蛋白質(zhì)工程定量就是指在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中對蛋白質(zhì)含量進行精確鑒定，即定量蛋白質(zhì)組學(xué)，其通過探討蛋白質(zhì)的量變與生物體生長發(fā)育和疾病發(fā)生等之間的內(nèi)在聯(lián)系，可以揭示生命現(xiàn)象的分子機理以及尋找藥物靶標(biāo)等。目前，定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)根據(jù)定量手段的不同大致可以分為三類，一是熒光定量蛋白質(zhì)分析技術(shù)，二是蛋白質(zhì)芯片技術(shù)，三是基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組定量分析技術(shù)。

熒光定量蛋白質(zhì)技術(shù)利用熒光染料對蛋白質(zhì)進行染色，主要用于對凝膠電泳后如SDS-PAGE和2-DE等電泳后的蛋白質(zhì)進行染色，通過熒光成像儀成像結(jié)合分析軟件進行圖譜的點檢測和膠間的匹配實現(xiàn)蛋白質(zhì)的定量分析。

蛋白質(zhì)芯片技術(shù)又稱蛋白質(zhì)陣列或蛋白質(zhì)微陣列，它通過將大量的蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)檢測劑或檢測探針作為配基以預(yù)先設(shè)計的方式固定在載體上組成密集的陣列，然后從待測生物樣品中捕獲蛋白質(zhì)配體，再通過顯微鏡技術(shù)（LSCM和SPR等）和表面離子體共振等技術(shù)高通量的定性和定量檢測蛋白質(zhì)。

基于質(zhì)譜的定量技術(shù)是當(dāng)前最先進、最常使用也是首選的蛋白質(zhì)定量技術(shù)，根據(jù)其是否引入同位素標(biāo)記可以分為標(biāo)記策略和非標(biāo)記策略（Label Free）。標(biāo)記策略又根據(jù)標(biāo)記的時期分為代謝標(biāo)記或體內(nèi)標(biāo)記和提取后標(biāo)記或體外標(biāo)記。15N代謝標(biāo)記技術(shù)、SILAC在細胞培養(yǎng)時引入同位素標(biāo)記，而TMT、iTRAQ、ICAT以及18O-trypsin等方法則對提取后的蛋白質(zhì)進行同位素標(biāo)記。