制藥廢水因為產(chǎn)品，原料，工藝不同，在生產(chǎn)過程中所產(chǎn)生的廢水水質(zhì)也有差異。但是，總的來說，制藥廢水的有機(jī)物含量高，毒性大，難以降解的物質(zhì)多。含鹽量量是制藥廢水的一個重要的特點(diǎn)，隨意排放對環(huán)境造成的影響極大，危害極深。有機(jī)物在廢水中進(jìn)行生化反應(yīng)的時候，會消耗掉水中的溶解氧。從而導(dǎo)致水質(zhì)中的氧氣消耗殆盡，水體中沒有了溶解氧，很多的動植物都要死亡了。此時呢，厭氧生物就會大量繁殖。于是，就會產(chǎn)生甲烷，硫化氫，醇，氨氮等；使得水體變黑，變臭，不可避免的破壞水中或附近的生態(tài)環(huán)境平衡。

含生物毒性物質(zhì)制藥廢水，比如抗生素廢水中存在大量對微生物有毒有害的物質(zhì)，如硝基化合物、有機(jī)氮化合物、鹵素化合物、芳香烴類化合物以及用于殺菌的陰離子表面活劑或分散劑等。尤其是抗生素制藥廢水，產(chǎn)品得率較低，一部分抗生素隨制藥廢水進(jìn)入廢水處理系統(tǒng)，抑制微生物生長。含鹽量高某些藥物的生產(chǎn)過程中會使用高濃度含鹽水作為原料或溶劑，合成反應(yīng)會生成無機(jī)鹽等副產(chǎn)物，造成廢水含鹽量高。高鹽度環(huán)境下微生物的脫氫酶活性會降低，水的滲透壓也會隨鹽濃度升高而升高，使微生物細(xì)胞脫水造成細(xì)胞原生質(zhì)分離，不利于微生物生長。

化學(xué)合成制藥廢水的處理，完全靠生化反應(yīng)，是根本不能消除的。比如，對于含有高濃度的氨氮廢水，普遍是先采用物化方法進(jìn)行預(yù)處理，大幅度降低氨氮濃度之后，再進(jìn)行生化處理。物理化學(xué)方法，主要包括吹脫法，電解，化學(xué)沉淀等。預(yù)處理過程產(chǎn)生的廢水，均經(jīng)過專用高濃度水管道進(jìn)入到調(diào)節(jié)池，其主要作用是將廢水初步進(jìn)行分類，分管道分類打入調(diào)節(jié)池。廢水經(jīng)過均水池調(diào)節(jié)均勻沉淀后進(jìn)入ABR池，通過一些生物菌種、化學(xué)反應(yīng)來降低廢水中毒性物質(zhì)的濃度，為降解好氧生物打好基礎(chǔ)。通過向好氧SBR池中加入適量的微生物菌劑，從而完成一階處理生物廢水的程序。借助曝氣生物濾池對廢水進(jìn)行深度處理，確保廢水達(dá)標(biāo)后進(jìn)行排放。

化學(xué)合成類制藥工業(yè)水污染物排放標(biāo)準(zhǔn) （GB 21904－2008，自 2008-08-01 起實(shí)施）規(guī)定了新建制藥企業(yè)水污染物排放限值。以企業(yè)廢水總排放口檢測為準(zhǔn)，pH值6-9，色度50，懸浮物50mg/L，BOD5含量25mg/L，CODcr含量120mg/L，氨氮25mg/L，總氮35mg/L，總磷1.0mg/L，總有機(jī)碳35mg/L，急性毒性0.07mg/L，總銅0.5mg/L，揮發(fā)酚0.5mg/L，硫化物1.0mg/L，硝基苯類2.0mg/L，苯胺類2.0mg/L，二氯甲烷0.3mg/L，總鋅0.5mg/L，總氰化物0.5mg/L，總汞0.05mg/L（車間或生產(chǎn)設(shè)施廢水排放口），烷基汞（不得檢出），總鎘0.1mg/L，六價鉻0.5mg/L，總砷0.5mg/L，總鉛1.0mg/L，總鎳1.0mg/L，烷基汞檢出限10ng/L。