總結(jié)：PGA相較于這三種方法，有著批量處理、有l(wèi)og文件方便后期修正和結(jié)果檢查等優(yōu)點(diǎn)，缺點(diǎn)是可視化程度低，命令行操作新手不友好，而且可能會(huì)導(dǎo)致不熟悉軟件特性的新手小白不可挽回的失去本地文件（哭了，刪的可快了，還不進(jìn)回收站的那種刪）。實(shí)際使用的話，可能結(jié)合起來(lái)對(duì)比一下注釋結(jié)果然后有所取舍會(huì)好一些，但是PGA還是學(xué)一下怎么用比較好。

網(wǎng)頁(yè)都是可視化了的，選項(xiàng)照著點(diǎn)就行了，操作上比較直觀，應(yīng)該沒(méi)有什么難度。

GeSeq：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html

似乎沒(méi)有什么特別需要講怎么操作的，最基礎(chǔ)的操作是一樣的，目標(biāo)序列和參考序列喂進(jìn)去然后得到結(jié)果。

值得一提的是，最后運(yùn)行返回的結(jié)果很多但大多用處不大，相對(duì)于PGA來(lái)說(shuō)，首先它不回去動(dòng)你的本地文件，其次會(huì)給你一個(gè)注釋后的圖（實(shí)際上這個(gè)圖用處也不大）。但是沒(méi)有l(wèi)og文件，不能方便的檢查注釋存在的問(wèn)題，之后的矯正工作會(huì)麻煩一些。

GeSeq在你提交后會(huì)有狀態(tài)顯示，顯示finished就可以下載了（實(shí)際上沒(méi)顯示finished的時(shí)候也可以下載，但下載的只包括下面標(biāo)簽顯示的那些文件），我試了幾次，運(yùn)行過(guò)程中都顯示Status：busy，也不知道是用的人多還是就是運(yùn)行中的意思，總之花的時(shí)間比GPA要多很多。

CPGAVAS2:? http://47.96.249.172:16019/analyzer/annotate

界面比較直觀，操作也很直接，沒(méi)有什么特別需要介紹的。

提交后跳轉(zhuǎn)到如圖的提示頁(yè)面，等一會(huì)兒就可以把項(xiàng)目id在下面提交就可以看結(jié)果了，最下面會(huì)有打包下載，速度比較快，效果也不錯(cuò)，不過(guò)也沒(méi)有PGA那樣的log文件。

接下來(lái)試一下geneious ，操作比較簡(jiǎn)單，個(gè)人感覺(jué)相對(duì)于之前所有的方式都更直觀，geneious是付費(fèi)軟件，但是有14天的試用期，試用期內(nèi)所有功能都可以用，因?yàn)槲抑霸囉闷谶^(guò)了，我現(xiàn)在只能先用破解的舊版學(xué)習(xí)（做項(xiàng)目或研究的話還是盡量用找老板買個(gè)正版比較好，算是對(duì)開(kāi)發(fā)者的尊重吧）。

新建文件夾，導(dǎo)入目標(biāo)序列和參考序列（利用PGA里面的例子來(lái)試試）。

1. 選中目標(biāo)序列??

2. 點(diǎn)帶問(wèn)號(hào)的那個(gè)箭頭

3. 勾選Annotate from···，然后點(diǎn)下面的Source：選擇參考序列所在的文件夾，我們選擇導(dǎo)入了兩reference的文件夾ref（2）【可以放多個(gè)參考序列，括號(hào)里面的數(shù)字顯示里面的項(xiàng)目數(shù)】，點(diǎn)OK

4. 這時(shí)候就已經(jīng)開(kāi)始注釋了，但是結(jié)果不會(huì)很好，因?yàn)閟imilarity設(shè)置的是100%，畢竟不是同一個(gè)物種，序列有差別很正常，適當(dāng)調(diào)低，進(jìn)度條滿了后再點(diǎn)apply就好了

5. sequence 里面點(diǎn)成環(huán)，完成

整體來(lái)說(shuō)比較簡(jiǎn)單直觀，但是結(jié)果可能并不一定最好。