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生信人R語言學習必備

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• 又一次，小果準時與大家相見啦。今天和小果一起來學習單細胞上游分析流程吧。

  單細胞測序上游分析主要使用Cell Ranger軟件。Cell Ranger 是一個用于單細胞基因表達分析的軟件包，由 10x Genomics 公司開發(fā)。它包含五個與3'單細胞基因表達方案及相關(guān)產(chǎn)品相關(guān)的流程：cellranger mkfastq、cellranger count、cellranger aggr、cellranger reanalyze 和 cellranger vdj。其中，cellranger mkfastq 的作用是將Illumina測序儀生成的原始base call（BCL）文件解析成FASTQ格式的文件。它是Illumina的bcl2fastq的封裝，并帶有特定于10x Genomics文庫的附加功能。

我們可以從10x Genomics的官方網(wǎng)站上下載和安裝Cell Ranger軟件，具體軟件使用可以參考官網(wǎng)https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/what-is-cell-ranger。

整個單細胞上游流程和cell Ranger的使用如圖所示。

小果是按照以下流程來操作的：

軟件下載

準備fastq文件和參考基

1.下載參考基因組數(shù)據(jù)：

可直接下載官網(wǎng)提供的已構(gòu)建好的索引文件，https://www.10xgenomics.com/resources/datasets/?，建議下載最新版本并進行解壓。

2.fastq文件

若是BCL原始的測序數(shù)據(jù)，須使用cellranger mkfastq將其轉(zhuǎn)換為fastq格式文件。

運行cellranger

1.cellranger-count

2.cellranger aggr

①Create aggregation CSV

The CSV file is a two-column file. The first column is for the sample id. This id name can be anything you want. Choose descriptive ids since they are used later in the analysis. The second column contains the paths to themolecule_info.h5 output files from the cellranger count pipelines.

②運行代碼

Cellranger的流程就如上所示，大家跟著小果一起實踐一下吧。

我們對測序數(shù)據(jù)進行分析時，必定會用到比對軟件或者工具，小果在這里給大家推薦一個在線小工具：fasta序列多重比對（http://www.biocloudservice.com/321/321.php），支持輸入數(shù)據(jù)，快速得到結(jié)果。大家在之后比對時可以用起來哦。

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