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原創(chuàng)?小果?生信果

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生信人R語言學(xué)習(xí)必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

在RNA-seq數(shù)據(jù)分析中，數(shù)據(jù)能否使用是最基本的問題，因此進行質(zhì)量控制（Quality Control, QC）是不可或缺的步驟

今天小果介紹了一個高效好用的軟件工具——fastqc，它可是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)控的得力的助手。

FastQC是一個免費使用的質(zhì)量控制工具，能夠?qū)Ω咄繙y序數(shù)據(jù)進行快速、準確的評估。在這篇文章中，小果將以擬南芥轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為例，詳細介紹FastQC在RNA-seq數(shù)據(jù)質(zhì)控方面的應(yīng)用。

安裝fastaqc

conda create –name?fastqc###創(chuàng)建環(huán)境

conda activate?fastqc###激活環(huán)境

conda install -c bioconda fastqc###安裝

fastqc?-version###驗證否安裝成功

數(shù)據(jù)準備

上一期我們對擬南芥的3組共9個轉(zhuǎn)錄組測序rawdata進行了過濾，這一期，小果繼續(xù)用上次的數(shù)據(jù)帶大家進行質(zhì)量控制，當然啦，正確的做法是先對數(shù)據(jù)進行質(zhì)量控制，然后根據(jù)結(jié)果報告來進行數(shù)據(jù)的過濾處理。小果先對數(shù)據(jù)進行了處理，然后進行了數(shù)據(jù)質(zhì)控。

質(zhì)量控制

這一步操作很簡單，進入文件所在目錄

fastqc -t 4 *_paired.fq.gz

或者

nohup fastqc -t 4 -o ~/my_folder/trimm/ninanjie_output/ninanjie_qc *_paired.fq.gz &

這一程序會在后臺運行，并對所有以?_paired.fq.gz 結(jié)尾的文件進行質(zhì)控，同時使用4個線程進行計算，結(jié)果輸出到給定目錄。

這一步可以根據(jù)自己的實際修改命令。

可以看到程序在后臺并給出了進程ID，可以進入輸出目錄查看結(jié)果，下面是部分，結(jié)果，慢慢等待即可。

查看結(jié)果

程序結(jié)束后我們會看到每個樣本都生成了read1和read2的.html報告和壓縮文件，我們可以打開.html查看報告。

今天的內(nèi)容就到這里了，你學(xué)會了嗎！

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