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SurePrint寡核苷酸文庫——專屬定制,百變應(yīng)用

2023-05-12 10:10 作者:分子科普小feng子  | 我要投稿

Agilent SurePrint 寡核苷酸文庫合成平臺(tái)提供先進(jìn)可靠的基于陣列的 DNA 合成。通過

利用?SurePrint 平臺(tái)來改進(jìn) DNA 打印過程,能夠?yàn)槟闹匾芯縿?chuàng)建更長的寡核苷酸文庫。高復(fù)雜度寡核苷酸庫的高一致度合成可確保文庫具有出色的保真度和完整呈現(xiàn)性,從而可改善功能性實(shí)驗(yàn)結(jié)果并縮短篩選時(shí)間。全面定制的超高質(zhì)量寡核苷酸文庫可與任何應(yīng)用或?qū)嶒?yàn)方法兼容,幫助您更輕松地啟動(dòng)試驗(yàn)。

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SurePrint文庫制備工藝

●?基于SurePrint技術(shù),使用ATCG四種堿基作為“墨水”

●?堿基均勻地沉積在特殊制備的芯片上

●在整個(gè)芯片上,寡核苷酸以一次一個(gè)堿基的方式堆積, 直到達(dá)到所需的長度

●?將合成好的序列從芯片上切割下來,混合、凍干后以單管形式提供

●?Oligo文庫可通過重懸、擴(kuò)增,被應(yīng)用于任何下游實(shí)驗(yàn)應(yīng)用

圖1. 安捷倫噴墨打印技術(shù)工作流程

文庫質(zhì)量

寡核苷酸文庫的選擇和設(shè)計(jì),有多個(gè)參數(shù)需要考慮,其中最重要的兩點(diǎn):

1)保真度:直接涉及文庫錯(cuò)誤率(多少堿基出現(xiàn)1個(gè)錯(cuò)誤):

圖2. 通過MiSeq測(cè)序驗(yàn)證保真度,平均錯(cuò)誤率1/2265

2)序列均一度:安捷倫DNA合成技術(shù)通過合理的算法保證所有序列分布均一,即使是合成序列非常復(fù)雜的文庫

圖3. MiSeq測(cè)序分析驗(yàn)證序列均一度

文庫優(yōu)勢(shì)

●?一致、高復(fù)雜性、平行合成

●?行業(yè)領(lǐng)先的保真度和均一性

●?可為幾乎任何應(yīng)用或?qū)嶒?yàn)方法提供定制設(shè)計(jì)

●?最多可合成244,000 寡核苷酸

●?支持30-230 nt的寡核苷酸長度

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百變應(yīng)用

● CRISPR文庫篩選:靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)、功能基因組研究


圖 4. 安捷倫的大規(guī)模并行寡核苷酸合成平臺(tái)是獲得 CRISPR 文庫的基礎(chǔ)。此外,還提供多種多樣的儀器和試劑幫助您獲得理想的 CRISPR 篩選結(jié)果


●?蛋白質(zhì)設(shè)計(jì):一種了解蛋白質(zhì)工作原理的創(chuàng)新方法

美國華盛頓大學(xué)David Baker團(tuán)隊(duì)使用SurePrint 230bp oligo文庫設(shè)計(jì)針對(duì)目標(biāo)蛋白的迷你粘合劑(minibinder)肽序列,用來高通量篩選最合適的序列。Dr.?Coventry認(rèn)為安捷倫是幫助科研工作者通往真實(shí)世界的大門,在安捷倫提供寡核苷酸文庫之前,他所做的工作都是停留在電腦端、不真實(shí)的。在使用安捷倫寡核苷酸文庫后,團(tuán)隊(duì)先后設(shè)計(jì)和表達(dá)了數(shù)百萬種蛋白質(zhì)。

圖5. 數(shù)以百萬計(jì)的蛋白質(zhì)實(shí)驗(yàn)表征和優(yōu)化步驟[1]

●?突變發(fā)生

●?酶工程

●?基因組裝

●?疾病治療和測(cè)試

●?大規(guī)模平行報(bào)告分析(MPRA)?

●?合成生物學(xué)、生物傳感器

●?DNA數(shù)字存儲(chǔ)

●?傳染病研究

●?…………

更多精彩應(yīng)用,期待您的探索發(fā)現(xiàn)~

Reference:

[1] Cao, L., Coventry, B., Goreshnik, I.?et al.?Design of protein-binding proteins from the target structure alone.?Nature?605, 551–560 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-04654-9

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