寫(xiě)在前面

「育種」是目前大多關(guān)心的事情。雜交育種仍然是目前最為常用的育種手段。任何方法創(chuàng)新的優(yōu)異材料，下一步都可能應(yīng)用于雜交育種。反過(guò)來(lái)，「基因定位」則是基于雜交群體，開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記，定位到關(guān)鍵性狀的關(guān)聯(lián)區(qū)間，并試圖確定Casual Variants。兩者都會(huì)涉及到兩個(gè)親本和他們的子代。當(dāng)我們有兩個(gè)親本的基因組序列時(shí)，完全可以基于這兩個(gè)序列，直接確定差異位點(diǎn)，進(jìn)而相對(duì)有方向的設(shè)計(jì)引物，用于快速定位，更或者，鑒定雜種后代。相對(duì)于簡(jiǎn)單的單個(gè)物種基因組序列鑒定 SSR，隨后設(shè)計(jì)引物。這一操作，顯得更為高效且靠譜。
當(dāng)然，事實(shí)上，這個(gè)需求黎老板早前也有與我提到，對(duì)應(yīng)的，那么這個(gè)需求在「作物學(xué)」相關(guān)科研工作，必然是存在且重要。于是，有了今天這個(gè)插件「Genome VarScan」。

插件簡(jiǎn)介

「Genome VarScan」只需要用戶輸入兩個(gè)基因組序列文件，設(shè)置一個(gè)輸出目錄，點(diǎn)擊「Start」，等待即可。邏輯上，對(duì)于水稻，我這邊只需要不到10分鐘。

直接上示例

大概 10 分鐘搞定。
輸出文件如下

對(duì)于其中的paf文件，可以直接用 TBtools 的?Paf Viz?功能查看

但是事實(shí)上，我會(huì)更關(guān)心下面這個(gè)文件

雖然比較大，但是信息比較全，默認(rèn)輸出是包括所有 SNP，考慮限制變異位點(diǎn)的寬度為大于0，也就是至少是1bp長(zhǎng)度變化，那么就只有插入缺失。

可以看到這是一個(gè)大片段的缺失

當(dāng)然，很多時(shí)候，我們最喜歡的還是大于30bp，但是又小于200bp的變異位點(diǎn)，那么我會(huì)建議，用這個(gè)

如此，我們會(huì)得到一個(gè)相對(duì)較小的文件。

當(dāng)我們得到這個(gè)文件，那么其實(shí)接下來(lái)的事情就比較簡(jiǎn)單：

1. 簡(jiǎn)單篩選一下，保留感興趣的行

2. 使用「Batch Target Region Primer Design」，使用參考基因組序列進(jìn)行批量引物設(shè)計(jì)

3. 使用「Primer Check」分別對(duì)兩個(gè)物種進(jìn)行批量引物篩選，找到材料內(nèi)特異的位點(diǎn)

4. 簡(jiǎn)單比較統(tǒng)一引物在不同材料中是否確實(shí)有長(zhǎng)度差異

5. 用于實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證

6. 用于選育種

大體如下，首先是批量引物設(shè)計(jì)

復(fù)制引物之后轉(zhuǎn)換成 Fasta 格式，檢測(cè)在一個(gè)材料中的特異性

可以同時(shí)檢測(cè)在另一個(gè)材料中的特異性

一共是 5000對(duì) 引物左右，所以咱們就慢慢先等著結(jié)果。估計(jì)至少要等上一段時(shí)間吧。具體沒(méi)測(cè)試。建議過(guò)夜培養(yǎng)。晚上沒(méi)吃飯，剛才去吃了宵夜回來(lái)。沒(méi)想到就過(guò)了12點(diǎn)。似乎還是跑了很久，必須過(guò)夜培養(yǎng)了。也罷，只選幾個(gè)引物看看。

隨便選兩對(duì)引物，都可以直接用于跑標(biāo)記....

寫(xiě)在最后

很多時(shí)候，你只需要知道自己在干什么就行。其他人常常只能看到他們能看到的東西，而你不一樣。