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銅死亡相關鐵死亡基因用于預測腎透明細胞癌的預后

2023-08-14 10:32 作者:275276  | 我要投稿

腎透明細胞癌(KIRC)是腎癌的主要亞型。銅死亡和鐵死亡與腫瘤的免疫浸潤和預后相關。然而,銅中毒相關鐵死亡基因 (CRFG) 在 KIRC 中的作用很少被完全了解。因此,我們根據(jù) KIRC 中 CRFG 的不同表達構建了一個預后特征。本研究的所有原始數(shù)據(jù)均提取自公共 TCGA 數(shù)據(jù)集。Cuprotosis 和 Ferroptosis 基因是從之前的研究中收集的。最后,從 TCGA-KIRC 隊列中總共鑒定出 36 個顯著不同的 CRFG。六基因特征(TRIB3、SLC2A3、PML、CD44、CDKN2A和MIOX)是通過基于顯著不同的 CRFG 的 LASSO Cox 回歸來識別的。CRFG 特征與較差的總體生存率相關,AUC 為 0.750。功能富集表明CRFGs主要富集于代謝、耐藥、腫瘤免疫途徑。此外,IC50和免疫檢查點在不同組間表達存在差異。所提出的 6-CRFG 簽名是一種有前景的生物標志物,可預測 KIRC 患者的臨床結果和治療反應。


結果

CRFG 的識別

TCGA數(shù)據(jù)集中KIRC患者的基線臨床情況見表表格1。1。KIRC 非腫瘤組織和腫瘤組織之間總共鑒定出 8515 個 DEG。通過分析銅死亡相關鐵死亡基因的相關系數(shù),我們獲得了183個銅死亡相關鐵死亡基因(p??< 0.001和|Cor|> 0.3)。隨后,我們篩選了36個與銅死亡相關的鐵死亡差異表達基因。正如預期的那樣,銅凋亡相關的鐵死亡基因與 KIRC 正常組織和腫瘤組織不同。

建立 CRFG 簽名

為了探討 CRFG 是否與 KIRC 患者預后相關,通過單變量 Cox 回歸分析了上述 36 個已識別基因。結果表明,8 個與銅凋亡相關的鐵死亡基因(p??< 0.05)與 KIRC 存活相關。隨后,利用上述8個預后基因的表達值,通過LASSO Cox回歸生成了6個基因的預后特征。?2公元前)。選定的六個基因是TRIB3、SLC2A3、PML、CD44、CDKN2A和MIOX。通過6個預后特征基因的相關系數(shù)計算風險評分(表(表2)。2)。風險評分 = (0.1430 × TRIB3 概況) + (0.0296 ×??SLC2A3概況) + (0.3216 ×??PML概況) + (0.1135 ×??CD44概況) + (0.2139 ×??CDKN2A概況) + (-0.0496 ×??MIOX概況)。PPI網(wǎng)絡結果顯示CD44、EGFR、CA9、HIF1A、SLC2A、VEGFA、CDKN2A、CAV1和MUC1為樞紐基因。然后,將患者分為 KIRC 低組和 KIRC 高組。KIRC 高組的生存結果比 KIRC 低組差。低分組和高分組的簽名表達有所不同。1、3、5年OS的ROC曲線分別為0.75、0.675和0.654。同樣,該簽名顯示了驗證隊列中 KIRC 生存結果的強大預測能力

A通過單變量 Cox 回歸分析識別預后 CRFG;B、C以最小標準進行最小絕對收縮和選擇算子(LASSO)回歸;D差異表達 CRFG 的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡
A , B基于 TCGA 集中中位風險評分的生存狀態(tài)分布。C KIRC患者高危組和低危組的Kaplan-Meier生存分析;D熱圖顯示了 KIRC 患者中高危和低危的 6 個 CRFG 的差異;E預后 CRFG 預測 1 年、3 年和 5 年總生存期 (OS) 的受試者工作特征 (ROC) 曲線分析

獨立預后因素分析

單變量回歸發(fā)現(xiàn)分期、年齡、風險評分和等級與 KIRC 患者的生存相關(p??< 0.001)。此外,多變量回歸表明年齡、分期和風險評分也與 KIRC 生存相關(p??< 0.05)。這些結果表明,CRFGs 特征可以作為 KIRC 的預后標志物。

A通過單變量Cox回歸分析風險評分與臨床病理因素之間的相關性;B通過多元Cox回歸分析風險評分與臨床病理因素之間的相關性;C、D分別為 CRFGs 評分模型的列線圖和校準曲線

特征與臨床特征之間的相關性

其中,5 個基因(TRIB3、SLC2A3、PML、CD44和CDKN2A)在 KIRC 高危組中不受調(diào)控。MIOX基因在高危人群中下調(diào),可能是一種保護性基因。臨床資料分析顯示,兩組患者的N分期、性別、M分期、T分期及分級均存在差異(P??<0.05)。然而,基于 CRFGs 的簽名在 M 期(M0,M1)、T 期(T1-T4)、期(I-IV 期)和 G1-G2 級(G1-G2)的預測結果較差(P > 0.05)。此外,還開發(fā)了基于 CRFG 風險評分的列線圖作為圖形計算器,用于預測 KIRC 患者的預后。列線圖具有良好的校準和準確性。因此,列線圖可用于 KIRC 患者的評估。

功能豐富

KEGG和GO分析顯示內(nèi)在細胞凋亡、對氧水平的反應、DNA損傷、細胞凋亡、血管生成、營養(yǎng)水平和化學應激顯著富集。綜上所述,該特征與 KIRC 的生物代謝、耐藥性、腫瘤免疫和轉(zhuǎn)移有關。

( A、B )分別為Go分析和KEGG分析

KIRC-high 和 KIRC-low 的免疫浸潤顯示在附加文件5中:。ICOS、BTLA、CTLA-4、CD27、CD28、CD40、LAG3、PVR、SIRPA、TIGIT、HLA-DPA1 和 TNFRSF9 的免疫檢查點在 KIRC 高組中上調(diào)。免疫浸潤顯示CD44和PML水平與樹突狀細胞、CD4-CD8+T細胞和B細胞呈正相關。SLC2A3、PML 、?CD44與巨噬細胞、中性粒細胞呈正相關;CDKN2A表達水平與巨噬細胞呈負相關。TRIB3與 CD4-CD8 + T 細胞呈負相關。藥物敏感性分析發(fā)現(xiàn),RDEA119、Bexarotene、Bicalutamide、Bortezomib、Cyclopamine、Embelin、Midostaurin、Dasatinib、Thpsigargin、Sorafenib、Salubrinal 和 Obatoclax Mesylate 在低風險組中高于高風險組

TIMER數(shù)據(jù)庫中KIRC中A CD44、B CDKN2A、C MIOX、D PML、E SLC2A3和F TRIB3表達與免疫細胞的相關性


銅死亡相關鐵死亡基因用于預測腎透明細胞癌的預后的評論 (共 條)

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