蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)（RCSB Protein Data Bank）

PDB蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)(全稱Protein Data Bank,簡(jiǎn)稱PDB數(shù)據(jù)庫(kù))是美國(guó)Brookhaven國(guó)家實(shí)驗(yàn)室于1971年創(chuàng)建的，由結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究合作組織(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,簡(jiǎn)稱RCSB)維護(hù)。PDB數(shù)據(jù)庫(kù)以文本文件形式存儲(chǔ)分子數(shù)據(jù)，每個(gè)分子形用一個(gè)獨(dú)立的文件。早期的分子文件的文件名后綴為“.pdb”，1997年以后每1種生物大分子對(duì)應(yīng)1組(3個(gè))相關(guān)文件分別是：全文文件(后綴為“.full”相當(dāng)于原來(lái)的“.pdb”文件)、書目文件(后綴為“.biblio”)和圖形文件(后綴為“.gif”)。

PDB數(shù)據(jù)庫(kù)是生物大分子的原子坐標(biāo)和描述蛋白質(zhì)和其他重要生物大分子相關(guān)信息的存儲(chǔ)庫(kù)。結(jié)構(gòu)生物學(xué)家使用x 射線晶體學(xué)、核磁共振光譜和冷凍電子顯微鏡等方法來(lái)確定分子中每個(gè)原子相對(duì)于彼此的位置，然后存儲(chǔ)這些信息，并由PDB數(shù)據(jù)庫(kù)注釋并公開(kāi)發(fā)布到檔案中。

不斷增長(zhǎng)的 pdb文件反映了世界各地實(shí)驗(yàn)室正在進(jìn)行的研究結(jié)構(gòu)，可用于許多相關(guān)的蛋白質(zhì)和核酸生命的中心過(guò)程研究，因此您可以訪問(wèn) PDB數(shù)據(jù)庫(kù)以查找核糖體、致癌基因、藥物靶標(biāo)甚至整個(gè)病毒的結(jié)構(gòu)，具體網(wǎng)址：www.rcsb.org ，免費(fèi)在線訪問(wèn)。網(wǎng)站主頁(yè)展示本月的特色蛋白質(zhì)分子，但本篇文章主要介紹溶菌酶。

首頁(yè)搜索框，搜索溶菌酶(LYSOZYME)，結(jié)果如下圖。溶菌酶作為水解酶，是一種普遍存在于許多不同生物體中的蛋白質(zhì)。在頁(yè)面左側(cè)，顯示跨越不同的分類學(xué)層次的不同的結(jié)構(gòu)，以及這些結(jié)構(gòu)首次發(fā)布位置的文章的引用，下滑還可以看到有大量的溶菌酶結(jié)構(gòu)頁(yè)面，基本上所有的溶菌酶結(jié)構(gòu)信息都在這里體現(xiàn)。

PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)按四字母代碼分類，我們將重點(diǎn)關(guān)注天然人類溶菌酶的晶體結(jié)構(gòu)，你可以通過(guò)它們的代碼輕松搜索。點(diǎn)擊每個(gè)晶體結(jié)構(gòu)可以跳轉(zhuǎn)至具體頁(yè)面,看到作者的原始引文和pubmed 中原始論文的鏈接。以1REX為例，它是通過(guò) X 射線衍射確定的，分辨率為 1.5 A。

如果您想明確此結(jié)構(gòu)的序列，您可以在序列選項(xiàng)卡下查看氨基酸的序列以及這些氨基酸對(duì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的貢獻(xiàn)。下圖顯示了一個(gè) alpha 螺旋，一個(gè)beta 表。

如果你只想要純文本格式的純氨基酸序列你可以去顯示文件，然后fast a sequence。這里是氨基酸從 n 端到c 端的順序。

你也可以去 3d 視圖查看，這里是一個(gè)卡通版本顯示。你可以將顏色設(shè)置更改為序列，色帶顏色從藍(lán)色變?yōu)榧t色，類似于彩虹色；如果將顏色更改為二級(jí)結(jié)構(gòu)，藍(lán)色表示 in 終端，紅色表示 c 終端，你可以看到 alpha螺旋、beta 折疊和蛋白質(zhì)的隨機(jī)線圈。

如果你想看一下 pdb文件，你可以直接顯示它，它是一個(gè)文本文件。每個(gè) pdb 文件開(kāi)篇都會(huì)介紹所有原子坐標(biāo)對(duì)分子的描述，來(lái)源于解決分析的結(jié)構(gòu)和實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)的作者。

接下來(lái)文件列出了蛋白質(zhì)的氨基酸序列。pdb 文件的一部分定義了每個(gè)原子的精確位置、三維空間中的結(jié)構(gòu)，每個(gè)原子在單獨(dú)的行中描述，前幾列將原子定義為序列中特定氨基酸的一部分，后面的列列出一組 x y 和 z，坐標(biāo)以精確定位結(jié)構(gòu)中的原子。