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原創(chuàng)?小果?生信果

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（56線程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

• 小果今天介紹的線上小工具是【panImmune_免疫浸潤(rùn)】，本軟件利用 USCS 上的 pan-cancer 數(shù)據(jù)分別通過(guò) EPIC 和 Cibersort 算法，計(jì)算某個(gè)指定基因在各個(gè)腫瘤中分別與免疫細(xì)胞的相關(guān)性，并分別輸出相關(guān)性熱圖。

• 免疫浸潤(rùn)通常是指免疫系統(tǒng)中的各種細(xì)胞（如T細(xì)胞、B細(xì)胞、自然殺傷細(xì)胞、巨噬細(xì)胞等）進(jìn)入到腫瘤組織中，對(duì)腫瘤進(jìn)行攻擊和清除的過(guò)程。

• EPIC（Estimating the Proportion of Immune and Cancer cells）算法是一種估計(jì)免疫和癌細(xì)胞比例的算法，它使用基因表達(dá)數(shù)據(jù)，通過(guò)支持向量回歸（SVR）方法來(lái)計(jì)算每種細(xì)胞類型的比例。

• Cibersort算法是一種利用線性模型和已知的免疫基因表達(dá)譜來(lái)估計(jì)混合樣本中各種免疫細(xì)胞的百分比的方法。通過(guò)這種方法，可以了解指定基因在不同類型的腫瘤中與免疫細(xì)胞的相關(guān)性，為深入研究基因在腫瘤免疫治療中的作用提供參考。

和小果一起看看是如何操作的吧：

1. 對(duì)參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入 1 個(gè)參數(shù)。genename 是計(jì)算該基因在各個(gè)腫瘤中與免疫細(xì)胞的相關(guān)性。

2. 點(diǎn)擊上傳數(shù)據(jù) 輸入***文件，輸入的文件名必須和示例文件名一致，且都是英文無(wú)特殊字符。如果使用自有數(shù)據(jù)時(shí)，需注意文件名和對(duì)應(yīng)的內(nèi)容要匹配，以及輸入數(shù)據(jù)里的行名列名等等。

3. 如有非文件類參數(shù)，點(diǎn)擊 輸入?yún)?shù)對(duì)應(yīng)的值,默認(rèn)比如 pvalue值是0.05 gene值是 TP53

小果這里是運(yùn)行示例數(shù)據(jù)，要運(yùn)行自由數(shù)據(jù)可以參考頁(yè)面左上角的輸入數(shù)據(jù)模板。

等待彈出的網(wǎng)頁(yè)運(yùn)行完成，具體耗時(shí)根據(jù)程序來(lái)定，一般 2-3 分鐘內(nèi)。

讓我們打開(kāi)結(jié)果看一看：

縱坐標(biāo)表示不同類型的腫瘤，橫坐標(biāo)則表示各個(gè)免疫細(xì)胞，由藍(lán)到紅則表示相關(guān)性由低到高。

縱坐標(biāo)表示不同類型的腫瘤，橫坐標(biāo)則表示在使用EPIC算法對(duì)腫瘤免疫浸潤(rùn)進(jìn)行計(jì)算時(shí)，被認(rèn)為是某免疫細(xì)胞的集合 ，例如，Bcells_EPIC 是指在使用 EPIC 算法對(duì)腫瘤免疫浸潤(rùn)進(jìn)行計(jì)算時(shí)，被認(rèn)為是 B 細(xì)胞的基因表達(dá)集合。由藍(lán)到紅表示相關(guān)性由低到高。

今天就介紹到這里啦，你學(xué)廢了嗎？

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