以太（Ethereal）生物 Shamash 在XCOM的實驗室醒來后，被 Asaru 附身的卡特（Asaru 在其運送的公文包中，并在卡特被外星人襲擊時意外逃逸）逃出生天并加入XCOM。經(jīng)過一系列調(diào)查與戰(zhàn)斗，XCOM終于發(fā)現(xiàn)了外星人的母艦，駕駛已改造完畢的復(fù)仇者號展開最終決戰(zhàn)。

Asaru 在終局會重新選擇附身到卡特、威爾博士還是韋弗特工身上（技能會隨之保留），隨后他們逃出了復(fù)仇者號的X Site，計劃突襲 faux-以太起源（Origin）母艦。Asaru 聲稱只要它能連接到母艦核心（Mosaic Core）就能擊潰并刪除Origin。當(dāng)敵人潮水般涌入之時，被附身者利用 Asaru 的力量命令所有外星人止步，并抹消了剩下的Origin。根據(jù)被附身者的選擇，有如下分支結(jié)局：

韋弗特工

命令全部外星人自盡（這幾乎使外星人滅絕），使母艦掉入地球大氣層并摧毀，安樂死全部夢游者，知情者擊斃或強迫其加入XCOM。大多數(shù)外星人設(shè)施被毀滅（甚至使用核彈），殘留的外星人設(shè)施及物品被封鎖以進一步研究。以太在命令外星人自盡后斷開了與人類的連接。

?？司珠L

命令全部外星人止步后，拆解全部外星人設(shè)施，使母艦解除護盾后掉入大氣層（保留了部分殘?。?。之后與韋弗特工做的類似，但夢游者被留下繼續(xù)接受醫(yī)療護理。以太也在滅絕外星人后斷聯(lián)了

True End 威爾博士

命令全部外星人投降，拆解全部外星人設(shè)施以換取它們的自由。遺跡和武器保留下來以供研究。世界重建后將母艦控制權(quán)歸還給Zujdari并允許它們離開地球?qū)ふ倚碌募覉@。研究Mosaic發(fā)現(xiàn)夢游者能通過操控這個核心來治愈，被治愈后的人會失去這段時間的記憶。以太在外星人離開地球后斷聯(lián)。

劇情猜測

三個結(jié)局中外星人科技都被保存下來研究，但科學(xué)家并沒有足夠的外星合金以供測試（Seed 技術(shù)生成的基地沒用外星合金）。這可能就是重制版正傳中一開始還用實彈武器，獲得外星合金之后技術(shù)力突飛猛進的原因。

正傳系列中的 Elerium 元素在正傳開始時就有出現(xiàn)，地球上保存了大量的 E 元素礦藏但幾乎無法采集，當(dāng)時的科學(xué)家還在研究。也許在前傳結(jié)束后相關(guān)計劃就被封存了。

外星人可能有機械陪伴生物，但沒有狗，因此被問到狗叫時很難正確模仿，而是“會發(fā)出機械包覆的、大小和形狀接近狗的生物的叫聲 goff goff”。

根據(jù)游戲內(nèi)文件，外星人可能有自己的信仰，“...或者對‘在上帝之下’這句話感到不適的跡象...”，有可能是受心靈軟控的影響。Mutan 突變者的部落信仰也可能在這種控制下被扭曲成對 Origin 的忠誠。正傳DLC中的EXALT可能繼承了這一信仰，最終戰(zhàn)從他們基地搜出大量信仰物。

XCOM1中出現(xiàn)的短距傳送裝置（傳送電梯）在前傳就已經(jīng)出現(xiàn)了，但人類無法操控，或者不知道如何操控，因為夢游者可以正常使用。

前傳末尾奪取并改造的復(fù)仇者號應(yīng)該就是XCOM2的基地，這也能解釋為什么開始時里面凈是廢墟，因為復(fù)仇者號在最終戰(zhàn)中受到很大損傷。

前傳中提到并見到了外星人的“種子”技術(shù)，通過一個裝置可以吸收周圍物質(zhì)并生成基地。XCOM2中的外星模塊化基地風(fēng)格與前傳基地類似，可能也有種子技術(shù)參與。

XCOM2的迷失者喪尸在前傳應(yīng)該是夢游者，對指定目標高度可控，非指定目標會重復(fù)行為，或聚集到指定地點。根據(jù)夢游者會聚集到外星塔并被成箱帶走的特性，外星人很有可能根據(jù)這次入侵獲得的實驗數(shù)據(jù)才下決心發(fā)動“第一次”地外戰(zhàn)爭。但前傳中的感染是通過水源傳播的，XCOM2中則顯示外星人投下了一個散發(fā)霧氣或射線的裝置。

重制版正傳系列的指揮官可能是被Asaru附身的個體，詳見其他文章。