大家好，歡迎觀看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第35期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)15篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究食管鱗狀細(xì)胞癌新輔助治療的耐藥機(jī)制

Comprehensive landscape of resistance mechanisms for neoadjuvant therapy in esophageal squamous cell carcinoma by single-cell transcriptomics

Signal Transduction and Targeted Therapy; IF: 39.300; DOI: 10.1038/s41392-023-01518-0

內(nèi)容概要：通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)，發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞在新輔助治療過程中會(huì)發(fā)生轉(zhuǎn)化，導(dǎo)致耐藥性的產(chǎn)生，并且發(fā)現(xiàn)了一些潛在的耐藥性相關(guān)基因。這些發(fā)現(xiàn)有助于深入了解食管鱗狀細(xì)胞癌的耐藥機(jī)制，為臨床治療提供新的思路和方法。

2、10-11易位（TET）家族蛋白：結(jié)構(gòu)、生物學(xué)功能和應(yīng)用

TET (Ten-eleven translocation) family proteins: structure, biological functions and applications

Signal Transduction and Targeted Therapy; IF: 39.300; DOI: 10.1038/s41392-023-01537-x

內(nèi)容概要：10-11易位家族蛋白（ten-eleven translocation family proteins，TETs）可以修飾DNA，TETs的調(diào)節(jié)在許多生物過程中起著重要作用，包括合子形成、胚胎發(fā)育、空間學(xué)習(xí)和免疫穩(wěn)態(tài)，而它們功能的失調(diào)與許多疾病如髓系惡性腫瘤有關(guān)。此外，TET2能夠催化RNA的羥甲基化，從而進(jìn)行轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)。

3、白細(xì)胞介素4驅(qū)動(dòng)的自反應(yīng)B細(xì)胞無能逆轉(zhuǎn)促進(jìn)系統(tǒng)性紅斑狼瘡的發(fā)病

Interleukin 4-driven reversal of self-reactive B cell anergy contributes to the pathogenesis of systemic lupus erythematosus

Annals of the Rheumatic Diseases; IF: 27.400; DOI: 10.1136/ard-2023-224453

內(nèi)容概要：通過對(duì)健康人和系統(tǒng)性紅斑狼瘡（systemic lupus erythematosus，SLE）患者樣本的表型、大規(guī)模轉(zhuǎn)錄組和B細(xì)胞受體（B cell receptor，BCR）譜分析，發(fā)現(xiàn)白細(xì)胞介素4（Interleukin 4，IL-4）是驅(qū)動(dòng)SLE病理變化的重要細(xì)胞因子。研究還揭示了IL-4通過促進(jìn)BCR回收到細(xì)胞表面來逆轉(zhuǎn)B細(xì)胞的無能機(jī)制。

4、使用METAFlux從bulk RNA-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)推斷癌癥代謝

Characterizing cancer metabolism from bulk and single-cell RNA-seq data using METAFlux

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40457-w

內(nèi)容概要：介紹了一種名為METAFlux的計(jì)算框架，可以從bulk RNA-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)中推斷代謝通量。該框架已在細(xì)胞系、癌癥基因組圖譜（the cancer genome atlas，TCGA）和來自不同癌癥和免疫治療背景的scRNA-seq數(shù)據(jù)的大規(guī)模實(shí)驗(yàn)中得到驗(yàn)證，包括CAR-NK細(xì)胞療法。METAFlux能夠表征細(xì)胞類型之間的代謝異質(zhì)性和代謝相互作用，有望在腫瘤微環(huán)境表征中發(fā)揮重要作用。

5、整合3D基因組、表觀基因組和轉(zhuǎn)錄組分析揭示水稻晝夜節(jié)律的轉(zhuǎn)錄協(xié)調(diào)

Integrated 3D genome, epigenome?and transcriptome analyses reveal transcriptional coordination of circadian rhythm in rice

Nucleic Acids Research；IF: 14.900; DOI: 10.1093/nar/gkad658

內(nèi)容概要：通過對(duì)不同光照條件下節(jié)律基因的全基因組特征和比較，發(fā)現(xiàn)在恒暗條件下基因表達(dá)相位延遲，在恒光條件下基因表達(dá)幅度降低。同時(shí)通過 ChIP-seq，RNA-seq，時(shí)間序列 ATAC-seq和ZT8 特異表達(dá)基因的原位 Hi-C 分析發(fā)現(xiàn) H3K9ac 修飾、轉(zhuǎn)錄因子與染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的同步調(diào)控機(jī)制，為研究基因表達(dá)節(jié)律提供了新的思路。

6、骨細(xì)胞中調(diào)節(jié)RANKL表達(dá)的內(nèi)含子增強(qiáng)子發(fā)現(xiàn)

Identification of an intronic enhancer regulating RANKL expression in osteocytic cells

Bone Research; IF: 12.700; DOI: 10.1038/s41413-023-00277-6

內(nèi)容概要：該研究探索了成骨細(xì)胞的表觀基因組，并在TNFSF11基因位點(diǎn)中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)迄今未描述的成骨細(xì)胞特異性內(nèi)含子增強(qiáng)子。生物信息學(xué)分析表明，參與細(xì)胞死亡和衰老的轉(zhuǎn)錄因子作用于這個(gè)內(nèi)含子增強(qiáng)子區(qū)域。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析表明，細(xì)胞死亡信號(hào)增加了成骨細(xì)胞中RANKL的表達(dá)?；騽h除內(nèi)含子增強(qiáng)子導(dǎo)致高骨量表型，成骨細(xì)胞和破骨細(xì)胞生成減少，而成骨細(xì)胞或淋巴細(xì)胞中的RANKL表達(dá)不受影響。

7、ZBTB11缺乏會(huì)導(dǎo)致晚期胎兒造血功能障礙盡管造血干細(xì)胞規(guī)格豐富

Late fetal hematopoietic failure results from ZBTB11 deficiency despite abundant HSC specification

Blood Advances; IF: 7.637; DOI: 10.1182/bloodadvances.2022009580

內(nèi)容概要：通過對(duì)小鼠造血系統(tǒng)的研究，發(fā)現(xiàn)Zbtb11缺陷的造血干細(xì)胞（hematopoietic stem cells，HSCs）在胎兒期過度分化，喪失干性，無法分化為定向的祖細(xì)胞和成熟的細(xì)胞系，無法種植到胎兒骨髓中，最終導(dǎo)致造血失敗。研究表明Zbtb11在維持造血干細(xì)胞的增殖和細(xì)胞周期調(diào)控中發(fā)揮了重要的作用。

8、深度生成解碼器：表示的最大后驗(yàn)估計(jì)改進(jìn)了單細(xì)胞 RNA 數(shù)據(jù)建模

The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modeling of single-cell RNA data

Bioinformatics; IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad497

內(nèi)容概要：介紹了一種新的生成模型：深度生成解碼器（deep generative decoder，DGD)，通過最大后驗(yàn)估計(jì)（maximum a posteriori，MAP）直接計(jì)算模型參數(shù)和表示，相比于目前主流的變分自編碼器(variational autoencoders，VAEs)更加靈活，能夠處理復(fù)雜的參數(shù)化潛在分布。

9、炎癥性腸病和穩(wěn)態(tài)下腸道CD4 T細(xì)胞的區(qū)室驅(qū)動(dòng)印記

Compartment-driven imprinting of intestinal CD4 T cells in inflammatory bowel disease and homeostasis

Clinical and Experimental Immunology; IF: 5.732; DOI: 10.1093/cei/uxad095

內(nèi)容概要：通過流式細(xì)胞術(shù)、RNA測(cè)序等方法，對(duì)正常人和克羅恩病患者的小腸黏膜層和上皮層的CD4 T細(xì)胞進(jìn)行分析，結(jié)果表明，炎癥主要影響上皮層的CD4 T細(xì)胞，而非黏膜層。此外，共享的調(diào)節(jié)因子ARID4B和SATB1驅(qū)動(dòng)了CD4 T細(xì)胞在不同區(qū)域的轉(zhuǎn)錄編程。

10、健康和患病肝竇中的血管內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)

Angiocrine signaling in sinusoidal health and disease

Seminars in Liver Disease；IF: 4.200; DOI: 10.1055/a-2128-5907

內(nèi)容概要：通過單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)等先進(jìn)技術(shù)，揭示了肝臟中具有明顯分區(qū)的不同肝竇內(nèi)皮細(xì)胞（liver sinusoidal endothelial cell，LSEC）亞群的存在以及這些LSEC釋放的血管內(nèi)分泌信號(hào)在健康和患病肝竇中的作用，包括健康肝臟中的分區(qū)、再生、纖維化、門脈高壓、非酒精性脂肪肝病、酒精相關(guān)性肝病、衰老、藥物性肝損傷和缺血/再灌注，以及潛在的治療進(jìn)展。

11、基于細(xì)胞衰老相關(guān)基因的單細(xì)胞測(cè)序和加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的綜合分析，鑒定一種新的預(yù)測(cè)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤預(yù)后的特征

Integrated analysis of single-cell sequencing and weighted co-expression network identifies a novel signature based on cellular senescence-related genes to predict prognosis in glioblastoma

Environmental Toxicology; IF: 4.109; DOI: 10.1002/tox.23921

內(nèi)容概要：該研究利用CGGA、TCGA和GEO（GSE84465）數(shù)據(jù)庫(kù)的轉(zhuǎn)錄組RNA測(cè)序數(shù)據(jù)和單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)，采用單樣本基因集富集分析（single-sample gene set enrichment analysis，ssGSEA）和WGCNA分析方法，鑒定了與細(xì)胞衰老相關(guān)的基因模塊和差異表達(dá)基因，并構(gòu)建了基于5個(gè)細(xì)胞衰老相關(guān)基因（CCDC151、DRC1、C2orf73、CCDC13和WDR63）的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型。

12、scRNA-seq和bulk RNA-seq協(xié)同揭示前列腺癌患者腫瘤內(nèi)免疫景觀和預(yù)后分層

Coordinating single-cell and bulk RNA-seq in deciphering the intratumoral immune landscape and prognostic stratification of prostate cancer patients

Environmental Toxicology; IF: 4.109; DOI: 10.1002/tox.23928

內(nèi)容概要：通過對(duì)GSE70769、GSE46602和GSE67980的表達(dá)譜和臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，篩選出與組蛋白修飾相關(guān)的預(yù)后標(biāo)記基因，并建立了預(yù)后模型。該模型在內(nèi)部和外部隊(duì)列中均表現(xiàn)出顯著的預(yù)后效果。此外，YWHAH基因可能是前列腺癌的診斷和治療生物標(biāo)志物，并與藥物敏感性得分和風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分相關(guān)。

13、空間生物學(xué)的誘人魅力：加速生命科學(xué)中的新發(fā)現(xiàn)

The seductive allure of spatial biology: accelerating new discoveries in the life sciences

Immunology and Cell Biology; IF: 4.000; DOI: 10.1111/imcb.12669

內(nèi)容概要：介紹了空間生物學(xué)作為一種新興的生物學(xué)領(lǐng)域，可以在保留組織結(jié)構(gòu)和環(huán)境的情況下可視化蛋白質(zhì)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)，在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)方面有著廣泛的應(yīng)用前景，如通過更好地理解腫瘤微環(huán)境來為患者匹配最佳治療方案。此外，空間生物學(xué)還對(duì)免疫學(xué)、癌癥、傳染病和數(shù)字病理學(xué)等許多其他學(xué)科產(chǎn)生影響。

14、闡明嘌呤核苷酸酶在低級(jí)別神經(jīng)膠質(zhì)瘤中的作用：開發(fā)一種新的評(píng)分系統(tǒng)以增強(qiáng)個(gè)體化治療方法

Elucidating the Role of Pyroptosis in Lower-Grade Glioma: Development of a Novel Scoring System to Enhance Personalized Therapeutic Approache

Journal of Molecular Neuroscience; IF: 3.100; DOI: 10.1007/s12031-023-02147-6

內(nèi)容概要：通過對(duì)TCGA和CGGA存儲(chǔ)庫(kù)中的低級(jí)別神經(jīng)膠質(zhì)瘤（lower-grade glioma，LGG）樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，運(yùn)用 Boruta機(jī)器學(xué)習(xí)算法和主成分分析（principal component analysis，PCA）等方法，發(fā)現(xiàn)焦亡評(píng)分系統(tǒng)（pyroptosis scoring system，P score）能夠區(qū)分單個(gè)細(xì)胞亞群，并與患者生存率、臨床病理特征、腫瘤免疫微環(huán)境等因素相關(guān)。此外，P score還能夠預(yù)測(cè)LGG的干細(xì)胞性質(zhì)和對(duì)替莫唑胺治療和免疫治療的反應(yīng)，具有潛在的臨床應(yīng)用價(jià)值。

15、scRNA-seq和bulk RNA-seq揭示前列腺癌相關(guān)成纖維細(xì)胞的異質(zhì)性和預(yù)后特征

Single-cell and bulk RNA sequencing reveal cancer-associated fibroblast heterogeneity and a prognostic signature in prostate cancer

Medicine；IF: 1.600; DOI: 10.1097/MD.0000000000034611

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq數(shù)據(jù)從3個(gè)研究中鑒定了癌相關(guān)成纖維細(xì)胞（cancer-associated fibroblasts，CAFs），并構(gòu)建了一個(gè)包含7個(gè)基因的CAFs相關(guān)預(yù)后模型，可以有效地預(yù)測(cè)前列腺癌（prostate cancer，PCa）的無生化復(fù)發(fā)生存期（biochemical relapse-free survival，bRFS），并確定了3個(gè)在PCa中具有不同功能的CAFs亞群。高風(fēng)險(xiǎn)組的特征分?jǐn)?shù)與免疫抑制的腫瘤微環(huán)境相關(guān)，并且與低風(fēng)險(xiǎn)組相比，免疫治療的反應(yīng)率降低。

《時(shí)空日?qǐng)?bào)》是華大時(shí)空基于時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時(shí)空組學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿的欄目。該欄目以實(shí)時(shí)、精準(zhǔn)追蹤時(shí)空組學(xué)前沿為目標(biāo)，共享最新時(shí)空知識(shí)，助力生命科學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展。