質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)組學(xué)的重要研究手段，在蛋白質(zhì)研究中扮演著舉足輕重的作用，其通過檢測蛋白質(zhì)水解后的肽段或完整蛋白質(zhì)樣品的質(zhì)荷比等質(zhì)譜信息可以實(shí)現(xiàn)多種分析，如蛋白質(zhì)分子質(zhì)量、種類、含量、結(jié)構(gòu)、氨基酸序列以及翻譯后修飾情況等。質(zhì)譜技術(shù)可以對各種不同來源的蛋白質(zhì)進(jìn)行檢測，包括蛋白質(zhì)提取物、蛋白電泳膠條/膠點(diǎn)以及Pull down或Co-IP獲得的蛋白樣品等。

對電泳過后的蛋白質(zhì)膠條這類特殊的蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行質(zhì)譜分析，需要注意膠條大小、膠條蛋白質(zhì)含量、以及膠條樣品染色等方面：

（1）膠條大?。阂?cm*1cm大小為宜，過大的體積容易導(dǎo)致酶解不充分，可以將較大的膠條分為多份進(jìn)行酶解，保證酶解效率；

（2）膠條蛋白質(zhì)含量：應(yīng)保證單條蛋白質(zhì)膠條中包含的蛋白質(zhì)不低于20μg，如果通過電泳分離純化后的蛋白條帶，建議純化前的蛋白質(zhì)含量不低于5mg；

（3）膠條樣本染色：考馬斯亮藍(lán)染色、SYPRO Ruby 以及銀染的蛋白質(zhì)膠條都可以進(jìn)行質(zhì)譜分析，但是需要強(qiáng)調(diào)的是銀染過程應(yīng)采取與后續(xù)質(zhì)譜分析兼容的試驗(yàn)方法。