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血漿蛋白6000+ | 青蓮百奧定義血漿蛋白質(zhì)組新高度

2023-08-22 17:21 作者:青蓮百奧  | 我要投稿

兩周前,青蓮百奧發(fā)布的高通量4D蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜儀timsTOF HT輕松實(shí)現(xiàn)10000+蛋白質(zhì)鑒定(眼見為實(shí)10000+|青蓮百奧timsTOF HT質(zhì)譜儀蛋白質(zhì)組實(shí)測數(shù)據(jù)國內(nèi)首發(fā))。近日,青蓮百奧將自主研發(fā)的血漿低豐度蛋白富集磁珠試劑盒、全流程自動化前處理機(jī)器人和高通量timsTOF HT質(zhì)譜儀結(jié)合,克服血漿樣品復(fù)雜性高、低豐度蛋白檢測深度低的難題,成功將血漿蛋白質(zhì)組的檢測深度提升至6000+,為血漿蛋白質(zhì)組學(xué)研究帶來革命性的突破!

為了青蓮百奧的血漿蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)創(chuàng)新能夠更廣泛的惠及更多應(yīng)用領(lǐng)域,助力精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展,在成立十周年之際,青蓮百奧正式面向全國科研工作者啟動『“并蒂蓮”血漿蛋白質(zhì)組千萬元科研資助計劃』(計劃詳情見文末)。


遙遙領(lǐng)先 | 血漿蛋白質(zhì)組高深度實(shí)測數(shù)據(jù)重磅發(fā)布


利用自主研發(fā)的血漿低豐度蛋白富集磁珠試劑盒(MagicOmics-DMB)對血漿樣本中的低豐度蛋白進(jìn)行富集,使用自主研發(fā)的全流程自動化前處理機(jī)器人(MagicOmics-AP-96)進(jìn)行樣本制備,然后使用高通量timsTOF HT質(zhì)譜儀進(jìn)行蛋白質(zhì)檢測,實(shí)現(xiàn)血漿蛋白質(zhì)組超高深度覆蓋。與富集前的血漿樣本相比,利用MagicOmics-DMB富集樣本的蛋白質(zhì)鑒定數(shù)目大大提升,從富集前的409個蛋白質(zhì),提升至富集后的6071個。


圖1 青蓮百奧血漿蛋白質(zhì)組實(shí)測數(shù)據(jù)


這些蛋白質(zhì)與人類血漿蛋白質(zhì)組計劃(HPPP)數(shù)據(jù)庫匹配的有2532個,新鑒定到3539個。與HPPP匹配的2532個蛋白的動態(tài)范圍跨越9個數(shù)量級,中低豐度蛋白從富集前的176個提升富集后的2231個,提升了近13倍。


圖2 與HPPP數(shù)據(jù)庫匹配的蛋白質(zhì)的動態(tài)范圍和豐度占比


血漿蛋白與許多疾病的發(fā)生發(fā)展息息相關(guān),同時很多血漿蛋白也是藥物的靶點(diǎn)。鑒定到的血漿蛋白大部分被注釋到DrugBank(藥物數(shù)據(jù)庫)、FDA(美國藥品數(shù)據(jù)庫)、TTD(治療靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫)、KEGG Drug(KEGG藥物數(shù)據(jù)庫)、ChEMBL(藥物發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫)、bbCancer(癌癥標(biāo)志物數(shù)據(jù)庫)、MarkerDB(標(biāo)志物數(shù)據(jù)庫)、Phenotypes(表型數(shù)據(jù)庫)數(shù)據(jù)庫。


圖3 注釋到主要數(shù)據(jù)庫的血漿蛋白質(zhì)數(shù)目


層層突破 | 四大核心平臺助力血漿蛋白質(zhì)組深度覆蓋新突破


血漿中大約有10000種蛋白質(zhì),其豐度動態(tài)范圍跨越10個數(shù)量級,從50mg/ml的白蛋白(高豐度)到pg/ml甚至更低的細(xì)胞因子(低或超低豐度)。豐度前20的蛋白占據(jù)總蛋白的99%,剩余1%幾乎都是低或者超低豐度的蛋白質(zhì),不采用低豐度富集的策略很難實(shí)現(xiàn)血漿蛋白的高深度檢測。

青蓮百奧成功將血漿蛋白質(zhì)組的檢測深度提升至6000+主要依賴于將自主研發(fā)的血漿低豐度蛋白富集磁珠試劑盒、全流程自動化前處理機(jī)器人、高通量timsTOF HT質(zhì)譜儀和生物信息分析平臺BioLadder有機(jī)結(jié)合,層層突破了血漿樣品復(fù)雜性高、低豐度蛋白檢測深度低的難題。


圖4 青蓮百奧血漿蛋白質(zhì)組四大核心平臺
  • 血漿低豐度蛋白富集磁珠試劑盒:低豐度蛋白檢測的關(guān)鍵

基于獨(dú)創(chuàng)性納米磁珠富集技術(shù),青蓮百奧血液低豐度蛋白富集磁珠試劑盒(MagicOmics-DMB)對中低豐度血漿蛋白具有高效的富集能力,為血漿蛋白質(zhì)組深度覆蓋奠定了基礎(chǔ)。此外,該試劑盒涵蓋從血漿樣本到質(zhì)譜平臺待檢肽段的全流程試劑,實(shí)現(xiàn)前處理周期從傳統(tǒng)的10天縮短至2小時的同時,能夠保證同批次樣本的穩(wěn)定數(shù)據(jù)產(chǎn)出。


圖5 青蓮百奧血漿低豐度蛋白富集磁珠試劑盒
  • 全流程自動化前處理機(jī)器人:數(shù)據(jù)穩(wěn)定產(chǎn)出的保障

蛋白質(zhì)組檢測樣本前處理流程復(fù)雜,手動處理不可避免的帶來批次效應(yīng),從而影響后續(xù)數(shù)據(jù)產(chǎn)出的穩(wěn)定性。青蓮百奧蛋白質(zhì)組學(xué)全流程自動化前處理機(jī)器人(MagicOmics-AP-96)配套使用血液低豐度蛋白富集磁珠試劑盒,能夠?qū)崿F(xiàn)血漿蛋白質(zhì)組學(xué)樣本處理全流程自動化,最多可同時處理96例樣本,在大大降低實(shí)驗(yàn)周期的同時,能夠保證蛋白質(zhì)檢測的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。


圖6 青蓮百奧蛋白質(zhì)組學(xué)全流程自動化前處理機(jī)器人
  • 高通量4D-蛋白質(zhì)組質(zhì)譜儀timsTOF HT:超高分辨率實(shí)現(xiàn)更高蛋白覆蓋

傳統(tǒng)質(zhì)譜平臺有限的分辨率同樣限制了血漿低豐度蛋白的檢測。青蓮百奧最新引進(jìn)的中國首臺高通量 4D-蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜儀timsTOF HT采用全新的第四代 TIMS-XR 和更先進(jìn)的數(shù)字轉(zhuǎn)換技術(shù),掃描速度高達(dá)150 Hz,可實(shí)現(xiàn)更寬動態(tài)范圍、更深的肽段覆蓋率和更準(zhǔn)確的蛋白定量分析。


圖7 高通量4D-蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜儀timsTOF HT
  • 生物信息分析平臺BioLadder:核心數(shù)據(jù)庫和算法保障準(zhǔn)確的蛋白注釋

血漿低豐度蛋白的檢測除了依賴質(zhì)譜儀的高分辨率,還依賴下游生物信息平臺對數(shù)據(jù)的深度挖掘。青蓮百奧蛋白質(zhì)組學(xué)生物信息分析平臺BioLadder具有的完善的數(shù)據(jù)庫和算法,能夠?qū)Ω咄抠|(zhì)譜儀生成的數(shù)據(jù)進(jìn)行深度挖掘,提升蛋白注釋的準(zhǔn)確性。

圖8 青蓮百奧蛋白質(zhì)組學(xué)生物信息分析平臺BioLadder

累累碩果 | 血漿蛋白質(zhì)組最新成果見證實(shí)力


借助領(lǐng)先的血漿蛋白質(zhì)組學(xué)核心技術(shù)和完善的解決方案,青蓮百奧同國內(nèi)外數(shù)百個科研院所建立了長期穩(wěn)步的合作,攜手多位蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域?qū)<覍?shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的創(chuàng)新應(yīng)用,科研成果多次發(fā)表在國際頂級期刊。

近日,青蓮百奧CTO趙焱博士中國人民解放軍總醫(yī)院李芮冰主任團(tuán)隊合作的血漿蛋白質(zhì)組最新成果“基于納米材料蛋白冠血漿蛋白質(zhì)組學(xué)深度挖掘策略的建立及臨床應(yīng)用評價”見刊《Analytica Chimica Acta》(IF=6.2)。該研究將青蓮百奧自主研發(fā)的納米材料蛋白冠富集血漿蛋白技術(shù)、蛋白質(zhì)組學(xué)全流程自動化前處理機(jī)器人以及優(yōu)化的DIA檢測、搜庫算法結(jié)合,開發(fā)了血漿蛋白質(zhì)組學(xué)深度挖掘策略,并將該策略應(yīng)用于多系統(tǒng)萎縮(MSA)病的生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)。


圖9 青蓮百奧血漿蛋白質(zhì)組最新成果見刊《Analytica Chimica Acta》


圖10 青蓮百奧高深度血漿蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在多系統(tǒng)萎縮(MSA)研究中的應(yīng)用

面面俱到 | 全系列解決方案滿足血漿蛋白質(zhì)組研究不同需求


血漿蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)廣泛應(yīng)用于心血管疾病、神經(jīng)系統(tǒng)疾病、腫瘤、感染等領(lǐng)域生物標(biāo)志物開發(fā)、治療效果評價、疾病機(jī)制解析。青蓮百奧致力利用血漿蛋白質(zhì)組學(xué)核心技術(shù),為不同層面的研究提供靈活的解決方案。青蓮百奧“山峰”系列血漿蛋白質(zhì)組學(xué)解決方案涵蓋從高性價比、常規(guī)覆蓋深度到6000+超高覆蓋深度的血漿蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù),適用于從大隊列初步探索到深度、全面解析等不同層次的研究需求。


圖11 青蓮百奧血漿蛋白質(zhì)組學(xué)全系列解決方案


“蓮蓮”相助 | 血漿蛋白質(zhì)組千萬元科研資助計劃正式啟動


血漿是最主要的臨床樣本,對血漿蛋白質(zhì)組的深入研究對腫瘤和疾病診斷和療效監(jiān)測具有重要意義。人類血漿蛋白質(zhì)組計劃作為人類蛋白質(zhì)組計劃第一個實(shí)施的項(xiàng)目,極大促進(jìn)了蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)和精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展。

蛋白質(zhì)組學(xué)承載著青蓮百奧不斷向前發(fā)展,青蓮百奧致力為蛋白質(zhì)組學(xué)尋求新的突破。青蓮百奧在過去的十年里一路攀登,不斷突破,將蛋白質(zhì)組學(xué)平臺從定量蛋白質(zhì)組、翻譯后修飾蛋白質(zhì)組不斷擴(kuò)展到外泌體、低豐度血漿、單細(xì)胞、空間等更廣泛的應(yīng)用領(lǐng)域,并致力從完善的科研服務(wù)到前沿蛋白質(zhì)組學(xué)科研工具源頭創(chuàng)新的產(chǎn)業(yè)升級。在血漿蛋白質(zhì)組學(xué)方面,

自主研發(fā)了的血漿低豐度蛋白富集磁珠試劑盒、全流程自動化前處理機(jī)器人,為血漿蛋白質(zhì)組學(xué)研究帶來革命性的突破!在此基礎(chǔ)上構(gòu)建的高深度血漿蛋白質(zhì)組解決方案,不斷刷新血漿蛋白深度檢測新高度。

?為了青蓮百奧的血漿蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)創(chuàng)新能夠更廣泛的惠及更多應(yīng)用領(lǐng)域,助力精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展,在成立十周年之際,青蓮百奧正式面向全國科研工作者啟動『“并蒂蓮”血漿蛋白質(zhì)組千萬元科研資助計劃』。該計劃將為評審出的項(xiàng)目提供超過200例血液樣本免費(fèi)蛋白質(zhì)組檢測(涵蓋血漿低豐度蛋白富集、全流程自動化前處理、高通量質(zhì)譜平臺蛋白質(zhì)組檢測等)和科學(xué)家團(tuán)隊從方案設(shè)計到項(xiàng)目執(zhí)行全流程參與的數(shù)據(jù)深度挖掘服務(wù)。感興趣的科研工作者請在指定時間內(nèi)通過下方流程報名參與評選。獲選資助項(xiàng)目將通過青蓮百奧公眾號公布。


圖12 青蓮百奧血漿蛋白質(zhì)組千萬元科研資助計劃


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