小云：師兄，就上次那篇純生信分析的文章，這都投出去一個(gè)月了，我都有些不敢登郵箱了。。。今天審稿意見終于回來了，審稿人讓我補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)，悲傷，該補(bǔ)什么實(shí)驗(yàn)？補(bǔ)多少實(shí)驗(yàn)了？又需要請(qǐng)你出山，指導(dǎo)下小師妹了。

胖師兄：沒事，這算常規(guī)操作了，我收到的好人卡比這種審稿意見還多，你看我這不也挺過來了，慢慢你也會(huì)習(xí)慣的，哈哈哈。說起數(shù)據(jù)分析+驗(yàn)證試驗(yàn)，這就是我們常說的“干濕結(jié)合”了。其實(shí)這個(gè)“干濕”之間的關(guān)系和“陰陽”之間的關(guān)系有點(diǎn)相似，所謂“陰陽”即表明兩者之間是一種此消彼長(zhǎng)的動(dòng)態(tài)平衡狀態(tài)，也就是既對(duì)立又統(tǒng)一的關(guān)系。。。

小云：師兄，我是請(qǐng)教你文章的事情，也不是來找你算命，你這邊說邊搖頭、悠閑自得的樣子，我都快急死了。

胖師兄：好好好，不扯了，說結(jié)論，我的意思是生信分析需要用實(shí)驗(yàn)來論證結(jié)論，實(shí)驗(yàn)可以用生信分析來拓展和拔高，兩者可以很高的整合。具體到“干濕結(jié)合”來說，第一條，通過數(shù)據(jù)庫進(jìn)行驗(yàn)證，比如將數(shù)據(jù)集分為篩選數(shù)據(jù)集和驗(yàn)證數(shù)據(jù)集，或者將GEO與TCGA數(shù)據(jù)集進(jìn)行相互驗(yàn)證。當(dāng)然，嚴(yán)格意義來說，這個(gè)算不上是濕實(shí)驗(yàn)，畢竟沒動(dòng)手做實(shí)驗(yàn)，手也沒有濕，但確實(shí)是性價(jià)比非常高的方法，能夠自成體系且達(dá)到驗(yàn)證的目的，畢竟我也算是驗(yàn)證了，能夠堵住部分審稿人的嘴（見下圖，訓(xùn)練集VS驗(yàn)證集），特別適合那種收集樣本實(shí)在困難的情況。

小云：哦，這個(gè)辦法確實(shí)好，不用做具體的實(shí)驗(yàn)，還是比較方便的。那如果審稿人還是不認(rèn)可，一定要讓做實(shí)驗(yàn)了？

胖師兄：嗯，那就到了使用情況最多的第二條，基因表達(dá)量驗(yàn)證，包括對(duì)臨床樣本、細(xì)胞/動(dòng)物樣本中篩選出的關(guān)鍵基因（hub基因或者通路基因）進(jìn)行qPCR（mRNA/基因表達(dá)）、WB/IHC/IF（蛋白表達(dá)）等檢測(cè)（見下圖）。這里面，大部分“干濕結(jié)合”的文章，濕實(shí)驗(yàn)一般都是做到這一步。具體使用臨床樣本還是細(xì)胞/動(dòng)物樣本，取決于樣本獲取難度以及數(shù)據(jù)集中所使用的的樣本類型，通常是需要保持樣本類型一致的。

小云：哦，那濕實(shí)驗(yàn)是不是做到這一步基本就夠用了？

?

胖師兄：嗯，大部分情況是這樣，那如果繼續(xù)做，那就是第三條，基因功能試驗(yàn)，包括在體外（細(xì)胞系）、體內(nèi)（一般是動(dòng)物模型）中進(jìn)行目的基因的敲低/過表達(dá)，進(jìn)而檢測(cè)細(xì)胞表型（增殖、凋亡、侵襲、遷移、克隆形成、細(xì)胞周期、特定分子指標(biāo)變化等）和動(dòng)物表型（疾病指標(biāo)變化）（見下圖）。如何選擇實(shí)驗(yàn)對(duì)象和檢測(cè)指標(biāo)，取決于實(shí)驗(yàn)條件（是否有細(xì)胞/動(dòng)物模型）、經(jīng)費(fèi)和研究關(guān)注點(diǎn)等。

小云：啊，原來可以做這么多內(nèi)容。那做到這一步總該可以結(jié)束了吧？?

胖師兄：哈哈，我們還可以再推薦一步，第四條，驗(yàn)證了基因功能之后，探討基因發(fā)揮功能的分子信號(hào)通路或者說是分子機(jī)制，這就算是終極目標(biāo)了。原則上，我們可以在上一步實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)上，從體內(nèi)、體外去檢測(cè)一些熱門信號(hào)通路，但是更簡(jiǎn)單粗暴，且成功率高，性價(jià)比高的思路，是做完基因敲低/過表達(dá)之后，再做一個(gè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，哪個(gè)通路有差異，就找哪個(gè)通路，比我們一個(gè)個(gè)通路去試錯(cuò)，其實(shí)效率更高。比如下圖，CPEB3過表達(dá)細(xì)胞株VS 對(duì)照細(xì)胞株的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。

小云：師兄，我真是佩服你可以把一件事情能這么有邏輯的理出這么多條目。那我現(xiàn)在可以按照你這4條，結(jié)合我自己的樣本、經(jīng)費(fèi)和預(yù)期IF情況，來選擇適合我自己的濕實(shí)驗(yàn)內(nèi)容了。

小云有話說

理論上，“干濕結(jié)合”是屬于政治正確的事情，但限于濕實(shí)驗(yàn)的周期、成本和風(fēng)險(xiǎn)等因素，基于文章發(fā)表等實(shí)操層面的考慮，性價(jià)比更高的方式依然以實(shí)現(xiàn)純數(shù)據(jù)分析就能發(fā)表文章，而這也正是我們擅長(zhǎng)的內(nèi)容。我們通過最大限度的整合公共數(shù)據(jù)、選擇更好的分析角度、提供更完整的數(shù)據(jù)分析思路，以最大限度的利用數(shù)據(jù)分析“短、平、快”的優(yōu)勢(shì)，助力您的文章發(fā)表。有需要的讀者，快來咨詢小云吧！