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個(gè)人學(xué)習(xí)記錄:LeafNet網(wǎng)頁版試用,葉表數(shù)據(jù)自動(dòng)分析

2022-02-21 09:39 作者:貓膩需要更多的學(xué)習(xí)  | 我要投稿

微信推送前幾天看到了這個(gè)工具,剛好年前導(dǎo)師畫餅有提到讓我去整葉表皮數(shù)據(jù),于是前來試用學(xué)習(xí)。

這個(gè)工具可以自動(dòng)識(shí)別氣孔和劃分表皮細(xì)胞,只要照片里細(xì)胞邊界清晰應(yīng)該都能用,由武大周宇教授研究組和朱玉賢教授研究組合作,1月26日發(fā)表在 The Plant Cell上。(Shaopeng Li, Linmao Li, Weiliang Fan, Suping Ma, Cheng Zhang, Jang Chol Kim, Kun Wang, Eugenia Russinova, Yuxian Zhu, Yu Zhou, LeafNet: a tool for segmenting and quantifying stomata and pavement cells,?The Plant Cell, 2022;, koac021,?https://doi.org/10.1093/plcell/koac021)

工具所在頁面是? ?https://leafnet.whu.edu.cn/

直接跳轉(zhuǎn),界面如下

這里先試試網(wǎng)頁版,直接來吧(點(diǎn)擊 Use it now?。?br>

跳轉(zhuǎn)到操作頁面,先不急,點(diǎn)擊上面的examples搞點(diǎn)素材

給了4個(gè)例子,3個(gè)白的1個(gè)黑的,下載。黑的文件名字也叫example3.png,那就不下3了……

直接拿黑的這個(gè)來試試

名字隨便起,文件選擇黑的那個(gè)(無法多個(gè)文件同時(shí)選擇),填寫郵箱用來接收結(jié)果。基礎(chǔ)設(shè)置里面第一個(gè)是分辨率,單位px/μm,根據(jù)自己拍的照片調(diào)整,默認(rèn)2.17,背景改為Dark。進(jìn)階設(shè)置,如果拍的圖像清晰不需要降噪、表皮細(xì)胞形狀和氣孔形狀能夠識(shí)別,就直接默認(rèn)選項(xiàng)就行了。

幾分鐘后就可以收到郵件,點(diǎn)擊給的連接就可以下載結(jié)果了

給你的結(jié)果壓縮包里面有三個(gè)東西

圖用來檢查分析是不是有問題,數(shù)據(jù)在txt文件里。

打開就可以看到,明顯數(shù)據(jù)分析有問題,氣孔沒有很好的識(shí)別出來,這時(shí)候就需要去調(diào)進(jìn)階參數(shù)了(分辨率參數(shù)可能也有影響)。這里就不花時(shí)間調(diào)了,換第一張清楚地試試。

example1得到的結(jié)果里面可以看到兩張圖中氣孔被藍(lán)點(diǎn)標(biāo)識(shí),看來是識(shí)別出來了。

結(jié)果也沒問題。

網(wǎng)頁版還算方便,不過沒辦法上傳多個(gè)文件,且只能識(shí)別限定的圖片格式,壓縮包無法上傳,意味著你要是想批量處理的話只能去下載工具包。

下載后運(yùn)行總是無響應(yīng),得換個(gè)電腦試試,等摸明白了看情況可以考慮錄個(gè)視屏

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