第三部分主要劇情和大電影差不多：

在太空中與霸天虎Decepticons作戰(zhàn)后，通天曉Ultra Magnus和他的汽車人Autobots機組人員墜入了垃圾星Junkion這顆星球。為了幫助汽車人Autobots修復受損的航天飛機，阿爾茜為丹尼爾提供了他父親斯派克曾經(jīng)穿過的機器外太空服-變形外衣。但汽車人Autobots來到垃圾星Junkion并不是沒有引起注意：在垃圾星人營救車Wreck Gar的帶領下，這個星球上土生土長的垃圾星人對Junkions這些擺弄垃圾的陌生人并不友好，他們正準備用垃圾槍發(fā)動攻擊。然而，在他們能夠到達汽車人Autobots那邊之前，驚破天Galvatron和霸天虎Decepticons到達了，在他們最后一次遭遇后，驚破天Galvatron被宇宙大帝Unicron告知汽車人的生存。當汽車人和霸天虎Decepticons發(fā)生沖突時，垃圾星人們會退后觀望——這場戰(zhàn)斗的高潮是霸天虎Decepticons的掃蕩隊Sweeps拉扯并撕碎通天曉Ultra Magnus，這讓驚破天Galvatron得以從通天曉Ultra Magnus的殘破遺體中奪取領導模塊Matrix of Leadership。

霸天虎離開時，垃圾星人Junkions出現(xiàn)攻擊正在哀悼通天曉的汽車人Autobots，但又一次被打斷，這一次是熱破HotRod和其他失蹤的汽車人Autobots登上他們在昆特森星球上獲得的五面怪巡洋艦飛船Quintesson?cruiser。通過“宇宙普遍通用問候語universal greeting”和一些能量元素的組合，熱破與垃圾星人Junkions領袖營救車Wreck Gar達成和平，帶領垃圾星人修復了通天曉Ultra Magnus。垃圾星人Junkions領袖營救車Wreck Gar同意幫助汽車人對抗宇宙大帝Unicron，并透露垃圾星Junkion這顆星球實際上是一艘巨大的宇宙飛船，它與五面怪巡洋艦飛船Quintesson cruiser一起飛往塞伯坦。

回到宇宙大帝Unicron這邊，得到領導模塊Matrix of Leadership的驚破天Galvatron宣布他不愿意再做宇宙大帝這個怪物星球monster planet's的奴隸，并試圖用汽車人Autobots的領袖矩陣來對付他的主人，結果發(fā)現(xiàn)他無法使用它的力量。有趣的是，宇宙大帝Unicron通過轉換成他的泰坦機器人模式，揭示了他不僅僅只是一個金屬行星而是個行星級別巨型變形金剛，驚破天變形成激光炮模式攻擊宇宙大帝Unicron，但是宇宙大帝Unicron沒有多大損傷，并迅速將整個驚破天Galvatron吃掉。宇宙大帝Unicron繼續(xù)撕毀塞伯坦；這個星球上的霸天虎Decepticons試圖反擊宇宙大帝Unicron，但無濟于事。

汽車人Autobots和垃圾星人Junkions抵達塞伯坦時，宇宙大帝Unicron正發(fā)動攻擊，向他開火。宇宙大帝Unicron進行了報復，用一根眼線將五面怪巡洋艦飛船Quintesson?cruiser一分為二，但不幸的是，對于這個行星吞噬者planet-eater來說，被打中尾部的五面怪巡洋艦飛船Quintesson?cruiser的前部正盤旋著進入他自己的巨眼。五面怪巡洋艦飛船Quintesson?cruiser里的汽車人Autobots在宇宙大帝Unicron的體內(nèi)翻滾而出，但熱破在宇宙大帝體內(nèi)與其他汽車人分離，并遇到了仍然功能正常身體健全的驚破天Galvatron。驚破天Galvatron建議他和熱破Hot Rod聯(lián)手對抗宇宙大帝Unicron，但宇宙大帝Unicron迅速折磨這個霸天虎Decepticons讓他再次屈服，并迫使他去攻擊熱破Hot Rod。當這對敵人在抓斗時，熱破能夠從驚破天Galvatron的脖子上抓住領導矩陣Matrix of Leadership，并通過其力量轉化為新的“汽車人領袖Prime Autobot”：補天士領袖Rodimus Prime！補天士Rodimus Prime輕而易舉地制服了驚破天Galvatron，并用力量將驚破天Galvatron扔出宇宙大帝Unicron的身體金屬外殼，然后打開領導矩陣Matrix of Leadership，釋放領導矩陣Matrix of Leadership獨有能量，從里到外摧毀宇宙大帝Unicron。隨著宇宙大帝Unicron的身體在他周圍被撕裂爆炸，補天士Rodimus Prime迅速追蹤找到其他汽車人Autobots，并帶領他們逃離宇宙大帝身體，并毀了宇宙大帝的另一只眼睛脫出，就在宇宙大帝這個星球級別的巨人爆炸之前，只留下他被割斷的頭部環(huán)繞塞伯坦。補天士Rodimus Prime隨后帶領汽車人Autobots擊潰塞伯坦的霸天虎Decepticons，讓汽車人Autobots重獲家園，開啟新的和平時代。

“直到萬眾一心Til all are one！

就像上一期一樣，這一期在封面上也被簡單地稱為“變形金剛：電影Transformers: The Movie”，沒有明確的文章，盡管第一期被稱為“變形金剛：電影Transformers: The Movie”。這三期電影的標題都是《變形金剛：電影第一卷Transformers: The Movie Vol. 1》。

基本上，封面上的每個人在某種程度上都是顏色都有不對的地方的。尤其值得注意的是熱破Hot Rod的灰色靴子；精確到電影本身，但不是他的標準漫威顏色，也不是這個漫畫系列中使用的顏色。

不同點：丹尼爾空難后降落到垃圾星Junkion描述為“比過山車更有趣”在劇本中，他特別提到了未來世界Futureworld中的過山車，但漫畫中只提到了“Funworld”

不同點通天曉不懂感知器的另一部分插科打諢并沒有出現(xiàn)在電影成品中，感知器將垃圾星Junkion的構成描述為“廢棄的黑色金屬和有色金屬表達的混亂混合體”，另外那個宣稱“表演時間結束了，我們還有工作要做！Showtime's over, we've got work to do!”的汽車人是彈簧而不是像成品動畫大電影中的通天曉Ultra Magnus。

不同點：在完成的電影中，昆塔薩Quintesson和垃圾星Junkion的兩場汽車人冒險故事是平行的，故事在兩種敘事之間來回切換。根據(jù)第二期漫畫將所有五重奏場景整合成一個完整故事的決定，本期將故事中的軍基昂部分視為一次類似的完整冒險。然而，驚破天Galvatron回到宇宙大帝Unicron并得知通天曉Ultra Magnus和領導模塊Matrix of Leadership二者仍然存在的場景被剪掉了，因此驚破天Galvatron只是簡單地向通天曉Ultra?Magnus描述宇宙大帝Unicron是如何告訴他這些信息的。

不同點：漫畫里通天曉Ultra Magnus是因為4個掃蕩隊Sweeps被扯住四分之一肢體扯碎的，而不是成品動畫大電影那樣被掃蕩隊Sweeps集火打成碎片的

不同點：當五面怪巡洋艦飛船Quintesson?cruiser下降時，杯子低頭看著他們，回憶起在Strontero遇見的的Crocodillos，Crocodillos是杯子在Strontero遇到的生物。他們可能會威脅性地包圍人或物體。（成品動畫大電影沒有這段）另外但根據(jù)電影劇本，這個星球的名字應該拼寫為“Strontero”，不應該是“Stronterom”。

不同點：汽車人與垃圾星人Junkions的戰(zhàn)斗還沒開始就被中斷，熱破Hot Rod和杯子Kup的團隊抵達，而垃圾星人Junkions在通天曉Ultra?Magnus被摧毀后開始接近其他汽車人。隨著宇宙通用問候語的介紹和使用從上一期漫畫中刪去，它在這里只是熱破Hot Rod知道的東西，而不是杯子Kup必須教給他才能用的東西。還有一點，啰嗦Blur在本期漫畫改編本中得到了他唯一的一句對話

不同點：杯子解釋了他的團隊是如何發(fā)現(xiàn)通天曉的飛船·，并指出他們追蹤了汽車人飛船上的特有廢氣。（大電影沒有提及）

不同點：盡管對話中有熱破Hot Rod稱之為傳統(tǒng)的立方體的能量塊，但他為垃圾星人Junkions提供的能量棒是以一小撮細長的棍子的形式出現(xiàn)的，正如劇本中所說的“能量棒energon sticks”在完成的成品動畫大電影中，他給他們提供了一個小片能量塊，之前在昆特薩Quintessa看到的是給五面怪衛(wèi)兵鱷魚精Allicons的。另外熱破Hot Rod還在一些電視節(jié)目中談論如何影響營救車Wreck-Gar的，在杯子Kup說了他的臺詞后，他又加了一句“禁止的地方無效Void where prohibited”。不過，在劇本中，這句話也是杯子Kup說的。

不同點：與電影中簡單地為汽車人提供一艘垃圾星飛船不同，垃圾星人營救車Wreck-Gar將整個垃圾星球變成了一艘火箭飛船rocket ship，這部完成的電影對這個被拋棄的想法進行了殘留的引用，當時營救車Wreck-Gar將這個星球描述為“帶有渦輪操縱的時尚性感進口”

垃圾星行星宇宙飛船Junkion planet-spacecraft被描繪成與杯子Kup和熱破Hot Rod的五面怪巡洋艦飛船Quintesson cruiser大小相同，而在此之前，這個星球它的大小足以讓五面怪巡洋艦飛船Quintesson cruiser著陸。

在不同點：汽車人沖破宇宙大帝Unicron的眼睛后，只顯示了熱破Hot Rod與驚破天Galvatron的戰(zhàn)斗；所有其他場景都被刪掉了，包括汽車人在“星球吞噬者planet-eater”身體內(nèi)部應對危險的場景，以及機器恐龍Dinobots和垃圾星人Junkions在外部與他作戰(zhàn)的場景。特別是，這意味著爵士Jazz、飛過山Cliffjumper、大黃蜂Bumblebee和斯派克Spike從未被丹尼爾拯救過，但大黃蜂Bumblebee和斯派克Spike確實在汽車人中出現(xiàn)，當他們在最后幾頁團聚并逃離宇宙大帝Unicron的身體時。

不同點：啰嗦Blur是在宇宙大帝Unicron身體內(nèi)旅行的汽車人團體的一部分

根據(jù)2015年Facebook上有問必答引天行Ask Vector Prime的一條記錄，這部漫畫中描繪的宇宙大帝Unicron實際上是被領導矩陣Matrix of Leadership炸掉的，后來這個被炸掉的宇宙大帝Unicron身體成為了銀河之力Galaxy Force動畫中的行星X/Planet X

另外由于漫畫里被拋棄的霸天虎傷員的身份模糊不清，只有個灰色輪廓，加之《目標2006Target: 2006》狂飆提及是Life Spark改造的，這個漫畫只能算是獨立宇宙故事

元祖漫畫大電影事件后驚破天Galvatron使用時間機器再度穿越，宇宙大帝頭顱Unicron's head也有戲份，不過這里就不說他們了