PANoptosis（廣泛凋亡）是什么？

PANoptosis相關的生信分析怎么做？

????這篇文章統(tǒng)統(tǒng)告訴你！

小云小云，聽說你們公司開了一個新的培訓課程？細胞死亡相關的？

你的消息還挺靈通，是線粒體與細胞死亡相關的培訓課，不得不說細胞死亡的方式還真的多，除了單一的死亡方式，最近還出了個組合式死法，叫PANoptosis（廣泛凋亡）。

這是什么？為什么叫組合式死法？

是在2019年提出的廣泛凋亡PANoptosis的概念，定義為一種炎性程序性細胞死亡途徑，由廣泛凋亡復合體（PANoptosome）調控，這種死亡方式同時具有細胞焦亡、凋亡和壞死性凋亡的關鍵特征。這不就是三種死亡方式的組合嘛

哦哦，那這個方向研究的多嗎？

從2019年提出后，以每年大概20篇的數(shù)量增長，目前發(fā)現(xiàn)廣泛凋亡與許多疾病密切相關。而且我最近發(fā)現(xiàn)了一篇廣泛凋亡相關的生信分析文章！這不也是一個不錯的分析思路嗎？趁著現(xiàn)在文章還不多，想研究PANoptosis（廣泛凋亡）的要抓緊哦！

有同學要問了：那我咋想不到呢？小云幫你想啊，我們這里有超多的個性化、創(chuàng)新性高的分析思路，任你挑選！

聽著還不錯，那具體怎么分析呢？分析完還能接著往下做實驗嗎？

當然可以，生信分析就是為我們提供課題思路的有力工具，我就以最新的這篇PANoptosis（廣泛凋亡）的生信文章為例，給你講講怎么做吧。

這是今年5月份發(fā)表的5分+的文章，題目是：PANoptosis（廣泛凋亡）相關LncRNA-miRNA -mRNA網絡分析揭示LncRNA SNHG7參與結腸腺癌（COAD）的化療耐藥。

作者用的到數(shù)據(jù)就是TCGA和GEO中結腸腺癌的數(shù)據(jù)，我們重點看一下分析用到的14個PANoptosis（廣泛凋亡）相關的基因，這些基因主要是廣泛凋亡復合體（PANoptosome）組分的基因，通過查閱文獻獲得相關基因。

作者從TCGA和GEO數(shù)據(jù)庫中獲取結腸腺癌和轉移性結腸癌的轉錄組數(shù)據(jù)。分析差異表達基因。同時對14個廣泛凋亡相關基因進行了單基因相關分析，以確定廣泛凋亡相關的lncRNA，然后與TCGA和GEO數(shù)據(jù)的差異基因共同分析，得到9個lncRNAs，這些lncRNA是與結腸腺癌（COAD）轉移和PANoptosis相關的lncRNAs。

圖1.?篩選結腸腺癌中廣泛凋亡和轉移相關的lncRNA

接下來的分析思路都比較常規(guī)，并不復雜，可以看一下文章的分析流程圖（圖2）。針對這9個lncRNA構建lncRNA-miRNA-mRNA網絡，對lncRNA相關mRNA進行功能富集分析，使用單樣本基因集富集分析（ssGSEA）方法來分析lncRNA表達與免疫細胞浸潤的相關性分析。通過多因素Cox分析發(fā)現(xiàn)1個lncRNA (SNHG7)與結腸腺癌的預后顯著相關。隨后的分析顯示其表達與腫瘤分期和淋巴結轉移有關。此外，藥敏分析和體外細胞實驗表明lncRNA SNHG7參與了結腸腺癌COAD的化療耐藥。

圖2.?分析流程圖

這篇文章就是廣泛凋亡的生信分析思路，通過生信分析篩選出與廣泛凋亡相關的lncRNA后，可以以此為基礎設計后續(xù)的實驗內容，比如設計一個“l(fā)ncRNA通過廣泛凋亡影響腫瘤的生長、轉移和化療耐藥”的課題思路。做完生信分析，除了發(fā)篇生信文章，連后續(xù)的課題思路都有了，是不是性價比很高？如果對廣泛凋亡感興趣的話，歡迎咨詢小云哦！