蛋白質(zhì)磷酸化修飾（Phosphorylation）是生物體內(nèi)最重要的共價(jià)修飾方式之一，指ATP的磷酸基團(tuán)在蛋白激酶作用下共價(jià)轉(zhuǎn)移到蛋白質(zhì)的特定氨基酸（Ser、Tyr、Thr）殘基上的過(guò)程，是目前分布最多、也是最廣泛研究的修飾。不同的蛋白激酶在其靶蛋白中顯示出廣泛的底物特異性，了解磷酸化位點(diǎn)周圍的氨基酸序列對(duì)于確定負(fù)責(zé)調(diào)節(jié)蛋白激酶活性的激酶類別至關(guān)重要。

蛋白質(zhì)磷酸化位點(diǎn)的分析是后基因組時(shí)代的主要挑戰(zhàn)之一。為了理解可逆磷酸化在細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)中的作用，必須確定磷酸化位點(diǎn)在磷蛋白中的精確位置，以及這些翻譯后修飾對(duì)蛋白功能的影響。基于質(zhì)譜（MS）的方法是鑒定磷酸化位點(diǎn)的首選方法，發(fā)生磷酸化修飾的氨基酸上共價(jià)連接磷酸基團(tuán)，這會(huì)使其分子質(zhì)量相應(yīng)的增加一個(gè)磷酸基團(tuán)的值（79.97Da），利用MS可以精確的檢測(cè)肽段分子量是否發(fā)生79.97Da的質(zhì)量偏移，從而檢測(cè)磷酸化修飾肽段及修飾位點(diǎn)。