2022年，空間組學(xué)迎來(lái)了新的風(fēng)口，10x Genomics 公司繼 Visium 空間組學(xué)技術(shù)推出后，再一次對(duì)技術(shù)進(jìn)行了革新，CytAssist 空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)強(qiáng)勢(shì)誕生。它不但可以解決傳統(tǒng) Visium 產(chǎn)品中 FFPE 樣本在應(yīng)用中的難點(diǎn)，而且擁有更好的數(shù)據(jù)表現(xiàn)。

下面我們來(lái)看一下博奧晶典 CytAssist FFPE 空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)吧

注：*為 10x 官方數(shù)據(jù)；由于項(xiàng)目保密性，僅展示客戶(hù)部分的實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)信息。

可以看到，目前博奧晶典完成的 5 種樣本類(lèi)型的 CytAssist FFPE 空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)結(jié)果都非常優(yōu)異：有 3 種組織類(lèi)型的基因中位數(shù)在 8000 以上，F(xiàn)raction Reads 和探針比對(duì)率都在 98% 以上，實(shí)測(cè)結(jié)果都展示出了該平臺(tái)數(shù)據(jù)質(zhì)量高、穩(wěn)定性好的優(yōu)點(diǎn)。與 10x 官方數(shù)據(jù)相比，博奧晶典的實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)基本與官方一致，甚至有些樣本數(shù)據(jù)有更好的表現(xiàn)。此外，從 Space Ranger 的分群結(jié)果來(lái)看，不同細(xì)胞類(lèi)型能被精細(xì)地劃分類(lèi)群，且最終的分群結(jié)果能夠與 H&E 染色的組織病理結(jié)構(gòu)很好的匹配。
同時(shí)， CytAssist 空間轉(zhuǎn)錄組還在不斷的向上兼容。2023年， CytAssist 平臺(tái)已經(jīng)開(kāi)啟了應(yīng)用新鮮冷凍組織（FF）的新征程。目前該平臺(tái)可以為人、鼠兩個(gè)物種的新鮮冷凍樣本提供全新的空間組學(xué)分析。

CytAssist FF 空間轉(zhuǎn)錄組流程及原理

CytAssist FF 空間轉(zhuǎn)錄組是基于探針捕獲的原理，首先將新鮮冷凍組織切片貼到帶正電荷的普通載玻片上，經(jīng)過(guò)染色成像、甲醇固定、探針雜交后，再利用 CytAssist 儀器將普通玻片上 FF 組織切片的轉(zhuǎn)錄組信息轉(zhuǎn)移到 10x Visium 基因表達(dá)捕獲玻片上，從而獲得組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

CytAssist FF 空間轉(zhuǎn)錄組?VS Visium FF 空間轉(zhuǎn)錄組

01、優(yōu)勢(shì)總結(jié)

更優(yōu)流程：

無(wú)需?TO?摸索，一步啟動(dòng)實(shí)驗(yàn)

更低質(zhì)控：

RIN 值從≥7降為 RIN 值≥4.5，對(duì)樣本要求更低

更多基因檢出：

基于探針捕獲原理，不受限于 polyA 捕獲

更大捕獲區(qū)域：

兼容 6.5*6.5mm2和 11*11mm2 兩種組織大小，可靈活選擇

更自由湊樣：

一張芯片從四個(gè)點(diǎn)陣減少至兩個(gè)點(diǎn)陣，不再擔(dān)心湊樣難的問(wèn)題

更靈活選片：

聚焦感興趣的區(qū)域再進(jìn)行分析物轉(zhuǎn)移，極大的避免了樣本選片不合適造成的樣本浪費(fèi)

02、10x官方數(shù)據(jù)展示

注：該數(shù)據(jù)來(lái)源于 10x Genomics 官方網(wǎng)站

博奧晶典的?CytAssist?空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)已經(jīng)可以實(shí)現(xiàn)人、鼠兩個(gè)物種的新鮮冷凍組織和石蠟包埋組織的空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)，且擁有不俗的數(shù)據(jù)表現(xiàn)。目前博奧晶典已支持發(fā)表?8?篇空間組學(xué)文章，影響因子超?160?分，其中包括國(guó)內(nèi)首篇?10x?空間組學(xué)高分文章（點(diǎn)擊查看）。作為國(guó)內(nèi)唯一一家同時(shí)獲得?4?項(xiàng) 10x?平臺(tái)測(cè)序服務(wù)官方認(rèn)證的公司，博奧晶典將持續(xù)深耕空間組學(xué)領(lǐng)域，致力為科研工作者提供更全面，更優(yōu)質(zhì)的空間組學(xué)服務(wù)。

擁有如此優(yōu)異數(shù)據(jù)的 CytAssist 空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)您還不心動(dòng)嗎？趕緊聯(lián)系您的銷(xiāo)售咨詢(xún)吧！