從2008年的9月一直到2009年的1月，這部影片經(jīng)歷了四個(gè)多月的審核。由于《南京南京》這部影片的類型特殊，早早被打上“重點(diǎn)類型重點(diǎn)題材”的標(biāo)簽，因此這部影片的審核，面臨著來自五六個(gè)部門的審核，審核過程極其漫長和復(fù)雜。

雖然審核時(shí)間非常漫長，但實(shí)際上真正的修改意見只有短短2頁。因此陸川大膽猜想，上面有很多人在保護(hù)這部片子，倘若沒有這雙保護(hù)的手，這部影片不知道結(jié)局會(huì)如何。最終，在陸川剪掉25分鐘的原片之后，影片順利上映。

有人表示，《南京南京》堪稱是中國版的《辛德勒名單》，因?yàn)橛捌袑?duì)于南京大屠殺的受害者，刻畫得入木三分；

有人表示，陸川導(dǎo)演居心叵測，居然“美化”日本人，這些殘暴的日本人居然還存在良知？居然會(huì)因?yàn)殡y以接受自己的屠殺暴行，而自殺謝罪？

還有人表示，這部電影不是宣揚(yáng)敵對(duì)和仇恨，而是想讓中國人更自強(qiáng)，因?yàn)榭赐赀@部電影的人大多能夠以史為鑒，共同追去未來更好的國家。

當(dāng)然，面對(duì)非議，陸川導(dǎo)演坦然處之，他表示：在這個(gè)謊言盛行的時(shí)代，真實(shí)的歷史反而成了禁忌。這或許是對(duì)那些一味追求迎合觀眾心理，不顧歷史真實(shí)的，諸如“手撕鬼子”等抗日神劇等作品，表示無奈。真正的歷史，才能教會(huì)我們?nèi)绾我允窞殍b，如何心系國家。