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C-index，英文名全稱concordance?index，也稱作一致性指數(shù)，主要用于計算生存分析中的COX模型預(yù)測值與真實之間的區(qū)分度。C-index的計算方法是把所研究的資料中的所有研究對象隨機地兩兩組成對子，以生存分析為例，兩個病人如果生存時間較長的一位其預(yù)測生存時間長于另一位，或預(yù)測的生存概率高的一位的生存時間長于另一位，則稱之為預(yù)測結(jié)果與實際結(jié)果相符，稱之為一致?，F(xiàn)階段用最多的是腫瘤患者預(yù)后模型的預(yù)測精度。一般評價模型的好壞主要有兩個方面，一是模型的擬合優(yōu)度（Goodness?of?Fit)；另外一個是模型的預(yù)測精度，主要就是模型的真實值與預(yù)測值之間的差的大小，均方誤差，相對誤差等。從臨床應(yīng)用的角度來說，我們更注重后者，即統(tǒng)計建模主要是用于預(yù)測，而C-index就屬于模型評價指標(biāo)的后者。因此，本軟件就是基于臨床腫瘤樣本的生存信息和臨床資料，包括年齡、性別、腫瘤等級、TNM分期、腫瘤分期以及風(fēng)險評分，來評價各個臨床特征或聯(lián)合作用對預(yù)后的預(yù)測精度。

使用方法：

Rscript??timeCindex.R????-input=??

參數(shù)說明：

USAGE:

timeCindex.R??-input=

PARAMETERS:

-input??the?expression?data,the?first?column?is?sample?name,the?second??column?is?overall?survival?status?,the?third?column?is?overall?survival?time,From?the?fourth?column?to?the?last?column,?there?are?clinical?factors.input?csv?format.

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript?timeCindex.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入參數(shù)只有1個為?-input，表示樣本的臨床信息和生存預(yù)后信息，前兩列分別是生存狀態(tài)和生存時間，從第三列開始依次是樣本的臨床信息，比如年齡，性別，TNM分期等等。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個程序即正式開始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會顯示”Program?execution?is?completed<span data-raw-text="" "="" data-textnode-index-1662348393887="13" data-index-1662348393887="1025" class="character" style="margin: 0px; padding: 0px;">"結(jié)束語。

流程圖：

結(jié)果展示：

1.?cindex.csv

2.?time-dependent?Cindex.pdf

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寫在文末：

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