一學(xué)就會(huì)!利用StringTie拼接轉(zhuǎn)錄本和定量(一)
爾云間? 一個(gè)專(zhuān)門(mén)做科研的團(tuán)隊(duì)
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小果之前帶大家進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組參考序列的比對(duì),結(jié)果也是很順利地跑出來(lái)了,接下來(lái)該做什么呢?當(dāng)然可以進(jìn)行基因表達(dá)水平分析啦。

進(jìn)行基因表達(dá)水平分析可以幫助我們了解不同組織或條件下的基因表達(dá)情況,從而揭示生物體在不同生理或環(huán)境條件下的分子響應(yīng)機(jī)制。
比如,在腫瘤研究中,我們可以通過(guò)分析腫瘤組織和正常組織的基因表達(dá)水平,找到腫瘤特異性基因并深入研究其調(diào)控機(jī)制,以期找到更好的腫瘤治療方法;在植物研究中,我們可以通過(guò)分析在逆境條件下的基因表達(dá)情況,探索植物的應(yīng)激響應(yīng)機(jī)制并發(fā)現(xiàn)植物抗逆基因,以期提高作物的耐受性。因此,基因表達(dá)水平分析是分子生物學(xué)研究的重要手段之一。
重要性已經(jīng)了解了,下面我們開(kāi)始吧,在開(kāi)始之前確保你已經(jīng)擁有參考序列比對(duì)的結(jié)果哦:
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我們需要用到samtools,如果沒(méi)有的話(huà),需要先安裝:
使用的時(shí)候記得激活一下環(huán)境。
我們先了解一下獲得的sam數(shù)據(jù),使用代碼查看文件:

接下來(lái)等待結(jié)果即可!

格式轉(zhuǎn)化成功后就可以進(jìn)行下一步分析了!
小果今天就分享到這里,下期不見(jiàn)不散!
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