AUGUSTUS?is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences，一款真核生物基因組基因結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件，因為公司用到了這個軟件，第一次做這個工作，先重復(fù)人家工作，首先就是安裝了。

發(fā)現(xiàn)這個軟件依賴還算不少，網(wǎng)上有朋友列了一下有cmake、bamtools、hitslib、samtools、bcftools、tabx, 如果不是依賴的大部分軟件還算熟悉，就等著有網(wǎng)后靠conda安裝了，自己手動安吧，也算深入學習一下這個軟件一些知識。還是先下載augustus看一下。

首先是官網(wǎng)及下載鏈接：

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.4.0.tar.gz

官網(wǎng)上提供了在線的鏈接地址：

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission.php

make后報錯,缺少mysql++

參考github的issue上的解決辦法：

https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus/issues/156

針對第一條，我的gcc為版本為4.8，看第2和第3條，順便學習了一下MySQL數(shù)據(jù)庫， 我按照針對第3條進行了修改(也有網(wǎng)友對common.mk改成了ZIPINPUT = false)，然后再make編譯，這個問題解決了，開始新的錯誤修正過程，這次是bam2hints, 如下圖：

依賴的bam2hints，不存在或者沒有指定正確的路徑，后面還會發(fā)現(xiàn)缺少一個工

具filterBam，都是來自bamtools,那么安裝 bamtools，先把bam2hints和filterBam一塊解決了：

安裝完成后，開始對Augustus軟件目錄下auxprogs/bam2hints/里面的Makefile進行修改，安裝下圖紅框里面，修改你安裝的bamtools軟件里面相應(yīng)的目錄，

同樣，對/auxprogs/filterBam/src/目錄下的Makefile進行修改,如下圖，在BAMTOOLS和LIBS處分別指定bamtools的路徑和libbamtools.a的路徑:

再進行make編譯，發(fā)現(xiàn)又報錯了，如下圖，沒有找到bgzf.h這個文件，這個問題待會一塊說咋解決，先看我解決這個問題后，又接著遇見的一個問題，下圖：

報錯信息：/usr/bin/ld: cannot find -lhts，在/usr/bin/ld目錄下找不到lhts庫文件，

匯總一下，都是沒有找到需要的文件，解決辦法就是找到auxprogs/bam2wig/目錄下的Makefile文件進行修改，給它指定文件所在位置，具體咋改的我就不展示了，你了解了make編譯過程就自然會解決了，make編譯原理詳見我的公眾號文章<Linux安裝軟件必學之一make編譯>

再從新make編譯一下，沒有報錯了，提示我的安裝工作很有可能完成了，我去/bin/目錄下看了一下，如下圖，運行了幾個軟件，都沒有問題。

網(wǎng)上有人還舉例了一些依賴軟件我并沒有安裝，比如bcftools、tabx，我檢測了下我的環(huán)境中也沒有，先不管人家咋回事了，等到具體用到的時候，我會寫一篇使用及結(jié)果解讀的教程，安裝問題需要補充的話再去補充。

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