大家好，歡迎觀看《時(shí)空日報(bào)》第28期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)7篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、Netrin-1阻斷抑制子宮內(nèi)膜癌的腫瘤生長和EMT特征

Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer

Nature; IF: 64.800; DOI: 10.1038/s41586-023-06367-z

內(nèi)容概要：該研究探討了Netrin-1在子宮內(nèi)膜癌（endometrial carcinomas，ECs）中的表達(dá)情況，并證明了使用抗Netrin-1抗體（NP137）可以有效減少EC小鼠模型中的腫瘤進(jìn)展。結(jié)合bulk RNA-seq、空間轉(zhuǎn)錄組、scRNA-seq等分析，證明了Netrin-1阻斷是一種臨床策略，可以觸發(fā)腫瘤縮小和EMT抑制，從而可能緩解對標(biāo)準(zhǔn)治療的耐藥性。

2、scRNA-seq鑒定體內(nèi)前胸腺素α對HIV-1的限制作用

Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo

Science Translational Medicine; IF: 17.100; DOI: 10.1126/scitranslmed.adg0873

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq方法，通過將宿主基因表達(dá)與單個(gè)細(xì)胞內(nèi)病毒RNA含量相關(guān)聯(lián)，鑒定了限制HIV-1病毒的宿主因子。研究發(fā)現(xiàn)，編碼前胸腺素α的基因PTMA與病毒RNA轉(zhuǎn)錄呈負(fù)相關(guān)，且過表達(dá)前胸腺素α可抑制HIV-1轉(zhuǎn)錄和感染病毒的產(chǎn)生。這一發(fā)現(xiàn)對于病毒傳播和治療策略具有重要意義。

3、單細(xì)胞分析揭示FOLR2表達(dá)的腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞向調(diào)節(jié)性T細(xì)胞的轉(zhuǎn)化在肺腺癌進(jìn)展中的軌跡

Single-cell profiling reveals the trajectory of FOLR2-expressing tumor-associated macrophages to regulatory T cells in the progression of lung adenocarcinoma

Cell Death and Disease; IF: 9.000; DOI: 10.1038/s41419-023-06021-6

內(nèi)容概要：從不同病理分期的肺腺癌（lung adenocarcinoma，LUAD）患者中采集LUAD樣本和正常肺樣本，通過scRNA-seq對細(xì)胞組分進(jìn)行分類和轉(zhuǎn)錄組分析，并進(jìn)行生物信息學(xué)研究，生成了從LUAD前侵襲期到侵襲期的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜，并揭示了ARM-RETN/TAM-FOLR2/DCs/CD4+NR4A3/CD4+FOXP3軌跡在LUAD發(fā)病過程中塑造免疫抑制微環(huán)境的潛在機(jī)制。

4、雞的scRNA測序揭示神經(jīng)板邊界細(xì)胞命運(yùn)分配的概率模型

scRNA-sequencing in chick suggests a probabilistic model for cell fate allocation at the neural plate border

eLife; IF: 8.713; DOI: 10.7554/eLife.82717

內(nèi)容概要：通過對雞胚胎原始條紋到神經(jīng)化階段的scRNA-seq分析，探索了細(xì)胞狀態(tài)的多樣性和異質(zhì)性，建立了神經(jīng)板邊界細(xì)胞命運(yùn)選擇的概率模型。該研究發(fā)現(xiàn)，神經(jīng)板邊界應(yīng)被視為異質(zhì)性的外胚層領(lǐng)土，而不是離散的轉(zhuǎn)錄狀態(tài)。神經(jīng)板邊界細(xì)胞共同表達(dá)競爭性轉(zhuǎn)錄程序，其最終身份尚未確定。細(xì)胞命運(yùn)選擇的概率與競爭性轉(zhuǎn)錄程序的平衡有關(guān)，而這些程序受到祖細(xì)胞的時(shí)空位置調(diào)節(jié)。

5、腫瘤浸潤γδT細(xì)胞揭示了在結(jié)直腸癌中具有顯著異質(zhì)性的耗竭亞群

Tumor-infiltrating gamma delta T-cells reveal exhausted subsets with remarkable heterogeneity in colorectal cancer

International Journal of Cancer；IF: 6.400; DOI: 10.1002/ijc.34669

內(nèi)容概要：該研究探究了結(jié)直腸癌（colorectal cancer，CRC）腫瘤浸潤γδT細(xì)胞的表達(dá)模式和功能狀態(tài)，揭示了這些細(xì)胞的耗竭亞型特征。該研究發(fā)現(xiàn)，TI-γδT細(xì)胞在CRC TME中表現(xiàn)出疲耗竭表型和更嚴(yán)重的功能耗竭，且存在三種耗竭亞型，包括Tex1、Tex2和Tex3。此外，還發(fā)現(xiàn)c-Maf不僅通過上調(diào)抑制性受體促進(jìn)γδT細(xì)胞耗竭，還參與了CD8T和NK細(xì)胞的耗竭。

6、Trps1在小鼠Leydig細(xì)胞中作為Sf-1轉(zhuǎn)錄和睪酮合成的調(diào)節(jié)因子

Trps1 acts as a regulator of?Sf-1?transcription and testosterone synthesis in mouse Leydig cells

Cell Biology and Toxicology; IF: 6.100; DOI: 10.1007/s10565-023-09823-8

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq等分析，發(fā)現(xiàn)Trps1在Leydig細(xì)胞中表達(dá)豐富。實(shí)驗(yàn)表明，Trps1缺失可促進(jìn)睪酮合成并增加Sf-1轉(zhuǎn)錄因子和睪酮合成酶的表達(dá)水平，還可降低組蛋白去乙?；?/2的活性并增加Sf-1啟動子上的組蛋白H3乙酰化水平，從而促進(jìn)睪酮分泌。此外，Sf-1也通過激活轉(zhuǎn)錄因子2來調(diào)節(jié)Trps1的轉(zhuǎn)錄。這些結(jié)果表明，Trps1通過組蛋白去乙酰化和Sf-1的靶向作用來影響類固醇激素合成，并揭示了Trps1在小鼠Leydig細(xì)胞中的重要作用。

7、scRNA-seq分析定義的兒童T細(xì)胞急性淋巴細(xì)胞白血病母細(xì)胞特征和MRD相關(guān)免疫環(huán)境變化

Pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia blast signature and MRD associated immune environment changes defined by single cell transcriptomics analysis

Scientific Reports; IF: 4.996; DOI: 10.1038/s41598-023-39152-z

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析11名兒童T細(xì)胞急性淋巴細(xì)胞白血?。═-cell acute lymphoblastic leukemia，T-ALL）患者的骨髓樣本，發(fā)現(xiàn)T-ALL細(xì)胞與免疫微環(huán)境之間的信號交互異常是T-ALL發(fā)展的重要因素。T-ALL細(xì)胞的基因表達(dá)譜呈現(xiàn)出明顯的異質(zhì)性，其中SOX4、STMN1、JUN、HES4、CDK6、ARMH1等基因的過表達(dá)與T-ALL患兒的不良預(yù)后相關(guān)。誘導(dǎo)治療后，MRD+EOI樣本中殘留的T-ALL細(xì)胞表達(dá)PD-1和RhoGDI信號通路的上調(diào)顯著，骨髓中T細(xì)胞和造血干細(xì)胞之間的細(xì)胞通訊也存在差異。

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