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（56線程，256G內存，個人存儲1T）

在本文中，小果將向大家介紹如何讀懂TE注釋結果（理解EDTA的使用和輸出 問答 ·歐舒君/EDTA 維基 ·GitHub）。

首先打開我們的輸出結果目錄：

?

文件比較多，我們重點看以下幾個文件，首先看一下GFF3文件：

1.

此文件僅包含結構完整的 TE，包括基因組中的LTRs, TIRs, 和Helitrons. 由于 TE（插入到另一個 TE）的嵌套性質以及錯誤注釋，此文件中的條目可能重疊。

2.

此文件包含結構完整和碎片化的TEs，并代表全基因組TE注釋，可以說上一個文件是該文件的子集。

每一列包含了以下信息：

seqid：序列的ID

source：注釋來源

sequence_ontology：注釋類型

start：元素的起始位置（以1為起點

end：元素的結束位置。

score：注釋的可信度或置信度，300 用于過濾掉低置信度匹配項

strand：元素所在的鏈，可以是 "+"（正鏈）或 "-"（負鏈）

phase：GFF3 格式要求的階段劃分信息，此字段填充為.

attributes：元素的注釋信息，包含元素的ID、名稱、分類和同源性等信息

其他文件：

摘要文件，考慮了重疊的注釋，并對 TE 長度和拷貝數(shù)進行了總結

放一部分截圖，結果很清楚了：

Class列列出了TE的類別信息；

Count列表示該類別下所有TE元素在樣本中出現(xiàn)的次數(shù)總和；

bpMasked列即被遮蔽的堿基對數(shù)量；

%masked列表示被遮蔽的堿基對所占比例。

“--”表示該類別下沒有發(fā)現(xiàn)任何TE。

total interspersed行表示整體統(tǒng)計結果，顯示了所有TE類別的總和。

?好啦，通過小果的介紹，有沒有看懂了呢？

?

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