我們在研究miRNA的時候，比如hsa-miR-296，但在查找序列時，發(fā)現(xiàn)有hsa-miR-296有兩個成熟體，hsa-miR-296-3p和hsa-miR-296-5p，可是文獻(xiàn)中一般只會說hsa-miR-296，這樣的話到底是做哪個？是3p還是5p呢？

這里，漢恒生物小編就和大家說說miRNA的3p和5p之間的區(qū)別。

首先，什么是miRNA呢？

miRNA (microRNA)是一組由基因組編碼的長度約20～25個核苷酸的非編碼RNA，通過和靶基因mRNA堿基配對引導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)降解mRNA或阻礙其翻譯。在miRNA公共數(shù)據(jù)庫miRBase (http://www.mirbase.org/)中已經(jīng)有1W多條來自不同物種的miRNA序列。

那它是怎么來的呢？

是由約70個堿基大小形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)的單鏈RNA前體 （pre-miRNA），經(jīng)過Dicer酶酶切加工后，成為長約20~25nt的成熟miRNA，如下圖所示：

圖1，miRNA結(jié)構(gòu)圖

有的miRNA前體兩個臂分別產(chǎn)生一條有功能的成熟miRNA，他們分別靶向不同的位點。這時候就要來進(jìn)行區(qū)分了，一般以“-5p”和“-3p”分別命名，如hsa-miR-296-5p和hsa-miR-296-3p，分別表明從hsa-mir-296前體的5’端臂和3’端臂加工而來的。表達(dá)水平較高的miRNA后面不加任何符號，而表達(dá)水平較低的miRNA后面加上*號，有時帶“*”的miRNA就根本不出現(xiàn)。但對于hsa-miR-296-3p和hsa-miR-296-5p則都沒有帶*號，表明兩個成熟體都有可能存在且表達(dá)量都不低。

而發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)的miRNA前體轉(zhuǎn)錄本以“mir”命名，其編號以“MI”編號，如人的miRNA296的前體ID為hsa-mir-296，Accession為MI0000747。如下圖所示。

圖2，hsa-mir-296前體

圖3，hsa-mir-29b-1成熟體

所以針對最初問題，可以從兩個途徑來確定：

1. 查文獻(xiàn)：

如果參考的文獻(xiàn)中有他所用的hsa-miR-296序列或者Accession number，直接拿序列與現(xiàn)在的hsa-miR-296-5p以及hsa-miR-296-3p比較即可，這樣最準(zhǔn)確；

? ?2.? 查mirbase數(shù)據(jù)庫：

如果參考的文獻(xiàn)沒有給出具體序列，只是寫hsa-miR-296，那上mirbase數(shù)據(jù)庫查hsa-miR-296，雖然他會列出hsa-miR-296-5p以及hsa-miR-296-3p兩個不同的miRNA成熟體，但在下面有寫Previous IDs，這樣就能知道之前的hsa-miR-296是現(xiàn)在的5p還是3p（如上圖所示），顯然這里是指的hsa-miR-296-5p。

以上就是兩個miRNA成熟體的選擇方法，如果有其他的疑問，歡迎咨詢漢恒生物！