雞蛋是一樣的嗎?大數(shù)據(jù)工具的發(fā)明,將揭示卵的大小和功能!

有時(shí)候推翻一個(gè)舊的假設(shè)和證明一個(gè)新的假設(shè)一樣重要。在發(fā)表在《自然》(Nature)期刊的一篇新論文中,卡桑德拉g Extavour做到了這兩點(diǎn),同時(shí)幫助創(chuàng)建了一個(gè)工具,使類似的大數(shù)據(jù)研究能夠向前推進(jìn)。

在《昆蟲卵大小和形狀是隨著生態(tài)而進(jìn)化的,而不是發(fā)育速度》中,生物與進(jìn)化生物學(xué)、分子與細(xì)胞生物學(xué)教授和她的團(tuán)隊(duì)分析了大量的數(shù)據(jù),以揭穿關(guān)于昆蟲卵未經(jīng)驗(yàn)證的假設(shè)。

昆蟲卵構(gòu)成了地球上大多數(shù)動(dòng)物物種,如果你把所有不同種類的動(dòng)物加起來(lái),其中80%以上是昆蟲。無(wú)論你想要測(cè)量什么(物種的數(shù)量,生物的數(shù)量,地球上的生物質(zhì)量)節(jié)肢動(dòng)物。多年來(lái),許多未經(jīng)檢驗(yàn)關(guān)于昆蟲卵和其他動(dòng)物卵的想法被允許繼續(xù)存在。例如,一個(gè)流行的假設(shè)是,存在某種普遍的比例定律,這意味著某些雞蛋形狀只能存在于某些大小。其他一些假說(shuō)則試圖將雞蛋的形狀和大小與特定生物學(xué)過(guò)程聯(lián)系起來(lái)。

例如,更大的雞蛋傾向于被拉長(zhǎng),以便更容易從母親的身體中擠出來(lái),或者更大的雞蛋需要更長(zhǎng)時(shí)間發(fā)育。對(duì)于Extavour來(lái)說(shuō),這是一個(gè)關(guān)鍵的起點(diǎn),她在自己的家鄉(xiāng)多倫多讀本科以來(lái),一直專注于動(dòng)物的發(fā)育。如果我們看數(shù)據(jù),這些流行的假設(shè)是否站得住腳,而快速的答案是,他們中的許多人沒(méi)有。在所有昆蟲中,發(fā)現(xiàn)沒(méi)有普遍的鱗屑,沒(méi)有特定形狀的卵限制到特定的尺寸,也沒(méi)有證據(jù)表明較大的卵需要更長(zhǎng)時(shí)間發(fā)育。

盡管相關(guān)的昆蟲更有可能擁有相似的卵,但就像Extavour所說(shuō)的那樣,即使是基因相似的想法也是“脆弱的”。科隆大學(xué)動(dòng)物研究所的齊格弗里德·羅斯對(duì)這項(xiàng)研究發(fā)表了評(píng)論:僅這些發(fā)現(xiàn)就具有開創(chuàng)性。觀察結(jié)果表明,幾乎沒(méi)有任何限制,即沒(méi)有內(nèi)在的(物理)規(guī)律,把發(fā)育模式、速度與雞蛋的特定大小和形狀聯(lián)系起來(lái)。除了反駁這些假設(shè),還發(fā)現(xiàn),其他因素(比如昆蟲的棲息地或產(chǎn)卵地)可能比之前認(rèn)為發(fā)揮更大的作用。

這些因素加在一起作為生態(tài)學(xué),可能比親本昆蟲的系譜更重要。蜻蜓和蚊子不是彼此的近親,然而,在水中產(chǎn)卵的蜻蜓產(chǎn)下的卵比其他蜻蜓的卵更小、更圓,形狀和大小也更接近蚊子。這些產(chǎn)水的昆蟲“真的一點(diǎn)關(guān)系都沒(méi)有”。然而它們都有相同的行為,它們獨(dú)立于彼此進(jìn)化而來(lái)。作為一名研究胚胎的發(fā)育生物學(xué)家,我覺得這真的很令人興奮,由于她的工作重點(diǎn)是DNA的表達(dá)和生殖細(xì)胞的發(fā)育,Extavour認(rèn)為這項(xiàng)研究為她指明了前進(jìn)的道路。

這給了我一些具體的數(shù)據(jù),可以用這些數(shù)據(jù)來(lái)測(cè)試關(guān)于雞蛋的形狀和大小可能如何影響雞蛋內(nèi)部胚胎發(fā)育的假設(shè)。在實(shí)驗(yàn)室里開發(fā)用于檢測(cè)大量數(shù)據(jù)的尖端工具無(wú)疑也會(huì)幫助其他人。該團(tuán)隊(duì)定位并數(shù)字化了過(guò)去300年的3000多篇論文,將數(shù)百年前的筆記和圖畫變成了可搜索的數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)。搜索諸如“雞蛋大小”或“雞蛋形狀”之類的術(shù)語(yǔ),找到了大約1700篇與昆蟲雞蛋有關(guān)的論文。

研究小組篩選出了大約10000個(gè)測(cè)量值,其中一些測(cè)量值是在18世紀(jì)手工完成的。這個(gè)龐大的數(shù)據(jù)集合是手工驗(yàn)證的,因?yàn)槿藗円呀?jīng)確定了昆蟲在進(jìn)化上是如何相互關(guān)聯(lián)的,可以問(wèn)這樣的問(wèn)題,‘所有的甲蟲卵都是相同的形狀或大小嗎?’”或者“蝴蝶蛋的形狀是這樣的嗎?”。就是這樣陷入這個(gè)問(wèn)題的,也是這樣收集信息來(lái)解決這個(gè)問(wèn)題。這項(xiàng)研究是一項(xiàng)令人興奮、全面和發(fā)人深省的工作,Extavour和同事創(chuàng)建的數(shù)據(jù)庫(kù),對(duì)社區(qū)來(lái)說(shuō)也是一個(gè)寶貴的資源。


博科園|研究/來(lái)自:哈佛大學(xué)
參考期刊《自然》
DOI: 10.1038/s41586-019-1302-4
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