個原子atoms被匹配了，計算的RMSD值為2.518A。

小云還可以帶你使用python中命令行計算RMSD

import pymolfrom pymol import cmd ##導(dǎo)入相應(yīng)的包

pymol.finish_launching() ? ##打開Pymol軟件

cmd.load("protein.pdb") ?##加載蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件

cmd.load("ligand.pdb", "ligand") ##配體結(jié)構(gòu)加載到Pymol中

cmd.select("ligand_selection", "ligand") ##將Pymol的選擇焦點(diǎn)設(shè)置為配體。

cmd.load("reference.pdb", "reference") ##選擇并加載參考結(jié)構(gòu)（可以是另一個配體結(jié)構(gòu)或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)）

rmsd = cmd.align("ligand_selection", "reference_selection") ?##執(zhí)行RMSD計算

print("RMSD:", rmsd)

這將計算配體與參考結(jié)構(gòu)之間的RMSD，并將結(jié)果打印出來。

加載參考結(jié)構(gòu)是為了計算配體與參考結(jié)構(gòu)之間的RMSD。RMSD是一種用于衡量兩個結(jié)構(gòu)之間的結(jié)構(gòu)相似性的指標(biāo)，常用于比較蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或配體結(jié)構(gòu)的相似性。通過加載參考結(jié)構(gòu)，您可以將其作為一個固定的結(jié)構(gòu)，將配體結(jié)構(gòu)與其進(jìn)行比較。計算得到的RMSD值表示配體結(jié)構(gòu)與參考結(jié)構(gòu)之間的均方根偏差，即它們之間的結(jié)構(gòu)差異程度。較低的RMSD值表示結(jié)構(gòu)之間更相似，而較高的RMSD值表示結(jié)構(gòu)差異較大。

以上就是超簡單的pymol計算配體小分子rmsd的方法。