本代碼基于高通量測序得到的原始count，提供樣本相似性分析，主要基于vegan軟件包來分析數(shù)據(jù)。用戶需要輸入基因表達(dá)矩陣文件和樣本分組文件，設(shè)置相關(guān)參數(shù)，軟件可自行根據(jù)用戶選擇的計算相似性矩陣的方法，從而對輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行組間差異顯著性的判別，以量化的數(shù)值來精確評判分組是否具有意義。本軟件針對3組類別的樣本數(shù)據(jù)，繪制出三組的降維分析PCA和NMDS圖，并在圖片上添加了用于評判組間差異大小及顯著性的相關(guān)指標(biāo)，從而使用戶不僅直觀感受樣本分組情況，而且能夠評估組間實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的差異性，以及差異性是否顯著。

使用方法：

Rscript?anosim_mrpp.r?-e=??-g=??-m=??-ms=

參數(shù)說明：

USAGE:

anosim_mrpp.r?-e=-g=-m=-ms=

PARAMETERS:

-e??????exprmatrix?input?csv?format.

-g??????sample_group?file,input?txt?format.

-m?????the?method?of?calculating?the?difference?and?significance

between?groups,optional?parameters?:anosim,mrpp.

-ms??the?method?of?calculating?similarity?index,?optional?parameters?:manhattan,euclidean,?canberra,?clark,?bray,kulczynski,?jaccard,?gower,?altGower,morisita,?horn,?mountford,?raup,binomial,?chao,?cao?or?mahalanobis.

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript?anosim_mrpp.r”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入參數(shù)有4個，分別是-e，表示基因表達(dá)矩陣文件，-g表示樣本分組文件，第二列的列名必須為group，-m表示計算組間差異顯著性的方法，可選參數(shù)為anosim和mrpp，-ms表示計算樣本相似性矩陣，或者說樣本間距離的方法，可選參數(shù)有euclidean,?bray等。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個程序即正式開始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會顯示”Program?execution?is?completed"結(jié)束語。

結(jié)果展示：

本軟件輸出*.pdf?圖片

特別說明：本代碼經(jīng)申請軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請掃碼聊天框回復(fù) “代碼”領(lǐng)??！?

寫在文末：

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