建筑工程企業(yè)發(fā)票缺失、稅負重的具體的原因有以下3點：

建筑行業(yè)是我國國民經(jīng)濟的基礎性行業(yè)，解決了很多勞動力的就業(yè)問題。但是建筑行業(yè)的業(yè)務流程是繁多而復雜的。涉及到的項目也非常的廣泛，同樣建筑企業(yè)涉及的人員構成復雜，那么就會面臨缺成本票的嚴重問題。具體的原因可以歸納為以下三個：

1、企業(yè)在購進材料的時候，供應商為一些小商戶或是個體經(jīng)營者，不能開票或者不愿意開票，導致企業(yè)缺失大量的票據(jù)，導致企業(yè)利潤虛高，背負高額的稅負。

2、建筑行業(yè)難免的會涉及都設備的使用，一般情況下這些設備價格高昂，那么就會涉及到租用設備，同時還會涉及到運輸?shù)脑O備，這類又多為個體或是個人所有，正常情況下個人不具備開票的能力，或者不愿意提供票據(jù)，從而導致企業(yè)的缺票問題十分嚴重。

3、建筑企業(yè)規(guī)模大涉及的項目比較的多，人員流動巨大，企業(yè)的支出巨大勞務費用，難以取得對應的發(fā)票。

建筑工程企業(yè)發(fā)票缺失、稅負高，有以下3種解決方案：

1、自然人代開；

個人給建筑公司提供勞務服務、居間服務、工程設計服務、以及其他個人業(yè)務等，和公司簽訂協(xié)議，自然可以到稅局申請代開發(fā)票。一般情況下是需要按照20-40%的勞務報酬所得預扣預繳個人所得稅，次年再合并到個人的綜合所得匯算清繳，如果在個人工資不是很高的情況下，大概率是會退稅的。

而如果在稅收優(yōu)惠園區(qū)所在地稅局申請代開發(fā)票，可以按照個人生產經(jīng)營所得進行核定，綜合稅負不超過3%。最快當天即開具發(fā)票并交稅，有完稅憑證，次年也需合并到個人綜合所得匯算。

2、個體戶、個人獨資企業(yè)的核定征收；

對于部分無票支出的業(yè)務，可以進行合理分拆剝離，在稅收優(yōu)惠地園區(qū)設立個體工商戶或個人獨資企業(yè)來進行合理外包承接。因為個體戶、個獨企業(yè)這類市場主體組織形式的特殊性，沒有25%的企業(yè)所得稅，僅需要增值稅和個稅，一些地區(qū)個稅還可以采取核定征收的方式。個稅核定為1-1.5%，綜合稅率1-2.5%，完稅之后，即可合理的公轉私。

例如一家核定個體工商戶，分包了450萬的業(yè)務，按照稅負2.5%完稅，450萬*2.5%=11.25萬。（這里包含了增值稅、個稅、附加稅等）

3、有限公司的稅收優(yōu)惠；

另外針對建筑企業(yè)大量缺進項，增值稅過高的部分業(yè)務，可以通過在稅收優(yōu)惠園區(qū)內設立一家新的公司來分流業(yè)務，例如建筑工程項目管理、、工程設計、材料采購等貿易、以及建筑勞務等業(yè)務板塊，正常經(jīng)營納稅，享受地方財政的對企業(yè)的不同比例的財政扶持獎勵。

除此以外，部分地區(qū)還有針對有限公司的視同核定方式，增值稅享地方扶持一定比例返還，企業(yè)所得稅和個稅視同核定綜合不超3.5%。

以上的3種方式，需要結合企業(yè)的實際狀況，可酌情選擇使用。